More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0500 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0500  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 
384 aa  762    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0107532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0941  rod shape-determining protein RodA  71.88 
 
 
384 aa  533  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3400  rod shape-determining protein RodA  69.53 
 
 
384 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.293133  normal  0.487857 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3371  rod shape-determining protein RodA  70.24 
 
 
384 aa  529  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0846  rod shape-determining protein RodA  68.87 
 
 
386 aa  525  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0813507 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0079  putative rod shape-determining transmembrane protein  71.95 
 
 
385 aa  527  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1486  rod shape-determining protein RodA  67.82 
 
 
389 aa  522  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2957  rod shape-determining protein RodA  69.39 
 
 
390 aa  513  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3647  rod shape-determining protein RodA  69.39 
 
 
390 aa  513  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1091  rod shape-determining protein RodA  70.83 
 
 
384 aa  513  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2191  rod shape-determining protein RodA  69.39 
 
 
421 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.405813 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0080  rod shape-determining protein RodA  63.22 
 
 
380 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453004  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6465  rod shape-determining protein RodA  59.58 
 
 
382 aa  456  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.848347  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4402  putative rod shape-determining protein, rodA  59.58 
 
 
382 aa  457  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0055  rod shape-determining protein RodA  61.73 
 
 
380 aa  456  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00692025  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2500  rod shape-determining protein RodA  59.32 
 
 
382 aa  454  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3114  rod shape-determining protein RodA  59.32 
 
 
382 aa  454  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.376248  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3130  rod shape-determining protein RodA  59.32 
 
 
382 aa  454  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.416509  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0063  rod shape-determining (RODA protein) transmembrane  61.73 
 
 
380 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.913941  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3052  rod shape-determining protein RodA  59.32 
 
 
382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125745  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0322  rod shape-determining protein RodA  58.79 
 
 
382 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3169  rod shape-determining protein RodA  58.79 
 
 
382 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0940392  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0048  rod shape-determining protein RodA  59.58 
 
 
382 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3111  rod shape-determining protein RodA  59.84 
 
 
382 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3363  rod shape-determining protein RodA  60.99 
 
 
383 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2789  rod shape-determining protein RodA  59.79 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0158  rod shape-determining protein RodA  59.79 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2370  rod shape-determining protein RodA  59.79 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3686  rod shape-determining protein RodA  60.47 
 
 
383 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.144684  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0166  rod shape-determining protein RodA  59.79 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0177  rod shape-determining protein RodA  59.79 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0142  rod shape-determining protein RodA  59.79 
 
 
382 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0099283  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2290  rod shape-determining protein RodA  59.79 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765831  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0362  rod shape-determining protein RodA  59.52 
 
 
382 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2025  rod shape-determining protein RodA  58.31 
 
 
383 aa  404  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0161321  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1742  rod shape-determining protein RodA  57.77 
 
 
383 aa  400  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0112  rod shape-determining protein RodA  55.7 
 
 
370 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0240  rod shape-determining protein RodA  64.71 
 
 
380 aa  379  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  51.32 
 
 
368 aa  350  3e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  49.47 
 
 
368 aa  347  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  50.79 
 
 
368 aa  343  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  50.27 
 
 
372 aa  340  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  51.53 
 
 
367 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  50.4 
 
 
367 aa  338  8e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  50.4 
 
 
367 aa  338  8e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0316  rod shape-determining protein RodA  52.97 
 
 
366 aa  338  9e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  51.44 
 
 
368 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  50.13 
 
 
368 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  50.13 
 
 
368 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  50.13 
 
 
368 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  50.13 
 
 
368 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  49.87 
 
 
368 aa  334  2e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0264  rod shape-determining protein RodA  51.7 
 
 
366 aa  333  3e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.068566  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2495  rod shape-determining protein RodA  49.73 
 
 
364 aa  333  4e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  50.43 
 
 
368 aa  330  4e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  48.62 
 
 
374 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  51.01 
 
 
373 aa  323  3e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  52.05 
 
 
371 aa  323  4e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  49.21 
 
 
373 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  47.37 
 
 
371 aa  311  9e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  50.43 
 
 
368 aa  310  4e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  49 
 
 
373 aa  308  1.0000000000000001e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  44.82 
 
 
372 aa  307  2.0000000000000002e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  44.94 
 
 
372 aa  303  4.0000000000000003e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  48.06 
 
 
366 aa  300  3e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  50 
 
 
372 aa  300  4e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0173  rod shape-determining protein RodA  45.01 
 
 
383 aa  299  7e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  43.13 
 
 
364 aa  296  5e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1270  rod shape-determining protein RodA  49.04 
 
 
402 aa  295  7e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.681615  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  43.13 
 
 
403 aa  295  9e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01216  hypothetical protein  49.86 
 
 
373 aa  294  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2710  rod shape-determining protein RodA  50.15 
 
 
361 aa  294  2e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.217076  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  46.67 
 
 
373 aa  293  3e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1485  rod shape-determining protein RodA  45.24 
 
 
380 aa  292  7e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140754  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0929  putative rod shape determining protein  45.5 
 
 
380 aa  291  1e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2965  cell wall shape-determining protein  47.27 
 
 
370 aa  290  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  45.71 
 
 
370 aa  290  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  47.16 
 
 
376 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004223  rod shape-determining protein RodA  49.57 
 
 
373 aa  286  4e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000217373  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  48.55 
 
 
380 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  44.68 
 
 
370 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  46.37 
 
 
376 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3797  rod shape-determining protein RodA  48.4 
 
 
381 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.692479  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0615  rod shape-determining protein RodA  46.68 
 
 
381 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.131957  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  45.48 
 
 
370 aa  281  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  45.48 
 
 
370 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  45.48 
 
 
370 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01655  rod shape-determining protein RodA  56.06 
 
 
253 aa  281  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0725617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  49.85 
 
 
370 aa  280  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0755  cell wall shape-determining protein  49.24 
 
 
370 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.850126  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0799  cell wall shape-determining protein  49.24 
 
 
370 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0574935  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0681  cell wall shape-determining protein  49.24 
 
 
370 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0695  cell wall shape-determining protein  49.24 
 
 
370 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1169  cell wall shape-determining protein  49.54 
 
 
370 aa  279  5e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25541  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0741  cell wall shape-determining protein  49.24 
 
 
370 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.175825  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00603  cell wall shape-determining protein  49.85 
 
 
370 aa  279  6e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0209477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  49.85 
 
 
370 aa  279  6e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  49.85 
 
 
370 aa  279  6e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0686  cell wall shape-determining protein  49.85 
 
 
370 aa  279  6e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000809378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0660  cell wall shape-determining protein  49.85 
 
 
370 aa  279  6e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639344  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>