111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1812 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1812  urease accessory protein UreD  100 
 
 		 262 aa  540  9.999999999999999e-153  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4831  urease accessory protein UreD  31.64 
 
 		 277 aa  155  7e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1478  Urease accessory protein UreD  34.8 
 
 		 260 aa  148  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0751352  normal  0.245102 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0683  urease accessory protein UreD  32.76 
 
 		 274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2318  urease accessory protein UreD  27.35 
 
 		 278 aa  135  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00527457  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2361  urease accessory protein UreD  27.35 
 
 		 278 aa  135  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.361313  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1875  urease accessory protein UreD  27.35 
 
 		 278 aa  132  7.999999999999999e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.37143  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2767  Urease accessory protein UreD  28.06 
 
 		 271 aa  125  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3658  urease accessory protein UreD  25.75 
 
 		 273 aa  111  9e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0724  Urease accessory protein UreD  30.2 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0396  Urease accessory protein UreD  26.15 
 
 		 321 aa  107  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  33.15 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0247  urease accessory protein UreD  28.51 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2718  urease accessory protein UreD  29.61 
 
 		 308 aa  99.8  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.274036  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1362  urease accessory protein UreD  25.77 
 
 		 302 aa  94.7  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1318  urease accessory protein UreD  25.56 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0329  urease accessory protein  23.79 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03480  urease accessory protein UreH  22.47 
 
 		 284 aa  89.7  4e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1555  Urease accessory protein UreD  25.4 
 
 		 315 aa  89.4  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1083  urease accessory protein UreD  26.19 
 
 		 321 aa  89  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1137  urease accessory protein UreD  26.19 
 
 		 321 aa  89  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4212  urease accessory protein UreD  24.03 
 
 		 272 aa  87  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5120  Urease accessory protein UreD  31.94 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827882 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2455  urease accessory protein UreD  27.5 
 
 		 287 aa  86.7  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0473  urease accessory protein UreD  23.2 
 
 		 287 aa  86.7  4e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.744472  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1301  urease accessory protein UreD  31.25 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1463  Urease accessory protein UreD  31.25 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  26.85 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4047  urease accessory protein UreD  23.6 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0749  urease accessory protein UreD  28 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  26.92 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1683  urease accessory protein UreD  27.88 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2996  urease accessory protein UreD  25.32 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.962002  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  24.66 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  27.75 
 
 		 282 aa  72  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0218  urease accessory protein D  25.85 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.842987 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3057  Urease accessory protein UreD  27.93 
 
 		 273 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6187  urease accessory protein UreD  29.56 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317653  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0267  urease accessory protein UreD  25.64 
 
 		 280 aa  68.6  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.628784  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1430  urease accessory protein UreD  23.48 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0281  urease accessory protein UreD  25.64 
 
 		 280 aa  68.6  0.00000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  25 
 
 		 329 aa  67  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0977  Urease accessory protein UreD  24.54 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.822448  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2370  urease accessory protein  27.54 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.512779 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  26.17 
 
 		 279 aa  65.9  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  21.76 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3313  Urease accessory protein UreD  25.44 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2469  urease accessory protein UreD  27.65 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.229131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4414  Urease accessory protein UreD  25.73 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3936  Urease accessory protein UreD  26.9 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  20.8 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  25.34 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2389  urease accessory protein UreD  27.14 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.274527 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08901  urease accessory protein UreD  27.33 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.697976  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2308  urease accessory protein UreD  20.55 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3688  putative urease accessory protein  20.85 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139672 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08921  urease accessory protein UreD  27.15 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  decreased coverage  0.00733999  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0833  urease accessory protein UreD  25.9 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  23.53 
 
 		 279 aa  58.5  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2036  urease accessory protein ureD  20.25 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.133178  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3463  urease accessory protein UreD  22.12 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000478315  normal  0.195729 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2444  urease accessory protein UreD  23.98 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1186  urease accessory protein UreD  20.08 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3308  urease accessory protein UreD  25.2 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0886683  normal  0.364033 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3209  Urease accessory protein UreD  23.67 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2254  urease accessory protein D  22.18 
 
 		 325 aa  56.6  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3486  urease accessory protein  24.56 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  24.31 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  22.84 
 
 		 283 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4186  Urease accessory protein UreD  23.57 
 
 		 305 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0879  urease accessory protein UreD  22.92 
 
 		 302 aa  53.9  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1264  urease accessory protein  22.99 
 
 		 285 aa  53.9  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0984  urease accessory protein UreD  25 
 
 		 275 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.130155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0331  urease accessory protein UreD  24.85 
 
 		 283 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2214  urease accessory protein UreD  23.93 
 
 		 282 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280053 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0059  Urease accessory protein UreD  22.95 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.33184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2624  urease accessory protein D  24.31 
 
 		 327 aa  53.5  0.000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.829261  normal  0.578413 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0388  urease accessory protein UreD  24.14 
 
 		 297 aa  52.8  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.784238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  21.69 
 
 		 280 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4440  putative urease accessory protein ureD  28.57 
 
 		 286 aa  52.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1138  Urease accessory protein UreD  27.56 
 
 		 294 aa  52  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29781  urease accessory protein UreD  22.86 
 
 		 299 aa  51.6  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  21.77 
 
 		 341 aa  52  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  24.07 
 
 		 286 aa  50.1  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3020  urease accessory protein UreD  21.76 
 
 		 338 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2181  urease accessory protein UreD  21.25 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670086  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3132  UreD-family accessory protein  21.25 
 
 		 346 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3507  Urease accessory protein UreH-like protein  24.53 
 
 		 248 aa  50.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.223661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1499  urease accessory protein UreD  20.08 
 
 		 321 aa  50.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.502389  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0727  urease accessory protein UreD  21.25 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2560  urease accessory protein UreD  21.25 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3072  urease accessory protein UreD  21.25 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3108  urease accessory protein UreD  21.25 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.890859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2053  urease accessory protein UreD  21.25 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2256  urease accessory protein UreD  19.75 
 
 		 293 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3245  Urease accessory protein UreD  20.96 
 
 		 309 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  25.37 
 
 		 293 aa  47.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0949  Urease accessory protein UreD  20.83 
 
 		 293 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  19.43 
 
 		 295 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  21.91 
 
 		 312 aa  47  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>