More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3173 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3173  succinic semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 		 485 aa  985    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2023  succinate-semialdehyde dehydrogenase  77.02 
 
 		 490 aa  754    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.491893  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4665  succinate-semialdehyde dehydrogenase  76.81 
 
 		 494 aa  746    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3929  succinic semialdehyde dehydrogenase  80.98 
 
 		 489 aa  800    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3863  succinic semialdehyde dehydrogenase  80 
 
 		 485 aa  783    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.310813 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1888  succinic semialdehyde dehydrogenase  75.26 
 
 		 485 aa  748    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000160423  normal  0.0242248 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0231  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.83 
 
 		 483 aa  616  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0343  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  60.79 
 
 		 483 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4208  succinate semialdehyde dehydrogenase  60.87 
 
 		 500 aa  608  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485625  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2774  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.56 
 
 		 486 aa  610  1e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03430  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  60.58 
 
 		 483 aa  610  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59013  hitchhiker  1.44142e-17 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49080  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.41 
 
 		 483 aa  609  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.133526  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1691  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.59 
 
 		 484 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.943711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1022  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.17 
 
 		 482 aa  598  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02517  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  59.17 
 
 		 482 aa  595  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3903  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.38 
 
 		 482 aa  596  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.85959 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02481  hypothetical protein  59.17 
 
 		 482 aa  595  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2781  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  58.96 
 
 		 482 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.610238 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2941  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.38 
 
 		 482 aa  596  1e-169  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1045  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.17 
 
 		 482 aa  595  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2971  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.17 
 
 		 482 aa  595  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0217153 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1976  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.73 
 
 		 496 aa  597  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275824  normal  0.526034 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2904  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.17 
 
 		 482 aa  595  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2796  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.17 
 
 		 482 aa  595  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2493  succinate semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 		 490 aa  597  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.295666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0300  succinate-semialdehyde dehydrogenase  59.71 
 
 		 480 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0187  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  58.96 
 
 		 480 aa  592  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2120  succinate-semialdehyde dehydrogenase  59.92 
 
 		 489 aa  592  1e-168  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.71661  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0274  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.79 
 
 		 492 aa  594  1e-168  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3092  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  58.96 
 
 		 482 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2988  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.17 
 
 		 482 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.853074  normal  0.0957266 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3363  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.92 
 
 		 489 aa  590  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.159343 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0808  succinate-semialdehyde dehydrogenase  59.71 
 
 		 489 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0213  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.5 
 
 		 480 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.246043 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0091  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.71 
 
 		 480 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2125  succinate-semialdehyde dehydrogenase  59.71 
 
 		 489 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.481281  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2991  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.68 
 
 		 485 aa  589  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6539300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1820  succinate-semialdehyde dehydrogenase  59.71 
 
 		 489 aa  588  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0394  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.71 
 
 		 489 aa  588  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.41264  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0492  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  59.71 
 
 		 489 aa  588  1e-167  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1292  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.26 
 
 		 485 aa  585  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00190928  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0228  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.29 
 
 		 480 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4421  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.58 
 
 		 479 aa  585  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1481  succinate-semialdehyde dehydrogenase  59.5 
 
 		 489 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670932  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0279  succinate semialdehyde dehydrogenase  59.17 
 
 		 489 aa  585  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.89832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3395  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.73 
 
 		 509 aa  586  1e-166  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.610857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4999  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.5 
 
 		 480 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5242  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.08 
 
 		 489 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.426538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0237  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.29 
 
 		 480 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0517  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.11 
 
 		 486 aa  582  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000530591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.17 
 
 		 489 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0786  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.97 
 
 		 493 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.13 
 
 		 482 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4712  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.87 
 
 		 489 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4908  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.17 
 
 		 489 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5362  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.17 
 
 		 489 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0173  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.37 
 
 		 479 aa  583  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4850  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.08 
 
 		 486 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3095  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.37 
 
 		 491 aa  580  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0048  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.04 
 
 		 488 aa  578  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0289  succinic semialdehyde dehydrogenase  55.62 
 
 		 490 aa  579  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0951  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.2 
 
 		 482 aa  578  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4662  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.47 
 
 		 493 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3263  succinate semialdehyde dehydrogenase  56.88 
 
 		 489 aa  581  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.132134 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3191  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.68 
 
 		 483 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0213  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.25 
 
 		 492 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.786998  normal  0.906241 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3954  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.35 
 
 		 481 aa  572  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0655928  normal  0.638974 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0112  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.14 
 
 		 484 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5115  succinate semialdehyde dehydrogenase  58.26 
 
 		 489 aa  574  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0909  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.35 
 
 		 488 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6301  succinic semialdehyde dehydrogenase  55.62 
 
 		 492 aa  569  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2324  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.85 
 
 		 492 aa  570  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.832005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4355  succinic semialdehyde dehydrogenase  55.74 
 
 		 493 aa  569  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00805728 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4942  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  56.16 
 
 		 482 aa  568  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.498743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1099  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.78 
 
 		 482 aa  568  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.681795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1113  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.37 
 
 		 482 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1204  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.16 
 
 		 482 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.160081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3222  succinic semialdehyde dehydrogenase  55.81 
 
 		 484 aa  565  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0700  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.53 
 
 		 503 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.618227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2544  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.78 
 
 		 490 aa  566  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.642859  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0100  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.13 
 
 		 484 aa  567  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3225  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.88 
 
 		 486 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00532289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0656  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.44 
 
 		 503 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8306  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.85 
 
 		 493 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.985186  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3187  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.37 
 
 		 482 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.450535  normal  0.0362336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2474  succinic semialdehyde dehydrogenase  55.99 
 
 		 487 aa  563  1.0000000000000001e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.353671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1171  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.16 
 
 		 482 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195542  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3441  succinate semialdehyde dehydrogenase  56.81 
 
 		 479 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.301737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2913  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.2 
 
 		 482 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0320472  normal  0.673658 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4681  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.85 
 
 		 492 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2257  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.92 
 
 		 490 aa  563  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.142739  normal  0.131796 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3193  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.95 
 
 		 480 aa  558  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1012  succinate semialdehyde dehydrogenase  58.25 
 
 		 511 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225997  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1978  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.41 
 
 		 496 aa  558  1e-158  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0648887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1778  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.61 
 
 		 496 aa  560  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2672  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.25 
 
 		 492 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2402  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.38 
 
 		 490 aa  560  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.341651 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0833  succinate semialdehyde dehydrogenase  59.34 
 
 		 486 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.405715 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0300  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.2 
 
 		 486 aa  555  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.648676 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0263  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.76 
 
 		 490 aa  557  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>