More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0469 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0469  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 379 aa  753    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0591  rod shape-determining protein MreD  71.77 
 
 		 379 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0999  rod shape-determining protein RodA  68.34 
 
 		 379 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.771718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2325  RodA, rod cell shape determining protein  68.34 
 
 		 379 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.574517  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3649  rod shape-determining protein RodA  70.71 
 
 		 379 aa  517  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.115468 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4036  rod shape-determining protein RodA  66.23 
 
 		 380 aa  516  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.924124  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1604  rod shape-determining protein RodA  68.07 
 
 		 379 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2483  rod shape-determining protein RodA  53.59 
 
 		 382 aa  354  1e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.113844 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0659  rod shape-determining protein RodA  48.67 
 
 		 386 aa  339  5e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782988  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1493  rod shape-determining protein RodA  47.79 
 
 		 385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0579  rod shape-determining protein RodA  47.93 
 
 		 384 aa  299  5e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0112947  hitchhiker  0.000000000000132704 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  46.48 
 
 		 374 aa  294  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2013  rod shape-determining protein RodA  46.22 
 
 		 385 aa  294  2e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0547466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  44.17 
 
 		 367 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  44.17 
 
 		 367 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  44.94 
 
 		 371 aa  281  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  43.6 
 
 		 373 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  43.61 
 
 		 367 aa  280  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0496  rod shape-determining protein RodA  44.17 
 
 		 366 aa  279  6e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0674851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  43.97 
 
 		 368 aa  275  7e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  42.58 
 
 		 372 aa  275  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  43.97 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  43.97 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  43.97 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  43.18 
 
 		 368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  43.94 
 
 		 366 aa  274  2.0000000000000002e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  42.32 
 
 		 368 aa  273  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  44.25 
 
 		 372 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3679  rod shape-determining protein RodA  45.66 
 
 		 376 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  42.94 
 
 		 373 aa  273  4.0000000000000004e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0104  rod shape-determining protein RodA  44.32 
 
 		 377 aa  271  1e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  42.58 
 
 		 372 aa  271  2e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  45.83 
 
 		 372 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  41.32 
 
 		 371 aa  270  2.9999999999999997e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  43.14 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  43.57 
 
 		 368 aa  268  8e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  43.73 
 
 		 368 aa  267  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01216  hypothetical protein  43.36 
 
 		 373 aa  267  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  43.31 
 
 		 373 aa  263  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  44.15 
 
 		 368 aa  263  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2965  cell wall shape-determining protein  42.38 
 
 		 370 aa  263  4.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1416  rod shape-determining protein RodA  42.66 
 
 		 384 aa  263  6e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  43.06 
 
 		 373 aa  261  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  41 
 
 		 370 aa  257  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004223  rod shape-determining protein RodA  43.9 
 
 		 373 aa  256  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000217373  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  41 
 
 		 370 aa  256  5e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2412  rod shape-determining protein RodA  45.48 
 
 		 380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.305525  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0173  rod shape-determining protein RodA  42.73 
 
 		 383 aa  253  3e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  44.79 
 
 		 364 aa  250  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  44.79 
 
 		 403 aa  250  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  41.81 
 
 		 368 aa  250  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1546  rod shape-determining protein RodA  44.8 
 
 		 381 aa  250  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.317218  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3371  rod shape-determining protein RodA  40.85 
 
 		 384 aa  249  7e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0500  rod shape-determining protein RodA  41.93 
 
 		 384 aa  249  8e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0107532 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0316  rod shape-determining protein RodA  44.44 
 
 		 366 aa  248  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  41.58 
 
 		 376 aa  248  1e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  41.27 
 
 		 370 aa  248  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0079  putative rod shape-determining transmembrane protein  44.79 
 
 		 385 aa  247  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  41.27 
 
 		 370 aa  248  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2495  rod shape-determining protein RodA  43.06 
 
 		 364 aa  247  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1091  cell wall shape-determining protein  43.75 
 
 		 370 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  41.27 
 
 		 370 aa  248  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0741  cell wall shape-determining protein  43.57 
 
 		 370 aa  245  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.175825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0799  cell wall shape-determining protein  43.57 
 
 		 370 aa  245  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0574935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0755  cell wall shape-determining protein  43.57 
 
 		 370 aa  245  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.850126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0695  cell wall shape-determining protein  43.57 
 
 		 370 aa  245  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0681  cell wall shape-determining protein  43.57 
 
 		 370 aa  245  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125336  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2710  rod shape-determining protein RodA  45.43 
 
 		 361 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.217076  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0846  rod shape-determining protein RodA  40.77 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0813507 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  42.98 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00603  cell wall shape-determining protein  43.15 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0209477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  43.15 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0617  cell wall shape-determining protein  43.15 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000737698  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0723  cell wall shape-determining protein  43.15 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000246706  normal  0.373531 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2957  rod shape-determining protein RodA  41.26 
 
 		 390 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0686  cell wall shape-determining protein  43.15 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000809378  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  43.15 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0660  cell wall shape-determining protein  43.15 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639344  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3647  rod shape-determining protein RodA  41.26 
 
 		 390 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1631  rod shape-determining protein RodA  48.41 
 
 		 322 aa  243  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1486  rod shape-determining protein RodA  40.4 
 
 		 389 aa  242  7e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08400  rod shape-determining protein RodA  42.62 
 
 		 382 aa  242  7e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.41497  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1169  cell wall shape-determining protein  42.86 
 
 		 370 aa  242  7.999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25541  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0063  rod shape-determining (RODA protein) transmembrane  41.84 
 
 		 380 aa  242  9e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.913941  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  42 
 
 		 376 aa  242  9e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2078  rod shape-determining protein RodA  41.19 
 
 		 366 aa  241  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.73314  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0080  rod shape-determining protein RodA  40.74 
 
 		 380 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453004  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0055  rod shape-determining protein RodA  40 
 
 		 380 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00692025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3400  rod shape-determining protein RodA  41.34 
 
 		 384 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.293133  normal  0.487857 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  42.35 
 
 		 380 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1200  cell wall shape-determining protein  43.29 
 
 		 370 aa  241  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3450  rod shape-determining protein RodA  41.5 
 
 		 370 aa  239  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.921865 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0941  rod shape-determining protein RodA  43.91 
 
 		 384 aa  239  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1514  rod shape-determining protein  39.53 
 
 		 382 aa  238  9e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3797  rod shape-determining protein RodA  43.73 
 
 		 381 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.692479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1045  rod shape-determining membrane protein; sensitivity to radiation and drugs  40.43 
 
 		 365 aa  238  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2132  rod shape-determining protein RodA  43.91 
 
 		 371 aa  237  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0615  rod shape-determining protein RodA  42.98 
 
 		 381 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.131957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1786  rod shape-determining protein RodA  40.11 
 
 		 380 aa  237  3e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0591  rod shape-determining protein RodA  40.95 
 
 		 373 aa  236  6e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>