151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4186 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4186  Urease accessory protein UreD  100 
 
 		 305 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  80.37 
 
 		 283 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  78.06 
 
 		 279 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  64.39 
 
 		 278 aa  318  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3697  urease accessory protein UreD  67.57 
 
 		 277 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  45.31 
 
 		 280 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2214  urease accessory protein UreD  43.48 
 
 		 282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280053 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4154  urease accessory protein UreD  45.42 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3308  urease accessory protein UreD  42.8 
 
 		 270 aa  195  8.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0886683  normal  0.364033 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3209  Urease accessory protein UreD  45.24 
 
 		 266 aa  192  6e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3245  Urease accessory protein UreD  44.26 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3020  urease accessory protein UreD  43.57 
 
 		 338 aa  185  9e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2469  urease accessory protein UreD  43.87 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.229131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2389  urease accessory protein UreD  38.52 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.274527 
 
 
-
 
NC_004310  BR0267  urease accessory protein UreD  35.46 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.628784  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0281  urease accessory protein UreD  35.46 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3057  Urease accessory protein UreD  37.5 
 
 		 273 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0331  urease accessory protein UreD  36.26 
 
 		 283 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3486  urease accessory protein  35.34 
 
 		 278 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0388  urease accessory protein UreD  37.31 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.784238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3313  Urease accessory protein UreD  36.88 
 
 		 273 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  37.22 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1024  urease accessory protein UreD  36.02 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.297216 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2370  urease accessory protein  39.32 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.512779 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1744  urease accessory protein UreD  37.76 
 
 		 250 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.407934  normal  0.768182 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  37.5 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  36.86 
 
 		 282 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0984  urease accessory protein UreD  39.06 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.130155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1212  urease accessory protein UreD  34.87 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4890  urease accessory protein UreD  34.92 
 
 		 281 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  33.21 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  32.93 
 
 		 279 aa  115  7.999999999999999e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4431  urease accessory protein UreD  34.78 
 
 		 281 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.645112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0310  urease accessory protein UreD  36.64 
 
 		 275 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  37.07 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1955  urease accessory protein UreD  36.26 
 
 		 275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0696  urease accessory protein UreD  36.58 
 
 		 278 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09910  Urease accessory protein UreD  40.3 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930917  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0949  Urease accessory protein UreD  43.45 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1430  urease accessory protein UreD  32.67 
 
 		 288 aa  102  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2883  urease accessory protein UreD  28.88 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3463  urease accessory protein UreD  29.77 
 
 		 274 aa  98.2  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000478315  normal  0.195729 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  28.95 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2938  urease accessory protein UreD  27.82 
 
 		 277 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2414  urease accessory protein UreD  27.34 
 
 		 277 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  34.87 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2624  urease accessory protein D  39.32 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.829261  normal  0.578413 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1770  urease accessory protein UreD  29.41 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3688  putative urease accessory protein  39.31 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139672 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64335  urease accessory protein  33.46 
 
 		 280 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5585  urease accessory protein  33.46 
 
 		 280 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2036  urease accessory protein ureD  33.33 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.133178  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  34.89 
 
 		 293 aa  89.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1186  urease accessory protein UreD  42.64 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2254  urease accessory protein D  33.74 
 
 		 325 aa  87  3e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3936  Urease accessory protein UreD  38.62 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2256  urease accessory protein UreD  40.6 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1865  Urease accessory protein UreD  34.87 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.479381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2847  urease accessory protein UreD  27.94 
 
 		 278 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2444  urease accessory protein UreD  31.74 
 
 		 274 aa  85.9  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792758  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2842  urease accessory protein UreD  27.53 
 
 		 277 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0879  urease accessory protein UreD  29.13 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1092  urease accessory protein UreD  30.53 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  34.02 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3101  Urease accessory protein UreD  30.43 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  32.8 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1499  urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.502389  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2487  urease accessory protein UreD  36.05 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2181  urease accessory protein UreD  35.54 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670086  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0727  urease accessory protein UreD  35.54 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2560  urease accessory protein UreD  35.54 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3072  urease accessory protein UreD  35.54 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3108  urease accessory protein UreD  35.54 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.890859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2053  urease accessory protein UreD  35.54 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3132  UreD-family accessory protein  35.54 
 
 		 346 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29781  urease accessory protein UreD  35.9 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2718  urease accessory protein UreD  30.98 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.274036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0873  urease accessory protein UreD  33.92 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  29.34 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0424  urease accessory protein UreD  33.92 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0903  urease accessory protein UreD  33.92 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0782  urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0793  urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  25.58 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4009  urease accessory protein UreD  38.28 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343107  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2308  urease accessory protein UreD  29.66 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  37.4 
 
 		 341 aa  73.6  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0218  urease accessory protein D  30.92 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.842987 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1004  urease accessory protein UreD  29.17 
 
 		 276 aa  72  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03480  urease accessory protein UreH  31.58 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3658  urease accessory protein UreD  22.55 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1082  urease accessory protein UreD  29.77 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08901  urease accessory protein UreD  27.78 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.697976  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1555  Urease accessory protein UreD  31.37 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  31.28 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00886  putative urease accessory protein UreD  24.36 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3376  urease accessory protein UreD  31.58 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0833  urease accessory protein UreD  27.62 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1390  urease accessory protein UreD  34.85 
 
 		 276 aa  68.9  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.469833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0396  Urease accessory protein UreD  26.42 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>