More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3056 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3056  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3763  two component transcriptional regulator, winged helix family  92.07 
 
 		 227 aa  417  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4088  two component transcriptional regulator, winged helix family  91.63 
 
 		 227 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4227  two component response regulator  90.75 
 
 		 227 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0109817  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2006  DNA-binding response regulator  84.14 
 
 		 227 aa  392  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.347503  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1929  DNA-binding response regulator  84.14 
 
 		 227 aa  392  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0965  two component transcriptional regulator  83.7 
 
 		 227 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3424  two component transcriptional regulator  85.9 
 
 		 227 aa  386  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0440  winged helix family two component transcriptional regulator  74.11 
 
 		 228 aa  355  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0087  transcriptional regulatory protein  74.11 
 
 		 228 aa  354  8.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.701272  normal  0.0818275 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0286  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.55 
 
 		 228 aa  353  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0381  two component transcriptional regulator  73.66 
 
 		 228 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.638697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0280  two component transcriptional regulator  71.88 
 
 		 228 aa  344  7e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.123527 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1289  two component transcriptional regulator  71.24 
 
 		 240 aa  341  8e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.101499  normal  0.741023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1771  two component transcriptional regulator  68.92 
 
 		 228 aa  327  8e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.046286 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0417  two component transcriptional regulator  68.16 
 
 		 228 aa  324  9e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0038  two component transcriptional regulator  66.96 
 
 		 228 aa  322  3e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000503825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0332  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.57 
 
 		 228 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0145192 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0051  two component transcriptional regulator  67.26 
 
 		 228 aa  318  5e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.480932 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2950  two component transcriptional regulator  66.07 
 
 		 256 aa  318  7e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0177  two component transcriptional regulator  73.21 
 
 		 228 aa  315  4e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0229  two component transcriptional regulator  66.67 
 
 		 228 aa  315  5e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.444604  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0847  two component transcriptional regulator  68.16 
 
 		 228 aa  314  7e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3128  two component transcriptional regulator  68.16 
 
 		 228 aa  314  7e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.780725  hitchhiker  0.000183133 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2505  two component transcriptional regulator  68.16 
 
 		 228 aa  314  7e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.472327  normal  0.764107 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0094  two component transcriptional regulator  72.32 
 
 		 228 aa  311  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.402679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1399  two component transcriptional regulator  64.86 
 
 		 228 aa  310  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2374  two component transcriptional regulator  64.57 
 
 		 228 aa  308  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1017  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.86 
 
 		 228 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4105  two component transcriptional regulator  63.16 
 
 		 228 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.400488 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1576  response regulator receiver  64.13 
 
 		 235 aa  304  7e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.630975  normal  0.0547836 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1855  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.13 
 
 		 228 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.848692 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1663  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.13 
 
 		 228 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.489331 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5036  two component transcriptional regulator  67.25 
 
 		 232 aa  293  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.367828 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0059  DNA-binding response regulator  56.83 
 
 		 228 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0044  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.33 
 
 		 238 aa  254  7e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.164674  normal  0.0215513 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2814  two component transcriptional regulator  56.25 
 
 		 240 aa  244  8e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2712  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 224 aa  149  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00552555  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 261 aa  145  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  37.83 
 
 		 235 aa  145  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3638  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 		 270 aa  145  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  37.83 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  37.83 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  37.83 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  37.83 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  37.83 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  37.83 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  37.83 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  37.83 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2514  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.45 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.24701  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  38.5 
 
 		 231 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.34 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1827  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 241 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  33.78 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  33.78 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 236 aa  138  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.07 
 
 		 236 aa  138  7e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.96 
 
 		 237 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  38.53 
 
 		 256 aa  138  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  35.29 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  37.78 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1832  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.366424  normal  0.561636 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2443  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.73 
 
 		 224 aa  136  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00121019 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1618  two component transcriptional regulator  34.33 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  36.24 
 
 		 234 aa  137  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  39.55 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  37.98 
 
 		 243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  37.98 
 
 		 243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  37.98 
 
 		 243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 239 aa  135  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0904  two component transcriptional regulator  38.05 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0335314 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 239 aa  135  4e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0967  response regulator receiver  37.72 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.359698  normal  0.873584 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1871  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.65 
 
 		 226 aa  135  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.105791  normal  0.266081 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.57 
 
 		 225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.4 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 231 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0440  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 225 aa  135  8e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.747409  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.4 
 
 		 242 aa  135  8e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  36.96 
 
 		 235 aa  134  9e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.29 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.23 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  36.61 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  35.53 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  34.65 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  34.85 
 
 		 239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  37.95 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  36.52 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.49 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>