143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0957 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  100 
 
 		 293 aa  580  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  72.7 
 
 		 289 aa  431  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1865  Urease accessory protein UreD  58.45 
 
 		 295 aa  330  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.479381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  57.77 
 
 		 295 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2036  urease accessory protein ureD  58.11 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.133178  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1499  urease accessory protein UreD  51.24 
 
 		 321 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.502389  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2181  urease accessory protein UreD  51.24 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670086  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3132  UreD-family accessory protein  50.88 
 
 		 346 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0727  urease accessory protein UreD  51.24 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2560  urease accessory protein UreD  51.24 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3072  urease accessory protein UreD  51.24 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3108  urease accessory protein UreD  51.24 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.890859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2053  urease accessory protein UreD  51.24 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4009  urease accessory protein UreD  51.04 
 
 		 291 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343107  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3688  putative urease accessory protein  47.22 
 
 		 293 aa  262  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0793  urease accessory protein UreD  50.67 
 
 		 291 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  44.37 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0782  urease accessory protein UreD  50.34 
 
 		 291 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2487  urease accessory protein UreD  49.65 
 
 		 291 aa  258  8e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2256  urease accessory protein UreD  48.21 
 
 		 293 aa  255  8e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1186  urease accessory protein UreD  49.66 
 
 		 305 aa  252  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0949  Urease accessory protein UreD  46.81 
 
 		 293 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0873  urease accessory protein UreD  50 
 
 		 291 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0903  urease accessory protein UreD  49.65 
 
 		 291 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0424  urease accessory protein UreD  49.31 
 
 		 291 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1430  urease accessory protein UreD  44.14 
 
 		 288 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1770  urease accessory protein UreD  39.78 
 
 		 285 aa  195  6e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  37.98 
 
 		 293 aa  186  3e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  37.54 
 
 		 329 aa  186  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09910  Urease accessory protein UreD  40.48 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930917  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2444  urease accessory protein UreD  37.46 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792758  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2414  urease accessory protein UreD  37.86 
 
 		 277 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2883  urease accessory protein UreD  39.64 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  39.93 
 
 		 279 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3101  Urease accessory protein UreD  39.44 
 
 		 277 aa  176  4e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2308  urease accessory protein UreD  39.45 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4890  urease accessory protein UreD  36.43 
 
 		 281 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3936  Urease accessory protein UreD  36.46 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4431  urease accessory protein UreD  36.86 
 
 		 281 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.645112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64335  urease accessory protein  39.3 
 
 		 280 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5585  urease accessory protein  39.3 
 
 		 280 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2996  urease accessory protein UreD  39.02 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.962002  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2842  urease accessory protein UreD  36.79 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0218  urease accessory protein D  35 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.842987 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  35.36 
 
 		 284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0696  urease accessory protein UreD  38.49 
 
 		 278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2938  urease accessory protein UreD  36.07 
 
 		 277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2847  urease accessory protein UreD  36.43 
 
 		 278 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0879  urease accessory protein UreD  35.31 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  33.69 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1092  urease accessory protein UreD  36.92 
 
 		 278 aa  152  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3971  Urease accessory protein UreD  35.11 
 
 		 276 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3376  urease accessory protein UreD  34.04 
 
 		 276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1414  urease accessory protein UreD  36.18 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  44.26 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  31.4 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3463  urease accessory protein UreD  31.67 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000478315  normal  0.195729 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1082  urease accessory protein UreD  40.22 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1390  urease accessory protein UreD  31.34 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.469833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1004  urease accessory protein UreD  30.11 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00886  putative urease accessory protein UreD  27.67 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2991  urease accessory protein UreD  27.74 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.866149 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1024  urease accessory protein UreD  33.11 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.297216 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3209  Urease accessory protein UreD  37.34 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2718  urease accessory protein UreD  31.06 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.274036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0989  urease accessory protein UreD  27.57 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1463  Urease accessory protein UreD  29.75 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1301  urease accessory protein UreD  29.75 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  30.14 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  37.65 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  37.55 
 
 		 283 aa  95.9  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  30.77 
 
 		 282 aa  95.5  9e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4154  urease accessory protein UreD  34.05 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3245  Urease accessory protein UreD  34.4 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5120  Urease accessory protein UreD  27.96 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827882 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4186  Urease accessory protein UreD  34.89 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  28.43 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  32.97 
 
 		 280 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3020  urease accessory protein UreD  34.55 
 
 		 338 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  30 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2389  urease accessory protein UreD  29.77 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.274527 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1052  urease accessory protein UreD  24.52 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2254  urease accessory protein D  25.91 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0396  Urease accessory protein UreD  28.15 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3308  urease accessory protein UreD  28.24 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0886683  normal  0.364033 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29781  urease accessory protein UreD  24.41 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3697  urease accessory protein UreD  37.91 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2767  Urease accessory protein UreD  22.1 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19231  urease accessory protein UreD  23.76 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.480391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3486  urease accessory protein  28.8 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2214  urease accessory protein UreD  31.79 
 
 		 282 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280053 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0984  urease accessory protein UreD  42.75 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.130155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0683  urease accessory protein UreD  23.14 
 
 		 274 aa  79  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2624  urease accessory protein D  30.37 
 
 		 327 aa  79  0.00000000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.829261  normal  0.578413 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0247  urease accessory protein UreD  28.08 
 
 		 261 aa  78.2  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0267  urease accessory protein UreD  33.83 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.628784  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0281  urease accessory protein UreD  33.83 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1083  urease accessory protein UreD  24.83 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1137  urease accessory protein UreD  24.83 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>