154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06578 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06578  hypothetical protein  100 
 
 
170 aa  343  6e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1186  superoxide dismutase, Cu-Zn  70.41 
 
 
171 aa  254  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001207  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  68.45 
 
 
171 aa  235  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0511  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  61.82 
 
 
170 aa  223  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59112  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3638  superoxide dismutase, copper/zinc binding  59.49 
 
 
173 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2125  superoxide dismutase, copper/zinc binding  57.8 
 
 
170 aa  193  9e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0013475  normal  0.0132534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30470  CU-Zn Superoxide dismutase  59.41 
 
 
180 aa  193  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0659  superoxide dismutase, Cu-Zn  57.99 
 
 
174 aa  192  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2024  superoxide dismutase, copper/zinc binding  62.76 
 
 
170 aa  190  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000023752  hitchhiker  0.00000198076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1951  superoxide dismutase, copper/zinc binding protein  62.76 
 
 
170 aa  190  7e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0285693  hitchhiker  0.00191784 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03307  superoxide dismutase, Cu-Zn  53.01 
 
 
181 aa  187  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00782096  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2101  superoxide dismutase copper/zinc binding  55.75 
 
 
174 aa  187  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.651227  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2297  superoxide dismutase, copper/zinc binding  59.18 
 
 
180 aa  184  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.011982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1347  superoxide dismutase, copper/zinc binding  53.57 
 
 
183 aa  180  9.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2485  superoxide dismutase  53.8 
 
 
171 aa  177  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1154  copper/Zinc superoxide dismutase  63.77 
 
 
172 aa  176  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.744174 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2210  superoxide dismutase  52.3 
 
 
173 aa  175  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0109092  hitchhiker  0.000454174 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1154  copper/zinc superoxide dismutase  52.27 
 
 
177 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1419  copper/zinc superoxide dismutase  52.27 
 
 
177 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0294455 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1082  copper/zinc superoxide dismutase  52.27 
 
 
177 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.302029 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3163  superoxide dismutase (Cu-Zn)  49.41 
 
 
174 aa  171  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.315078  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1200  putative superoxide dismutase  51.43 
 
 
219 aa  171  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0122  superoxide dismutase (Cu/Zn)  50.56 
 
 
179 aa  170  7.999999999999999e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.291157  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3315  copper/zinc superoxide dismutase  48.21 
 
 
195 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.151154  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0978  copper/zinc superoxide dismutase  49.21 
 
 
189 aa  168  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0397  superoxide dismutase, copper/zinc binding  56.41 
 
 
176 aa  167  5e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0161  copper/zinc superoxide dismutase  55.19 
 
 
178 aa  167  6e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000919214  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1734  superoxide dismutase  52.87 
 
 
173 aa  167  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0827551  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1550  superoxide dismutase  53.18 
 
 
173 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1537  superoxide dismutase  53.18 
 
 
173 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.19125  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1903  superoxide dismutase  53.18 
 
 
173 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.292339  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1338  superoxide dismutase, Cu-Zn  59.42 
 
 
172 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1610  superoxide dismutase  52.6 
 
 
173 aa  164  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.815221 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3445  superoxide dismutase  46.27 
 
 
201 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1552  superoxide dismutase  52.02 
 
 
173 aa  161  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0496165  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01616  superoxide dismutase, Cu, Zn  51.45 
 
 
173 aa  160  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00181178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1994  Superoxide dismutase  51.45 
 
 
173 aa  160  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374216  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2358  superoxide dismutase  51.45 
 
 
173 aa  160  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000359959  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1723  superoxide dismutase  51.45 
 
 
173 aa  160  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.335611  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1857  superoxide dismutase  51.45 
 
 
173 aa  160  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.195407  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1983  superoxide dismutase  51.45 
 
 
178 aa  160  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0141955  hitchhiker  0.00119703 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01606  hypothetical protein  51.45 
 
 
173 aa  160  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00112048  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0788  copper/zinc superoxide dismutase  54.61 
 
 
178 aa  160  7e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1838  superoxide dismutase  50.87 
 
 
173 aa  159  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.159694  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3827  superoxide dismutase  49.43 
 
 
173 aa  157  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1801  superoxide dismutase  50.87 
 
 
172 aa  155  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0159903  normal  0.0303591 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2022  superoxide dismutase (Cu-Zn)  47.43 
 
 
170 aa  153  9e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1330  copper/zinc superoxide dismutase  54.49 
 
 
186 aa  152  2e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.236149  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2653  superoxide dismutase, copper/zinc binding  49.37 
 
