More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3638 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3638  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  531  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0417  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0847  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 228 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2505  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 228 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.472327  normal  0.764107 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3128  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 		 228 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.780725  hitchhiker  0.000183133 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0051  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 228 aa  202  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.480932 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1289  two component transcriptional regulator  46.81 
 
 		 240 aa  201  8e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.101499  normal  0.741023 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2374  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 		 228 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0038  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000503825 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2814  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2950  two component transcriptional regulator  44.13 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0381  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 228 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.638697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0286  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.91 
 
 		 228 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0440  winged helix family two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 228 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0087  transcriptional regulatory protein  43.04 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.701272  normal  0.0818275 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0280  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.123527 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0332  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.48 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0145192 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0044  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 238 aa  179  5.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.164674  normal  0.0215513 
 
 
-
 
NC_004310  BR2006  DNA-binding response regulator  40.79 
 
 		 227 aa  178  9e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.347503  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1929  DNA-binding response regulator  40.79 
 
 		 227 aa  178  9e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0229  two component transcriptional regulator  43.83 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.444604  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0965  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1399  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1771  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.046286 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1017  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.61 
 
 		 228 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4227  two component response regulator  39.91 
 
 		 227 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0109817  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5036  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.367828 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3056  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 253 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3763  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 227 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0177  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 228 aa  168  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4088  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 227 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4105  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.400488 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1576  response regulator receiver  40.85 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.630975  normal  0.0547836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3424  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 227 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1663  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.489331 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1855  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.848692 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0059  DNA-binding response regulator  36.96 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0094  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 228 aa  161  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.402679  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0367  response regulator receiver  29.66 
 
 		 233 aa  91.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5029  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1933  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.02 
 
 		 241 aa  87.8  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0891  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 231 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  30.64 
 
 		 230 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.19 
 
 		 231 aa  85.9  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.76 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2549  response regulator receiver  34.22 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  32.08 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1333  response regulator receiver protein  36.65 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.40527  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0707  winged helix family two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.37 
 
 		 231 aa  81.6  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  28.85 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3846  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.11 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.19 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3871  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.96 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000473157  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  30.05 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  31.14 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  34 
 
 		 261 aa  78.2  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  28.64 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  29.71 
 
 		 238 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.05 
 
 		 226 aa  78.6  0.0000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  29.36 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0299  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 231 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  28.51 
 
 		 229 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2712  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00552555  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  26.72 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  28.64 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  28.64 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  29.58 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  29.58 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  28.64 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  28.64 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  34.34 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  29.79 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 242 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 242 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  35.93 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4230  two component transcriptional regulator  35.93 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.285059  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4296  two component transcriptional regulator  35.93 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0135013  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2443  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.46 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00121019 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  32.75 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.51 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  33.48 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  30.46 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  31.49 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  32.17 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  34.87 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1618  two component transcriptional regulator  30.25 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  32.89 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  33.62 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3248  two component transcriptional regulator, winged helix family  32 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  29.95 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  29.95 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1386  DNA-binding response regulator ResD  29.71 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  29.95 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  29.95 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>