145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0310 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0310  urease accessory protein UreD  100 
 
 		 275 aa  522  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1955  urease accessory protein UreD  98.55 
 
 		 275 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0984  urease accessory protein UreD  83.94 
 
 		 275 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.130155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1212  urease accessory protein UreD  57.09 
 
 		 279 aa  265  5e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2370  urease accessory protein  53.17 
 
 		 281 aa  246  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.512779 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1744  urease accessory protein UreD  51.21 
 
 		 250 aa  198  9e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.407934  normal  0.768182 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3057  Urease accessory protein UreD  44.57 
 
 		 273 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  41.79 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3313  Urease accessory protein UreD  42.7 
 
 		 273 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2214  urease accessory protein UreD  42.96 
 
 		 282 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280053 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2389  urease accessory protein UreD  43.24 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.274527 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3209  Urease accessory protein UreD  45.42 
 
 		 266 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0267  urease accessory protein UreD  39.13 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.628784  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0281  urease accessory protein UreD  39.13 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  40.21 
 
 		 280 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0331  urease accessory protein UreD  38.43 
 
 		 283 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3245  Urease accessory protein UreD  41.85 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3020  urease accessory protein UreD  41.85 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3486  urease accessory protein  35.11 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  38.91 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4154  urease accessory protein UreD  40.08 
 
 		 289 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  39.6 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  40.15 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4186  Urease accessory protein UreD  36.64 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0388  urease accessory protein UreD  39.23 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.784238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2469  urease accessory protein UreD  36.19 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.229131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1024  urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.297216 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  34.69 
 
 		 282 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3697  urease accessory protein UreD  37.3 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  34.87 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3308  urease accessory protein UreD  35.77 
 
 		 270 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0886683  normal  0.364033 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1430  urease accessory protein UreD  32.53 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2414  urease accessory protein UreD  32.22 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2938  urease accessory protein UreD  31.07 
 
 		 277 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  29.63 
 
 		 279 aa  95.9  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2444  urease accessory protein UreD  30.71 
 
 		 274 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792758  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  29.32 
 
 		 284 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2847  urease accessory protein UreD  32.22 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  28.64 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2842  urease accessory protein UreD  31.8 
 
 		 277 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  33.05 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3463  urease accessory protein UreD  26.14 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000478315  normal  0.195729 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2036  urease accessory protein ureD  33.06 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.133178  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  29.09 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3101  Urease accessory protein UreD  32.93 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1865  Urease accessory protein UreD  32.35 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.479381 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0879  urease accessory protein UreD  30.08 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  33 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3936  Urease accessory protein UreD  33.06 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3688  putative urease accessory protein  34.5 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139672 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29781  urease accessory protein UreD  33.12 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4890  urease accessory protein UreD  31.78 
 
 		 281 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4431  urease accessory protein UreD  28.73 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.645112  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2181  urease accessory protein UreD  33.47 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670086  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3132  UreD-family accessory protein  33.47 
 
 		 346 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0727  urease accessory protein UreD  33.47 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2560  urease accessory protein UreD  33.47 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3072  urease accessory protein UreD  33.47 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3108  urease accessory protein UreD  33.47 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.890859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2053  urease accessory protein UreD  33.47 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2996  urease accessory protein UreD  31.89 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.962002  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64335  urease accessory protein  31.62 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5585  urease accessory protein  31.62 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0949  Urease accessory protein UreD  30.25 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1499  urease accessory protein UreD  33.71 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.502389  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0696  urease accessory protein UreD  30.64 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2254  urease accessory protein D  29.8 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2308  urease accessory protein UreD  29.33 
 
 		 313 aa  70.1  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  29.67 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1770  urease accessory protein UreD  26.81 
 
 		 285 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  30.77 
 
 		 312 aa  68.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2718  urease accessory protein UreD  30.53 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.274036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1186  urease accessory protein UreD  31.79 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  31.06 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4009  urease accessory protein UreD  35.09 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343107  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0218  urease accessory protein D  25.1 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.842987 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0793  urease accessory protein UreD  32.14 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0782  urease accessory protein UreD  32.14 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2256  urease accessory protein UreD  30.5 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3658  urease accessory protein UreD  22.11 
 
 		 273 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2883  urease accessory protein UreD  28.92 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2624  urease accessory protein D  34.08 
 
 		 327 aa  66.2  0.0000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.829261  normal  0.578413 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0424  urease accessory protein UreD  33.09 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0903  urease accessory protein UreD  33.09 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08901  urease accessory protein UreD  25.81 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.697976  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09910  Urease accessory protein UreD  34.48 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930917  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0873  urease accessory protein UreD  33.09 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6187  urease accessory protein UreD  40 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1052  urease accessory protein UreD  25.95 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3207  Urease accessory protein UreD  32.03 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00681143  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  32.34 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2487  urease accessory protein UreD  33.04 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08921  urease accessory protein UreD  25.81 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  decreased coverage  0.00733999  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1092  urease accessory protein UreD  29.33 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0059  Urease accessory protein UreD  32.77 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.33184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4047  urease accessory protein UreD  29.49 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5120  Urease accessory protein UreD  28.03 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  30.95 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0977  Urease accessory protein UreD  31.06 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.822448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>