More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4036 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4036  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 380 aa  760    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.924124  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2325  RodA, rod cell shape determining protein  66.23 
 
 		 379 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.574517  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0999  rod shape-determining protein RodA  66.23 
 
 		 379 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.771718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0591  rod shape-determining protein MreD  63.59 
 
 		 379 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0469  rod shape-determining protein RodA  66.23 
 
 		 379 aa  500  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1604  rod shape-determining protein RodA  64.38 
 
 		 379 aa  490  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3649  rod shape-determining protein RodA  63.06 
 
 		 379 aa  462  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.115468 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2483  rod shape-determining protein RodA  50 
 
 		 382 aa  329  6e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.113844 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0659  rod shape-determining protein RodA  46.26 
 
 		 386 aa  315  6e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782988  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0579  rod shape-determining protein RodA  44.32 
 
 		 384 aa  295  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0112947  hitchhiker  0.000000000000132704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1493  rod shape-determining protein RodA  46.13 
 
 		 385 aa  286  4e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2013  rod shape-determining protein RodA  44.72 
 
 		 385 aa  276  4e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0547466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3679  rod shape-determining protein RodA  46.09 
 
 		 376 aa  272  6e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  44.08 
 
 		 374 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0496  rod shape-determining protein RodA  43.24 
 
 		 366 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0674851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  42.15 
 
 		 367 aa  260  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  42.15 
 
 		 367 aa  260  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  41.87 
 
 		 367 aa  259  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  41.01 
 
 		 368 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  42.35 
 
 		 371 aa  259  6e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  41.73 
 
 		 368 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  41.73 
 
 		 368 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  41.73 
 
 		 368 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  41.73 
 
 		 368 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  42.42 
 
 		 372 aa  257  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  42.31 
 
 		 368 aa  256  5e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  40.98 
 
 		 368 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1416  rod shape-determining protein RodA  43.77 
 
 		 384 aa  252  6e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  42.01 
 
 		 368 aa  252  7e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  40.87 
 
 		 368 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  40.38 
 
 		 372 aa  251  2e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  42.48 
 
 		 373 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0104  rod shape-determining protein RodA  42.66 
 
 		 377 aa  249  4e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  41.6 
 
 		 368 aa  250  4e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  42.03 
 
 		 373 aa  249  6e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  40.44 
 
 		 372 aa  246  4.9999999999999997e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  40.43 
 
 		 371 aa  245  9e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  41.52 
 
 		 373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  41.85 
 
 		 370 aa  243  3e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  41.85 
 
 		 370 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  41.85 
 
 		 370 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  40.65 
 
 		 370 aa  243  5e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  41.64 
 
 		 368 aa  243  6e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  40.65 
 
 		 370 aa  242  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2965  cell wall shape-determining protein  41.73 
 
 		 370 aa  241  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  41.21 
 
 		 376 aa  241  2e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  40.06 
 
 		 366 aa  241  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  43.02 
 
 		 372 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2495  rod shape-determining protein RodA  41.16 
 
 		 364 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1546  rod shape-determining protein RodA  43.31 
 
 		 381 aa  239  5.999999999999999e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.317218  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  42.47 
 
 		 370 aa  238  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0322  rod shape-determining protein RodA  40.61 
 
 		 382 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00603  cell wall shape-determining protein  42.47 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0209477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  42.47 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  42.05 
 
 		 403 aa  236  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0723  cell wall shape-determining protein  42.47 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000246706  normal  0.373531 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  42.05 
 
 		 364 aa  237  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0686  cell wall shape-determining protein  42.47 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000809378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0660  cell wall shape-determining protein  42.47 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639344  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  42.47 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0617  cell wall shape-determining protein  42.47 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000737698  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4402  putative rod shape-determining protein, rodA  40.16 
 
 		 382 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0741  cell wall shape-determining protein  41.94 
 
 		 370 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.175825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0681  cell wall shape-determining protein  41.94 
 
 		 370 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0695  cell wall shape-determining protein  41.94 
 
 		 370 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0799  cell wall shape-determining protein  41.94 
 
 		 370 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0574935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0755  cell wall shape-determining protein  41.94 
 
 		 370 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.850126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  39.18 
 
 		 373 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0173  rod shape-determining protein RodA  40.82 
 
 		 383 aa  235  1.0000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  40.66 
 
 		 376 aa  233  3e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1485  rod shape-determining protein RodA  39.78 
 
 		 380 aa  233  3e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3450  rod shape-determining protein RodA  40.39 
 
 		 370 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.921865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1169  cell wall shape-determining protein  41.19 
 
 		 370 aa  233  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25541  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  42.58 
 
 		 380 aa  233  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3371  rod shape-determining protein RodA  40.05 
 
 		 384 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01216  hypothetical protein  41 
 
 		 373 aa  232  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0929  putative rod shape determining protein  39.01 
 
 		 380 aa  231  2e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0112  rod shape-determining protein RodA  39.62 
 
 		 370 aa  229  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08400  rod shape-determining protein RodA  41.39 
 
 		 382 aa  229  7e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.41497  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2710  rod shape-determining protein RodA  42.66 
 
 		 361 aa  229  7e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.217076  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1786  rod shape-determining protein RodA  37.67 
 
 		 380 aa  228  1e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1108  rod shape-determining protein RodA  37.29 
 
 		 367 aa  227  2e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.380475  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3052  rod shape-determining protein RodA  39.45 
 
 		 382 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3169  rod shape-determining protein RodA  39.18 
 
 		 382 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0940392  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1091  cell wall shape-determining protein  40.8 
 
 		 370 aa  227  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0672  rod shape-determining protein  38.76 
 
 		 353 aa  226  4e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.722456  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6465  rod shape-determining protein RodA  39.45 
 
 		 382 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.848347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0591  rod shape-determining protein RodA  38.44 
 
 		 373 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2412  rod shape-determining protein RodA  43.15 
 
 		 380 aa  226  5.0000000000000005e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.305525  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2500  rod shape-determining protein RodA  39.45 
 
 		 382 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3114  rod shape-determining protein RodA  39.45 
 
 		 382 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.376248  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3130  rod shape-determining protein RodA  39.45 
 
 		 382 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.416509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3360  rod shape-determining protein RodA  41.51 
 
 		 369 aa  225  9e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.132084  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3340  putative rod shape-determining protein RodA  41.44 
 
 		 381 aa  225  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193411  normal  0.0192453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3797  rod shape-determining protein RodA  43.57 
 
 		 381 aa  225  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.692479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004223  rod shape-determining protein RodA  42.61 
 
 		 373 aa  225  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000217373  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1200  cell wall shape-determining protein  41.89 
 
 		 370 aa  224  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0055  rod shape-determining protein RodA  39.12 
 
 		 380 aa  223  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00692025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2132  rod shape-determining protein RodA  40.51 
 
 		 371 aa  222  8e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2789  rod shape-determining protein RodA  40.28 
 
 		 382 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>