135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2389 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2389  urease accessory protein UreD  100 
 
 		 277 aa  549  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.274527 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3057  Urease accessory protein UreD  62.09 
 
 		 273 aa  318  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3486  urease accessory protein  57.91 
 
 		 278 aa  315  6e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3313  Urease accessory protein UreD  63.27 
 
 		 273 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  48.03 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0267  urease accessory protein UreD  42.86 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.628784  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0281  urease accessory protein UreD  42.86 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0331  urease accessory protein UreD  43.32 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2214  urease accessory protein UreD  40.81 
 
 		 282 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280053 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4154  urease accessory protein UreD  42.48 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  41.18 
 
 		 279 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  40.65 
 
 		 283 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4186  Urease accessory protein UreD  38.46 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2370  urease accessory protein  40.58 
 
 		 281 aa  168  9e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.512779 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0388  urease accessory protein UreD  38.98 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.784238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3245  Urease accessory protein UreD  38.25 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  37.59 
 
 		 280 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3209  Urease accessory protein UreD  40.77 
 
 		 266 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3020  urease accessory protein UreD  37.89 
 
 		 338 aa  155  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  39.68 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3308  urease accessory protein UreD  38.83 
 
 		 270 aa  148  9e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0886683  normal  0.364033 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0984  urease accessory protein UreD  43.15 
 
 		 275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.130155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0310  urease accessory protein UreD  43.24 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  39.26 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2469  urease accessory protein UreD  41.06 
 
 		 288 aa  142  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.229131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1744  urease accessory protein UreD  38.8 
 
 		 250 aa  141  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.407934  normal  0.768182 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1212  urease accessory protein UreD  37.75 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1024  urease accessory protein UreD  36.68 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.297216 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3697  urease accessory protein UreD  41.9 
 
 		 277 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1955  urease accessory protein UreD  42.47 
 
 		 275 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  37.32 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2254  urease accessory protein D  33.16 
 
 		 325 aa  90.5  2e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0424  urease accessory protein UreD  34.85 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0903  urease accessory protein UreD  34.85 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1770  urease accessory protein UreD  29.59 
 
 		 285 aa  89.7  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2718  urease accessory protein UreD  35.08 
 
 		 308 aa  89.4  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.274036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2883  urease accessory protein UreD  28.91 
 
 		 296 aa  89  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  33.97 
 
 		 329 aa  89  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  31.35 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09910  Urease accessory protein UreD  32 
 
 		 279 aa  86.7  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930917  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4009  urease accessory protein UreD  32.83 
 
 		 291 aa  86.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343107  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0793  urease accessory protein UreD  34.21 
 
 		 291 aa  85.5  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  30.58 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0782  urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2256  urease accessory protein UreD  32.65 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0873  urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  29.77 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4890  urease accessory protein UreD  29.87 
 
 		 281 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2444  urease accessory protein UreD  28.51 
 
 		 274 aa  82  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792758  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4431  urease accessory protein UreD  29.31 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.645112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0696  urease accessory protein UreD  30.3 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2487  urease accessory protein UreD  32.16 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2624  urease accessory protein D  32.47 
 
 		 327 aa  81.3  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.829261  normal  0.578413 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  26.89 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2036  urease accessory protein ureD  31.07 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.133178  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  28.41 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  29.44 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1499  urease accessory protein UreD  31.19 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.502389  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3688  putative urease accessory protein  30.1 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139672 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29781  urease accessory protein UreD  28.63 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3101  Urease accessory protein UreD  30.12 
 
 		 277 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  31.22 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1430  urease accessory protein UreD  27.52 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0949  Urease accessory protein UreD  29.38 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2181  urease accessory protein UreD  34.03 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670086  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3132  UreD-family accessory protein  34.03 
 
 		 346 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0727  urease accessory protein UreD  34.03 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2560  urease accessory protein UreD  34.03 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3072  urease accessory protein UreD  34.03 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3108  urease accessory protein UreD  34.03 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.890859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2053  urease accessory protein UreD  34.03 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1865  Urease accessory protein UreD  31.06 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.479381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1186  urease accessory protein UreD  29.23 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3936  Urease accessory protein UreD  31.47 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  25.94 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  33.78 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3376  urease accessory protein UreD  27.27 
 
 		 276 aa  70.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  29.02 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2938  urease accessory protein UreD  27.97 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2414  urease accessory protein UreD  30.22 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2842  urease accessory protein UreD  32.74 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1052  urease accessory protein UreD  26.46 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64335  urease accessory protein  29.44 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  32.2 
 
 		 341 aa  67.8  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5585  urease accessory protein  29.44 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1004  urease accessory protein UreD  25.77 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2847  urease accessory protein UreD  27.9 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1414  urease accessory protein UreD  26.51 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0218  urease accessory protein D  23.16 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.842987 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19231  urease accessory protein UreD  25.13 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.480391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0879  urease accessory protein UreD  28.17 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5120  Urease accessory protein UreD  30.32 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827882 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3971  Urease accessory protein UreD  23.99 
 
 		 276 aa  62  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1463  Urease accessory protein UreD  28.21 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1301  urease accessory protein UreD  28.21 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0833  urease accessory protein UreD  25.51 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2767  Urease accessory protein UreD  23.72 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1812  urease accessory protein UreD  27.14 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0396  Urease accessory protein UreD  27.08 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1092  urease accessory protein UreD  27.27 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>