164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0702 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0702  superoxide dismutase copper/zinc binding  100 
 
 
172 aa  352  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123655  normal  0.846065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1161  superoxide dismutase copper/zinc binding  64.47 
 
 
171 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.552065  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1009  superoxide dismutase copper/zinc binding  63.82 
 
 
171 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814161 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0442  superoxide dismutase, copper/zinc binding  54.09 
 
 
185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.039325  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1796  putative copper/Zinc superoxide dismutase  53.46 
 
 
185 aa  170  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.749298  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0454  superoxide dismutase, copper/zinc binding  54.09 
 
 
190 aa  166  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101401  normal  0.041937 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1634  superoxide dismutase, copper/zinc binding  55.03 
 
 
165 aa  164  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0488  superoxide dismutase, copper/zinc binding  43.51 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3220  superoxide dismutase, copper/zinc binding  38.64 
 
 
173 aa  117  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0224  superoxide dismutase copper/zinc binding  48.59 
 
 
172 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.504945  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3597  superoxide dismutase, copper/zinc binding  41.56 
 
 
169 aa  112  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592346  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3011  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  35.8 
 
 
174 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1561  superoxide dismutase copper/zinc binding  40.56 
 
 
172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.731272 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2796  copper/Zinc superoxide dismutase  36.57 
 
 
169 aa  107  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.914684 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0122  superoxide dismutase copper/zinc binding  40.12 
 
 
179 aa  104  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3067  Superoxide dismutase  39.77 
 
 
175 aa  98.2  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00079657 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2865  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.71 
 
 
172 aa  97.4  7e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1699  superoxide dismutase copper/zinc binding  38.31 
 
 
176 aa  95.9  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000210654  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2872  superoxide dismutase copper/zinc binding  36.93 
 
 
169 aa  95.1  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4679  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.42 
 
 
201 aa  91.7  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4310  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.42 
 
 
201 aa  91.7  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.366806  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4338  copper/Zinc superoxide dismutase  37.41 
 
 
180 aa  90.9  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4827  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.42 
 
 
201 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.661461  normal  0.600787 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3554  superoxide dismutase  30.99 
 
 
171 aa  88.6  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642978  normal  0.247145 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1626  superoxide dismutase, copper/zinc binding  33.91 
 
 
177 aa  88.6  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4681  Superoxide dismutase  39.6 
 
 
208 aa  88.6  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2378  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.23 
 
 
177 aa  87.8  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3819  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.74 
 
 
179 aa  87.8  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130006  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2599  superoxide dismutase, copper/zinc binding  35.85 
 
 
239 aa  86.7  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00595972  normal  0.45771 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4070  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.14 
 
 
171 aa  87  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.273253  normal  0.944661 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2345  superoxide dismutase  34.88 
 
 
178 aa  85.9  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0211561  normal  0.0730316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2833  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.93 
 
 
177 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0916793  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2581  superoxide dismutase copper/zinc binding  36.2 
 
 
183 aa  86.3  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152888  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2177  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.58 
 
 
183 aa  84.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.0481765 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2368  superoxide dismutase Cu-Zn precursor protein  31.95 
 
 
182 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0422357 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3518  superoxide dismutase copper/zinc binding  32.68 
 
 
180 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3942  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.55 
 
 
212 aa  80.5  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379903  normal  0.128954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2922  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.16 
 
 
183 aa  78.6  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.719659  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5018  superoxide dismutase, Cu-Zn  32.86 
 
 
165 aa  77.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4777  superoxide dismutase, Cu-Zn  28.16 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4617  superoxide dismutase, Cu-Zn  28.16 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4639  superoxide dismutase, Cu-Zn  28.16 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5139  superoxide dismutase, Cu-Zn  28.16 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5051  superoxide dismutase, Cu-Zn  28.16 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5046  superoxide dismutase, Cu-Zn  27.01 
 
 
179 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0125  superoxide dismutase copper/zinc binding  40.94 
 
 
206 aa  76.3  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.100957 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1900  superoxide dismutase, copper/zinc binding  31.55 
 
 
185 aa  76.3  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.370601  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03563  superoxide dismutase  39.07 
 
 
200 aa  76.6  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5039  superoxide dismutase, Cu-Zn  27.01 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.792086  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0195  superoxide dismutase, Cu-Zn  27.01 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0124  superoxide dismutase copper/zinc binding  38.06 
 
