173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0346 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0346  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 
148 aa  303  4.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0480  cytochrome c biogenesis protein  54.95 
 
 
142 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4479  cytochrome C biogenesis protein  56.32 
 
 
149 aa  103  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0486  cytochrome C biogenesis protein  51.79 
 
 
144 aa  101  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3366  cytochrome C biogenesis protein  48.65 
 
 
139 aa  99  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0477  cytochrome C biogenesis protein  48.51 
 
 
148 aa  99.4  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0477  cytochrome c-type biogenesis protein NrfF precursor  55.56 
 
 
149 aa  97.1  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3879  cytochrome C biogenesis protein  47.83 
 
 
137 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0487  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 
139 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4004  cytochrome C biogenesis protein  50.48 
 
 
144 aa  94.4  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3544  cytochrome C biogenesis protein  58.11 
 
 
144 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  35.16 
 
 
159 aa  90.5  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  35.16 
 
 
159 aa  90.5  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  35.16 
 
 
159 aa  90.5  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  38.66 
 
 
159 aa  90.1  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  35.16 
 
 
159 aa  90.5  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  40.18 
 
 
155 aa  87  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  40.86 
 
 
160 aa  85.9  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  49.35 
 
 
155 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  49.35 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  52.78 
 
 
156 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  37.96 
 
 
159 aa  84.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  41.11 
 
 
160 aa  84.3  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  37.5 
 
 
159 aa  84.3  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  45 
 
 
156 aa  84  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.09 
 
 
167 aa  83.6  8e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  38.52 
 
 
158 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  40.38 
 
 
157 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  43.96 
 
 
158 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  52.94 
 
 
156 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  37.82 
 
 
158 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0268  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  37.21 
 
 
159 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  52.05 
 
 
155 aa  80.1  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  36.64 
 
 
155 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2003  cytochrome c biogenesis protein  49.3 
 
 
151 aa  78.6  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.190501  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  45.33 
 
 
162 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  40.51 
 
 
160 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  33.9 
 
 
158 aa  77  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  42.35 
 
 
136 aa  76.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0236  cytochrome C biogenesis protein  40.51 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000279584  hitchhiker  0.00000000902528 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0231  cytochrome C biogenesis protein  40.51 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000238711  normal  0.102863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0236  cytochrome C biogenesis protein  40.51 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000158363  unclonable  0.00000000004354 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  34.17 
 
 
168 aa  75.1  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  38.54 
 
 
151 aa  74.7  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  33.86 
 
 
160 aa  73.6  0.0000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  36.84 
 
 
161 aa  73.6  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  40 
 
 
162 aa  73.2  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  45.83 
 
 
153 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  29.37 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  35.64 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  33.33 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  38.89 
 
 
161 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2427  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  39.09 
 
 
133 aa  71.2  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  37.63 
 
 
350 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  37.63 
 
 
350 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  34.07 
 
 
156 aa  70.9  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.63 
 
 
350 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.63 
 
 
350 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  37.63 
 
 
350 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  37.63 
 
 
350 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.63 
 
 
350 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.63 
 
 
350 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.63 
 
 
350 aa  70.5  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.42 
 
 
133 aa  70.1  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.42 
 
 
133 aa  70.1  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4626  heme lyase subunit NrfE  37.96 
 
 
740 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447699  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4540  heme lyase subunit NrfE  37.96 
 
 
740 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.815854  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  30.91 
 
 
170 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  30.91 
 
 
170 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4675  heme lyase subunit NrfE  37.96 
 
 
740 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.224311  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  31.53 
 
 
201 aa  70.1  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  32.26 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  34.48 
 
 
347 aa  68.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  34.48 
 
 
347 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2730  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  42.47 
 
 
133 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  36.84 
 
 
188 aa  68.6  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4534  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  36.45 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  34.48 
 
 
347 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  35.59 
 
 
347 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  34.48 
 
 
347 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  34.48 
 
 
347 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03947  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfF  41.1 
 
 
127 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  35.79 
 
 
157 aa  67  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4625  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  35.51 
 
 
169 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.773525  normal  0.804326 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03907  hypothetical protein  41.1 
 
 
127 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.9 
 
 
347 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.9 
 
 
347 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.9 
 
 
347 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.9 
 
 
347 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  32.46 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4537  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  42.65 
 
 
127 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4430  cytochrome C biogenesis protein  40 
 
 
152 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.797701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4165  cytochrome C biogenesis protein  40 
 
 
156 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  36.25 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 
149 aa  65.9  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  32.46 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  33.98 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1658  cytochrome C biogenesis protein  40.51 
 
 
162 aa  65.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242206  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  32.94 
 
 
149 aa  65.1  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3952  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  41.18 
 
 
127 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>