135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1875 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1875  urease accessory protein UreD  100 
 
 		 278 aa  577  1e-164  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.37143  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2318  urease accessory protein UreD  68.71 
 
 		 278 aa  419  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00527457  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2361  urease accessory protein UreD  68.71 
 
 		 278 aa  419  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.361313  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2767  Urease accessory protein UreD  37.96 
 
 		 271 aa  195  6e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3658  urease accessory protein UreD  34.43 
 
 		 273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0683  urease accessory protein UreD  33.21 
 
 		 274 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0396  Urease accessory protein UreD  32.52 
 
 		 321 aa  171  7.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0247  urease accessory protein UreD  31.64 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0473  urease accessory protein UreD  29.04 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.744472  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03480  urease accessory protein UreH  28.72 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1812  urease accessory protein UreD  27.35 
 
 		 262 aa  132  9e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0329  urease accessory protein  29.06 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2718  urease accessory protein UreD  25.59 
 
 		 308 aa  99.4  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.274036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4831  urease accessory protein UreD  25.23 
 
 		 277 aa  99.8  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2455  urease accessory protein UreD  25.86 
 
 		 287 aa  99  9e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1555  Urease accessory protein UreD  28.19 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  26 
 
 		 315 aa  96.3  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1362  urease accessory protein UreD  23.21 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1318  urease accessory protein UreD  22.36 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1083  urease accessory protein UreD  23.38 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1137  urease accessory protein UreD  23.38 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4047  urease accessory protein UreD  24.53 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3688  putative urease accessory protein  20.36 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139672 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3101  Urease accessory protein UreD  20.94 
 
 		 277 aa  77.4  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  21.9 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4414  Urease accessory protein UreD  25.55 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1478  Urease accessory protein UreD  21.74 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0751352  normal  0.245102 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4212  urease accessory protein UreD  18.52 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2256  urease accessory protein UreD  18.84 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0949  Urease accessory protein UreD  19.17 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0977  Urease accessory protein UreD  24.65 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.822448  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  27.59 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5120  Urease accessory protein UreD  23.77 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1463  Urease accessory protein UreD  24.82 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1301  urease accessory protein UreD  24.82 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2938  urease accessory protein UreD  20.99 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  25.64 
 
 		 329 aa  69.3  0.00000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  25 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2996  urease accessory protein UreD  20 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.962002  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2308  urease accessory protein UreD  22.05 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64335  urease accessory protein  24.18 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0724  Urease accessory protein UreD  22.69 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09910  Urease accessory protein UreD  23.2 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930917  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5585  urease accessory protein  24.18 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  25 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  20.9 
 
 		 293 aa  67  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1264  urease accessory protein  20.6 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  18.32 
 
 		 301 aa  65.9  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0696  urease accessory protein UreD  23.76 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2414  urease accessory protein UreD  27.33 
 
 		 277 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  20.49 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  20.66 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4890  urease accessory protein UreD  24.1 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0424  urease accessory protein UreD  24.87 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0903  urease accessory protein UreD  24.87 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2991  urease accessory protein UreD  24.19 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.866149 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2036  urease accessory protein ureD  17.92 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.133178  normal  0.368181 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02144  urease accessory protein UreD (AFU_orthologue; AFUA_2G16070)  25 
 
 		 357 aa  62.4  0.000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1770  urease accessory protein UreD  21.62 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0749  urease accessory protein UreD  26.79 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3463  urease accessory protein UreD  21.26 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000478315  normal  0.195729 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2370  urease accessory protein  19.05 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.512779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2842  urease accessory protein UreD  23.81 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4431  urease accessory protein UreD  23.49 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.645112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2847  urease accessory protein UreD  21.26 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19231  urease accessory protein UreD  23.53 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.480391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0218  urease accessory protein D  25.9 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.842987 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08901  urease accessory protein UreD  24.25 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.697976  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3020  urease accessory protein UreD  23.91 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0059  Urease accessory protein UreD  19.55 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.33184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1052  urease accessory protein UreD  23.73 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0833  urease accessory protein UreD  24.63 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0782  urease accessory protein UreD  24.34 
 
 		 291 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  20.59 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08921  urease accessory protein UreD  23.84 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  decreased coverage  0.00733999  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3245  Urease accessory protein UreD  22.12 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0873  urease accessory protein UreD  23.81 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0793  urease accessory protein UreD  24.34 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2487  urease accessory protein UreD  23.56 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4009  urease accessory protein UreD  21.72 
 
 		 291 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343107  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2883  urease accessory protein UreD  20.56 
 
 		 296 aa  57  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2444  urease accessory protein UreD  22.54 
 
 		 274 aa  57  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792758  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2214  urease accessory protein UreD  23.91 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  17.56 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  19.85 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3209  Urease accessory protein UreD  22.46 
 
 		 266 aa  55.8  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  15.58 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4186  Urease accessory protein UreD  18.8 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6187  urease accessory protein UreD  21.1 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3313  Urease accessory protein UreD  21.51 
 
 		 273 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  20.55 
 
 		 283 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  16.11 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  23.76 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  22.63 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1865  Urease accessory protein UreD  16.13 
 
 		 295 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.479381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  20.57 
 
 		 279 aa  53.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1092  urease accessory protein UreD  23.77 
 
 		 278 aa  53.1  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3376  urease accessory protein UreD  22.52 
 
 		 276 aa  52.8  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1390  urease accessory protein UreD  23.2 
 
 		 276 aa  52.8  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.469833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00886  putative urease accessory protein UreD  23.91 
 
 		 320 aa  52.8  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>