 
189 aa  74.3  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0952022 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2943  copper/Zinc superoxide dismutase  33.33 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.171551  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1782  copper/Zinc superoxide dismutase  41.53 
 
 
156 aa  73.6  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4729  superoxide dismutase copper/zinc binding  26.44 
 
 
179 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3711  superoxide dismutase copper/zinc binding  36.84 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4059  superoxide dismutase copper/zinc binding  30.6 
 
 
214 aa  73.2  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.453641  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2757  superoxide dismutase, copper/zinc binding  38.6 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00492325  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1880  superoxide dismutase copper/zinc binding  30.97 
 
 
175 aa  71.6  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2057  superoxide dismutase, copper/zinc binding  32 
 
 
175 aa  71.2  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0494601  normal  0.319354 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06578  hypothetical protein  33.79 
 
 
170 aa  69.7  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03561  superoxide dismutase  34.53 
 
 
203 aa  68.9  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1610  Superoxide dismutase  35.61 
 
 
184 aa  68.6  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0511  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  33.33 
 
 
170 aa  67.8  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59112  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0817  superoxide dismutase, copper/zinc binding  32.93 
 
 
226 aa  67.8  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.509975  decreased coverage  0.0003056 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3728  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  31.49 
 
 
244 aa  67.4  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08070  superoxide dismutase (Cu-Zn)  31.51 
 
 
158 aa  67  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000475437  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2653  superoxide dismutase, copper/zinc binding  36.81 
 
 
182 aa  67  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.792961  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4523  superoxide dismutase  33.33 
 
 
510 aa  67  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3135  superoxide dismutase, copper/zinc binding  31.79 
 
 
191 aa  66.2  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.310957  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1980  superoxide dismutase, copper/zinc binding  32.65 
 
 
183 aa  66.2  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0783595 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2380  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  30.18 
 
 
220 aa  65.1  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0733  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.1 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000189816  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1838  superoxide dismutase  32.2 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.159694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01616  superoxide dismutase, Cu, Zn  32.2 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00181178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1994  Superoxide dismutase  32.2 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374216  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01606  hypothetical protein  32.2 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00112048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2358  superoxide dismutase  32.2 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000359959  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1552  superoxide dismutase  32.2 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0496165  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1983  superoxide dismutase  32.2 
 
 
178 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0141955  hitchhiker  0.00119703 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1186  superoxide dismutase, Cu-Zn  30.17 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1723  superoxide dismutase  32.2 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.335611  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1857  superoxide dismutase  32.2 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.195407  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3163  superoxide dismutase (Cu-Zn)  29.28 
 
 
174 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.315078  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2210  superoxide dismutase  30.41 
 
 
173 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0109092  hitchhiker  0.000454174 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001207  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  28.89 
 
 
171 aa  62.4  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3827  superoxide dismutase  29.28 
 
 
173 aa  62.4  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2485  superoxide dismutase  30.34 
 
 
171 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1200  putative superoxide dismutase  28.96 
 
 
219 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2297  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  29.52 
 
 
162 aa  60.8  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1801  superoxide dismutase  33.14 
 
 
172 aa  60.5  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0159903  normal  0.0303591 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0852  superoxide dismutase, copper/zinc binding  35.46 
 
 
183 aa  60.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2270  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  31.76 
 
 
162 aa  59.7  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3638  superoxide dismutase, copper/zinc binding  29.7 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4195  superoxide dismutase copper/zinc binding  30.56 
 
 
210 aa  59.3  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1338  superoxide dismutase, Cu-Zn  31.55 
 
 
172 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2024  superoxide dismutase, copper/zinc binding  31.25 
 
 
170 aa  58.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000023752  hitchhiker  0.00000198076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1951  superoxide dismutase, copper/zinc binding protein  31.25 
 
 
170 aa  58.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0285693  hitchhiker  0.00191784 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2125  superoxide dismutase, copper/zinc binding  31.03 
 
 
170 aa  58.5  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0013475  normal  0.0132534 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2022  superoxide dismutase (Cu-Zn)  27.75 
 
 
170 aa  57.8  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12203  Copper/Zinc superoxide dismutase  34.07 
 
 
194 aa  56.2  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.348099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>