More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0871 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3509  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  53.47 
 
 
577 aa  636    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0871  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  100 
 
 
576 aa  1191    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1444  thiamine pyrophosphate protein central region  55.71 
 
 
581 aa  635    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0135797  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3605  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.09 
 
 
572 aa  252  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0396  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.12 
 
 
587 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1848  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.12 
 
 
587 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3793  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.44 
 
 
572 aa  252  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1113  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.12 
 
 
587 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0753  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.12 
 
 
587 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1419  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.12 
 
 
587 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.392825  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1281  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.12 
 
 
587 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1274  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.12 
 
 
587 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1045  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.93 
 
 
587 aa  247  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.160852  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3554  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.46 
 
 
581 aa  246  6e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.743835  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0624  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.26 
 
 
574 aa  246  6e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146468 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2843  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.52 
 
 
587 aa  245  9.999999999999999e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.73 
 
 
572 aa  245  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1328  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.65 
 
 
587 aa  244  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0958781 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0083  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.08 
 
 
604 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00079  acetolactate synthase III large subunit  31.26 
 
 
574 aa  243  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00078  hypothetical protein  31.26 
 
 
574 aa  243  7e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4356  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  31.16 
 
 
597 aa  243  1e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0195043  normal  0.165363 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2018  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.94 
 
 
573 aa  242  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.801766  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2821  acetolactate synthase large subunit  31.79 
 
 
581 aa  242  1e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0079  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.26 
 
 
574 aa  241  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2288  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.19 
 
 
587 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.925568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1654  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.19 
 
 
587 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.527675  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1013  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.93 
 
 
587 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.458682  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2265  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.19 
 
 
587 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587428  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3522  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.26 
 
 
574 aa  240  4e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3580  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.26 
 
 
574 aa  240  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2181  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.12 
 
 
587 aa  240  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.384106  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1175  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.05 
 
 
526 aa  240  4e-62  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.312541 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5592  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.93 
 
 
587 aa  240  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2544  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.91 
 
 
588 aa  240  5e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000348617  hitchhiker  0.0000942961 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4239  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  30.91 
 
 
620 aa  240  5.999999999999999e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.469976  normal  0.302024 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1886  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  31.53 
 
 
619 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0490387  normal  0.105007 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1906  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  31.53 
 
 
619 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.365234  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1952  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  31.53 
 
 
619 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.338885  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2932  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.73 
 
 
593 aa  239  8e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3531  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.73 
 
 
575 aa  239  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0125  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.85 
 
 
584 aa  239  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0911  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.12 
 
 
587 aa  239  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2303  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.93 
 
 
587 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3401  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.73 
 
 
575 aa  239  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0634  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.96 
 
 
573 aa  239  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0951931  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0947  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.36 
 
 
587 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2022  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.83 
 
 
585 aa  238  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.721399 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0086  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.08 
 
 
574 aa  238  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1488  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.63 
 
 
600 aa  238  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0083  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.08 
 
 
574 aa  238  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.630637  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3231  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.65 
 
 
587 aa  238  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1911  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.75 
 
 
573 aa  237  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.274178  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00825  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.69 
 
 
574 aa  237  5.0000000000000005e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.73 
 
 
584 aa  237  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1495  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.02 
 
 
566 aa  236  7e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.433241 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0127  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.67 
 
 
584 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.53134  hitchhiker  0.000772873 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2122  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  31.52 
 
 
625 aa  236  7e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522117  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2138  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.82 
 
 
572 aa  236  8e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.803808  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08870  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  31.5 
 
 
620 aa  236  9e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1547  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.71 
 
 
569 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.67 
 
 
584 aa  236  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.084297 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2893  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.74 
 
 
592 aa  235  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0020584 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3230  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.51 
 
 
644 aa  236  1.0000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0128  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.67 
 
 
584 aa  236  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1203  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.82 
 
 
584 aa  235  2.0000000000000002e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1072  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  31.05 
 
 
566 aa  235  2.0000000000000002e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0596  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.55 
 
 
573 aa  235  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.793346  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3347  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.92 
 
 
561 aa  235  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.18132  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.15 
 
 
566 aa  234  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3720  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.98 
 
 
566 aa  234  3e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.104335  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2746  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.14 
 
 
566 aa  234  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2269  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.29 
 
 
572 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1296  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.8 
 
 
563 aa  233  5e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08850  acetolactate synthase, large subunit  30.69 
 
 
623 aa  233  6e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.369585  normal  0.232213 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1123  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  32.03 
 
 
629 aa  233  6e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.425518  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2420  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.89 
 
 
586 aa  233  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.438184  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0611  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  29.98 
 
 
589 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.175913  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1488  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.95 
 
 
601 aa  233  7.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.203194  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0544  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.44 
 
 
602 aa  233  7.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0281  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.8 
 
 
554 aa  233  9e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2270  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.62 
 
 
576 aa  233  1e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3236  acetolactate synthase III, large subunit, biosynthetic type  28.99 
 
 
575 aa  232  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00702842  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3322  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.73 
 
 
607 aa  233  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.437675  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2386  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.52 
 
 
572 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0890713  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1955  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.68 
 
 
618 aa  232  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0672621 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2228  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.31 
 
 
585 aa  232  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.635342 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2077  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.44 
 
 
585 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1260  acetolactate synthase, large subunit  29.23 
 
 
566 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00775476  hitchhiker  0.00000116322 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13018  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  32.43 
 
 
618 aa  231  2e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0170383  normal  0.298126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2317  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.16 
 
 
594 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.251422  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2714  acetolactate synthase, large subunit  29.72 
 
 
555 aa  231  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001649  acetolactate synthase large subunit  30.14 
 
 
574 aa  231  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.546971  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1973  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.52 
 
 
572 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417395  hitchhiker  0.0000255584 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0171  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.09 
 
 
586 aa  231  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.458212  normal  0.847135 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1905  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.31 
 
 
585 aa  231  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.239635  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1628  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.74 
 
 
572 aa  231  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2374  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.65 
 
 
572 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.343911  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3112  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.78 
 
 
601 aa  231  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0197191  normal  0.918751 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01970  acetolactate synthase, large subunit  32.43 
 
 
622 aa  231  3e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00241919  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>