126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1004 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1004  urease accessory protein UreD  100 
 
 		 276 aa  561  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1414  urease accessory protein UreD  87.32 
 
 		 276 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3376  urease accessory protein UreD  69.2 
 
 		 276 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3971  Urease accessory protein UreD  66.91 
 
 		 276 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1082  urease accessory protein UreD  71.38 
 
 		 276 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1390  urease accessory protein UreD  65.58 
 
 		 276 aa  359  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.469833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1092  urease accessory protein UreD  52.54 
 
 		 278 aa  292  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  46.26 
 
 		 341 aa  229  5e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4431  urease accessory protein UreD  38.79 
 
 		 281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.645112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1186  urease accessory protein UreD  38.7 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  40.21 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4890  urease accessory protein UreD  37.28 
 
 		 281 aa  168  8e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0696  urease accessory protein UreD  39.78 
 
 		 278 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1865  Urease accessory protein UreD  37.81 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.479381 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2036  urease accessory protein ureD  37.92 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.133178  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  37.1 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2883  urease accessory protein UreD  36.65 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2181  urease accessory protein UreD  36.98 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670086  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1430  urease accessory protein UreD  34.27 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3132  UreD-family accessory protein  36.98 
 
 		 346 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  37.63 
 
 		 279 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0727  urease accessory protein UreD  36.98 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2560  urease accessory protein UreD  36.98 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3072  urease accessory protein UreD  36.98 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3108  urease accessory protein UreD  36.98 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.890859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2053  urease accessory protein UreD  36.98 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1770  urease accessory protein UreD  35.46 
 
 		 285 aa  157  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64335  urease accessory protein  36.33 
 
 		 280 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5585  urease accessory protein  36.33 
 
 		 280 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09910  Urease accessory protein UreD  38.21 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930917  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  35.13 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1499  urease accessory protein UreD  35.47 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.502389  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2444  urease accessory protein UreD  33.21 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792758  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3936  Urease accessory protein UreD  38.13 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2256  urease accessory protein UreD  35.13 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3688  putative urease accessory protein  35.98 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139672 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  32.26 
 
 		 301 aa  145  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2487  urease accessory protein UreD  36.74 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0949  Urease accessory protein UreD  41.58 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  32.74 
 
 		 279 aa  143  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0782  urease accessory protein UreD  41.99 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0793  urease accessory protein UreD  41.99 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2996  urease accessory protein UreD  35.44 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.962002  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4009  urease accessory protein UreD  36.02 
 
 		 291 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343107  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00886  putative urease accessory protein UreD  31.16 
 
 		 320 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0424  urease accessory protein UreD  41.99 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0903  urease accessory protein UreD  41.99 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  32.29 
 
 		 284 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0873  urease accessory protein UreD  35.63 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  33.57 
 
 		 312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3101  Urease accessory protein UreD  33.81 
 
 		 277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3463  urease accessory protein UreD  32.5 
 
 		 274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000478315  normal  0.195729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0879  urease accessory protein UreD  32.17 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2938  urease accessory protein UreD  35.61 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  34.11 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  30.11 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2308  urease accessory protein UreD  31.01 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2991  urease accessory protein UreD  30.34 
 
 		 313 aa  125  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.866149 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2414  urease accessory protein UreD  33.45 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2842  urease accessory protein UreD  32.25 
 
 		 277 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0218  urease accessory protein D  31.05 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.842987 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2847  urease accessory protein UreD  34.17 
 
 		 278 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4154  urease accessory protein UreD  31.33 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0989  urease accessory protein UreD  25.5 
 
 		 298 aa  94  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3245  Urease accessory protein UreD  29.81 
 
 		 309 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2624  urease accessory protein D  27.05 
 
 		 327 aa  87  3e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.829261  normal  0.578413 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  32.57 
 
 		 280 aa  85.5  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1024  urease accessory protein UreD  27.61 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.297216 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3020  urease accessory protein UreD  29.06 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  29.47 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29781  urease accessory protein UreD  32.26 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2214  urease accessory protein UreD  30.94 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280053 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2254  urease accessory protein D  22.65 
 
 		 325 aa  75.5  0.0000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3209  Urease accessory protein UreD  26.34 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  29.39 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1052  urease accessory protein UreD  26.32 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19231  urease accessory protein UreD  25.48 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.480391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3057  Urease accessory protein UreD  28.46 
 
 		 273 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2370  urease accessory protein  27.31 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.512779 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  26.6 
 
 		 315 aa  72.4  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4186  Urease accessory protein UreD  29.17 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  31.62 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3486  urease accessory protein  31.45 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0267  urease accessory protein UreD  29.17 
 
 		 280 aa  70.1  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.628784  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0281  urease accessory protein UreD  29.17 
 
 		 280 aa  70.1  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0683  urease accessory protein UreD  21.64 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2469  urease accessory protein UreD  31.06 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.229131  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3658  urease accessory protein UreD  20.91 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0396  Urease accessory protein UreD  31.32 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0331  urease accessory protein UreD  37.11 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2389  urease accessory protein UreD  25.77 
 
 		 277 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.274527 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  25.56 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  31.39 
 
 		 279 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  30.86 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0388  urease accessory protein UreD  34.35 
 
 		 297 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.784238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1744  urease accessory protein UreD  29.22 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.407934  normal  0.768182 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3313  Urease accessory protein UreD  26.92 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3308  urease accessory protein UreD  26.73 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0886683  normal  0.364033 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0247  urease accessory protein UreD  40.43 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08901  urease accessory protein UreD  24.26 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.697976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>