More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1678 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1678  oligopeptide transport ATP-binding protein OppD  100 
 
 
242 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3641  ABC transporter related  56.49 
 
 
235 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1274  ABC transporter related  36.36 
 
 
303 aa  137  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1863  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  33.86 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0014  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  33.6 
 
 
309 aa  124  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.709521  normal  0.0140124 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2553  ABC transporter related  33.06 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.499452  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8931  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  33.07 
 
 
345 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0213  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  33.47 
 
 
309 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.50166  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1797  ABC transporter related  34.63 
 
 
282 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.169202  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1342  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  30.29 
 
 
307 aa  116  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0038  ABC transporter related  32.82 
 
 
270 aa  116  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0193183  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0196  ABC transporter related  31.66 
 
 
530 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0190  ABC transporter related  31.66 
 
 
530 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4141  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  29.5 
 
 
344 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.186774 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4716  ABC transporter related  30.04 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.796997  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4210  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  32.42 
 
 
345 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384565  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1326  ATPase  32.68 
 
 
307 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.406324  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2485  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  30.08 
 
 
336 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.44622  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1468  ABC transporter related protein  28.68 
 
 
265 aa  112  6e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1305  ATPase  33.33 
 
 
536 aa  112  7.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0800  ABC transporter related  29.32 
 
 
540 aa  112  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.614188  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1930  ABC transporter related  32.13 
 
 
264 aa  111  9e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0113  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.15 
 
 
328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.556831  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5513  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  30.38 
 
 
353 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.472941 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2200  ABC transporter related  32.44 
 
 
373 aa  110  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0704641  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0142  ABC transporter, ATP-binding protein  32.68 
 
 
486 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0777  ABC transporter related  29.15 
 
 
527 aa  109  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.501487  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0618  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.7 
 
 
725 aa  109  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726649  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3820  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.25 
 
 
345 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.135433  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1041  peptide ABC transporter ATPase  31.54 
 
 
565 aa  109  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.571096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37840  putative ATP-binding component of ABC transporter  31.64 
 
 
536 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000360917  normal  0.225303 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2699  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (agrocinopine)  29.83 
 
 
311 aa  108  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3069  ABC transporter related  33.72 
 
 
269 aa  107  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0301743  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0252  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  31.1 
 
 
613 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7555  ABC transporter, ATP-binding protein  31.43 
 
 
544 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.665329  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0129  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  30.98 
 
 
334 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1076  ABC transporter related  28.79 
 
 
546 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.123056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1429  ABC transporter related  29 
 
 
561 aa  108  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.531386 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3993  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  29.46 
 
 
343 aa  107  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3448  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  32.34 
 
 
343 aa  107  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.510387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7150  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.84 
 
 
346 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.221391 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3249  peptide ABC transporter ATPase  32.2 
 
 
557 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0843322  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP- binding protein-like protein  30.94 
 
 
329 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0140  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  29.7 
 
 
632 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.403478 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5586  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  34.05 
 
 
511 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.249808  normal  0.633311 
 
 
-
 
NC_002620  TC0062  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  28.74 
 
 
321 aa  106  3e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3634  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  32.46 
 
 
371 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.187895  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05950  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  34.14 
 
 
265 aa  106  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.149541 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2854  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.13 
 
 
328 aa  105  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.148039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5775  ABC transporter related protein  30.2 
 
 
257 aa  105  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0511642  normal  0.641423 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0983  ABC transporter related  28.57 
 
 
260 aa  105  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0278331  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1046  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.27 
 
 
345 aa  105  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.912273  normal  0.377404 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2121  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.91 
 
 
611 aa  105  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3308  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  28.68 
 
 
346 aa  105  8e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1953  glutathione import ATP-binding protein GsiA  27.95 
 
 
686 aa  105  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2616  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.52 
 
 
330 aa  105  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0474207  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1715  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.89 
 
 
330 aa  105  9e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.765913  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2823  ABC transporter related  30.6 
 
 
619 aa  105  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0582166  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1602  ABC transporter-like protein  34.45 
 
 
547 aa  104  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0679  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.68 
 
 
327 aa  104  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2345  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.15 
 
 
330 aa  104  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1510  ABC transporter related  31.02 
 
 
539 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2989  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  30.08 
 
 
333 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4863  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  29.07 
 
 
330 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.219128  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4502  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  27.8 
 
 
329 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.301743 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2540  ABC transporter related  29.2 
 
 
271 aa  104  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000131925  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2602  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  30.08 
 
 
355 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2491  ABC transporter related  29.2 
 
 
271 aa  104  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3091  nickel ABC transporter, ATP-binding protein, putative  31.4 
 
 
548 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00987515  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0991  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.34 
 
 
328 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3572  ABC transporter, ATP-binding protein  30.98 
 
 
575 aa  103  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0481418 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12580  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  29.57 
 
 
359 aa  103  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.191893  normal  0.218091 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3016  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  29.34 
 
 
329 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0046  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  25.68 
 
 
336 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1010  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.34 
 
 
328 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2900  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  29.34 
 
 
329 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.208244  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0454  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  30.42 
 
 
603 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.40256  normal  0.0333961 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1537  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  29.34 
 
 
329 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0244  ABC transporter related  32.33 
 
 
531 aa  103  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.46044  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3266  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  30.62 
 
 
330 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496309  normal  0.0441332 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3220  ABC transporter, ATP-binding protein  31.92 
 
 
539 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.94364  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0354  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  29.34 
 
 
329 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2207  ABC transporter related  29.76 
 
 
549 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.252505  normal  0.194829 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1082  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  29.3 
 
 
348 aa  103  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2473  ABC transporter, ATP-binding/permease  30.65 
 
 
691 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0795859  normal  0.0679647 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0388  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  29.34 
 
 
329 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.440063  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1049  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.4 
 
 
330 aa  103  3e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.933184  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2085  ABC transporter, ATP-binding component  30.2 
 
 
339 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.453898  normal  0.73347 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0594  ABC transporter related  31.2 
 
 
530 aa  103  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1727  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  29.34 
 
 
329 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.957912  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4157  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.96 
 
 
338 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.55271 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3983  ABC transporter related  31.44 
 
 
557 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0764  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  27.45 
 
 
392 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0451  ATPase  29.87 
 
 
552 aa  102  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.508164  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5410  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.68 
 
 
330 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0756  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  28.76 
 
 
353 aa  102  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0814823 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2513  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.8 
 
 
342 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.898182  normal 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D21  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  28.33 
 
 
338 aa  102  4e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2030  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  29.61 
 
 
338 aa  102  4e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0575339  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27830  ATPase component of various ABC-type transport systems with duplicated ATPase domain  33.47 
 
 
298 aa  102  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>