 
182 aa  151  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.792961  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0703  superoxide dismutase, Cu-Zn  48.85 
 
 
173 aa  144  8.000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0659  superoxide dismutase, Cu-Zn  48.85 
 
 
173 aa  144  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2270  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  44.12 
 
 
162 aa  140  7e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2297  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  44.12 
 
 
162 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1507  superoxide dismutase precursor (Cu-Zn)  45.03 
 
 
178 aa  135  2e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.814898  normal  0.841266 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0538  superoxide dismutase copper/zinc binding  44.25 
 
 
178 aa  134  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0765812  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0982  putative superoxide dismutase  43.35 
 
 
175 aa  128  4.0000000000000003e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000174344  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2599  superoxide dismutase, copper/zinc binding  42.28 
 
 
239 aa  96.7  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00595972  normal  0.45771 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1634  superoxide dismutase, copper/zinc binding  38.41 
 
 
165 aa  89.4  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3011  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  36 
 
 
174 aa  89  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2865  superoxide dismutase copper/zinc binding  31.28 
 
 
172 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2796  copper/Zinc superoxide dismutase  31.76 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.914684 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0906  superoxide dismutase, Cu/Zn  42.74 
 
 
192 aa  79  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.381444  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1796  putative copper/Zinc superoxide dismutase  37.24 
 
 
185 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.749298  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3597  superoxide dismutase, copper/zinc binding  35.57 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592346  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0442  superoxide dismutase, copper/zinc binding  37.24 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.039325  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4523  superoxide dismutase  36.26 
 
 
510 aa  77.8  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2872  superoxide dismutase copper/zinc binding  32.96 
 
 
169 aa  76.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2581  superoxide dismutase copper/zinc binding  38.93 
 
 
183 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152888  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0454  superoxide dismutase, copper/zinc binding  36.55 
 
 
190 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101401  normal  0.041937 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4059  superoxide dismutase copper/zinc binding  34.78 
 
 
214 aa  75.9  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.453641  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0224  superoxide dismutase copper/zinc binding  34.9 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.504945  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3067  Superoxide dismutase  35.43 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00079657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3220  superoxide dismutase, copper/zinc binding  34.62 
 
 
173 aa  73.9  0.0000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3711  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.86 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08070  superoxide dismutase (Cu-Zn)  29.83 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000475437  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1009  superoxide dismutase copper/zinc binding  34.48 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814161 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1161  superoxide dismutase copper/zinc binding  34.48 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.552065  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0124  superoxide dismutase copper/zinc binding  36.88 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0952022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2177  superoxide dismutase copper/zinc binding  38.17 
 
 
183 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.0481765 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1880  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.44 
 
 
175 aa  72.4  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2057  superoxide dismutase, copper/zinc binding  35.44 
 
 
175 aa  72.4  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0494601  normal  0.319354 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1980  superoxide dismutase, copper/zinc binding  35.76 
 
 
183 aa  72  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0783595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3554  superoxide dismutase  31.43 
 
 
171 aa  72  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642978  normal  0.247145 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4070  superoxide dismutase copper/zinc binding  36.49 
 
 
171 aa  72  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.273253  normal  0.944661 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0488  superoxide dismutase, copper/zinc binding  33.56 
 
 
172 aa  71.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3343  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  36.09 
 
 
210 aa  71.2  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0409606 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3728  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  34.94 
 
 
244 aa  68.9  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0733  superoxide dismutase copper/zinc binding  32.88 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000189816  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0702  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.79 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123655  normal  0.846065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3942  superoxide dismutase copper/zinc binding  36.36 
 
 
212 aa  68.9  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379903  normal  0.128954 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1782  copper/Zinc superoxide dismutase  34.69 
 
 
156 aa  68.6  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2345  superoxide dismutase  33.15 
 
 
178 aa  68.2  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0211561  normal  0.0730316 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1626  superoxide dismutase, copper/zinc binding  30.99 
 
 
177 aa  68.2  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4761  superoxide dismutase, copper/zinc binding  29.55 
 
 
179 aa  68.2  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.271734  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4681  Superoxide dismutase  34.72 
 
 
208 aa  68.2  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2368  superoxide dismutase Cu-Zn precursor protein  38.21 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0422357 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3135  superoxide dismutase, copper/zinc binding  33.53 
 
 
191 aa  67.8  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.310957  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3449  superoxide dismutase, copper/zinc binding  35 
 
 
180 aa  67  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.00000937306 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2380  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  33.53 
 
 
220 aa  65.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4310  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.62 
 
 
201 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.366806  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>