More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2059 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2059  Rieske (2Fe-2S) region  100 
 
 
384 aa  800    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1889  Rieske (2Fe-2S) protein  61.6 
 
 
420 aa  510  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.099621  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1782  putative ring-hydroxylating dioxygenase subunit alpha  58.49 
 
 
383 aa  449  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.218178  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001292  phenylpropionate dioxygenase and related ring-hydroxylating dioxygenases large terminal subunit  45.99 
 
 
395 aa  358  9e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.99509  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5373  Rieske 2Fe-2S family protein  45.38 
 
 
396 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1560  Rieske (2Fe-2S) region  30.15 
 
 
434 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.7 
 
 
362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3791  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.43 
 
 
362 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.71996  normal  0.360216 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1952  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.81 
 
 
376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4010  Rieske (2Fe-2S) protein  29.17 
 
 
376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18770  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  26.29 
 
 
380 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.333095 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3044  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.4 
 
 
369 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000332714 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7447  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.38 
 
 
398 aa  132  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.857744 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4003  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.49 
 
 
383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6040  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.6 
 
 
382 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0685009  hitchhiker  0.0092314 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2498  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.46 
 
 
385 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0242656  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2370  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.08 
 
 
387 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3935  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.12 
 
 
385 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0946647  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2803  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  29.97 
 
 
366 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.231083 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0146  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.89 
 
 
358 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.67 
 
 
427 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0763  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.79 
 
 
360 aa  123  6e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5836  Rieske (2Fe-2S) region  29.19 
 
 
373 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7702  putative dioxygenase  26.16 
 
 
380 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  33.63 
 
 
423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2496  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit/Rieske (2Fe-2S) protein  33.18 
 
 
427 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0124288  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2105  putative (poly)aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (Rieske (2Fe-2S) region)  32.09 
 
 
427 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3165  Rieske (2Fe-2S) region  26.9 
 
 
393 aa  121  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3082  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.17 
 
 
373 aa  120  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.5055 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4150  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.47 
 
 
384 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.81 
 
 
432 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1007  putative Rieske-type ring dioxygenase  25.27 
 
 
387 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152396  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3468  putative iron-sulphur Rieske protein  26.67 
 
 
387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.39757 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.33 
 
 
427 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.872686 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.33 
 
 
427 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0996141 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.33 
 
 
427 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1801  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.26 
 
 
401 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.195025  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.33 
 
 
427 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0164916  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2461  Rieske (2Fe-2S) region  26.34 
 
 
385 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.197522  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2506  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.34 
 
 
385 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.991153 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5079  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.33 
 
 
448 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.253861 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1680  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  25.59 
 
 
355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.229115  hitchhiker  0.000101719 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0159  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.65 
 
 
340 aa  115  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0407  putative Rieske-type ring dioxygenase  24.18 
 
 
387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523707  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4845  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.73 
 
 
417 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0260166 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3465  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.31 
 
 
384 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2770  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.52 
 
 
398 aa  113  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0200185  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1672  Rieske (2Fe-2S) protein  26.06 
 
 
393 aa  112  9e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0251995  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.01 
 
 
413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.400487  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.77 
 
 
423 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0578  Rieske (2Fe-2S) protein  25.3 
 
 
413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3290  Rieske (2Fe-2S) region  25.3 
 
 
413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5207  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.3 
 
 
413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.114331  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5078  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.3 
 
 
413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.27977  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3370  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.64 
 
 
388 aa  110  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3851  Rieske (2Fe-2S) protein  25.27 
 
 
374 aa  109  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0219002 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0327  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.66 
 
 
427 aa  110  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.68 
 
 
379 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314134  hitchhiker  0.00922772 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0721  Choline monooxygenase  28 
 
 
362 aa  108  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.651442 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5015  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.54 
 
 
413 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.277088  normal  0.658452 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3814  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.57 
 
 
430 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.387965  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1386  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.2 
 
 
374 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373829  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.9 
 
 
420 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.423018  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2115  iron-sulphur Rieske protein  25.65 
 
 
413 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.89 
 
 
424 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0911716  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2062  Rieske 2Fe-2S domain protein  25.9 
 
 
374 aa  108  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0835  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.65 
 
 
422 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0747  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.65 
 
 
422 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239242  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01772  predicted 2Fe-2S cluster-containing protein  25.9 
 
 
374 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1841  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.9 
 
 
374 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.213142  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01760  hypothetical protein  25.9 
 
 
374 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2528  Rieske 2Fe-2S domain protein  25.9 
 
 
374 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0428403  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2028  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.9 
 
 
374 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1890  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.9 
 
 
374 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1861  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.88 
 
 
413 aa  107  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.523473  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6857  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.91 
 
 
418 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0478  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.42 
 
 
413 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5289  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.02 
 
 
417 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.54502  normal  0.0949615 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0999  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.42 
 
 
422 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0703  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.42 
 
 
422 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.917605  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.42 
 
 
422 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0635134  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.47 
 
 
419 aa  106  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88681  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2893  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  25.71 
 
 
403 aa  106  8e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.045966  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2194  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25 
 
 
373 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143682  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3553  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.48 
 
 
413 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.26 
 
 
394 aa  104  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.575491 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2455  Rieske (2Fe-2S) protein  30.19 
 
 
388 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.44 
 
 
418 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.295177 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4029  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.87 
 
 
427 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1578  iron-sulphur Rieske protein  24.94 
 
 
437 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1831  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.6 
 
 
374 aa  104  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.279236 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08656  Rieske 2Fe-2S family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06450)  24.8 
 
 
431 aa  103  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2476  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.55 
 
 
419 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.75426 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.82 
 
 
426 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166676  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13182  dioxygenase  33.17 
 
 
382 aa  103  5e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000395149  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5070  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.41 
 
 
437 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192805  hitchhiker  0.00646968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4815  Rieske (2Fe-2S) region  26.09 
 
 
413 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1773  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.6 
 
 
383 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0119557  normal  0.0397341 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.41 
 
 
427 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02037  putative dioxygenase (alpha subunit) oxidoreductase protein  24 
 
 
414 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265627 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>