36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3253 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3253  hypothetical protein  100 
 
 		 361 aa  714    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2134  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1596  Zinc finger-domain-containing protein  31.33 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889508 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0702  Zinc finger/thioredoxin putative  51.43 
 
 		 294 aa  55.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3216  Zinc finger-domain-containing protein  47.83 
 
 		 308 aa  53.9  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639596  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2373  Zinc finger-domain-containing protein  42.5 
 
 		 297 aa  53.1  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.202349 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2893  Zinc finger/thioredoxin putative  51.43 
 
 		 254 aa  52.4  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0575  hypothetical protein  29.82 
 
 		 285 aa  50.8  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1424  Zinc finger-domain-containing protein  48.65 
 
 		 635 aa  50.1  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0877101  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2018  Zinc finger-domain-containing protein  44.44 
 
 		 319 aa  50.1  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.574059  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3605  Zinc finger-domain-containing protein  37.5 
 
 		 1244 aa  50.1  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.188848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3141  response regulator receiver protein  47.22 
 
 		 324 aa  50.1  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0833  Zinc finger/thioredoxin putative  29.79 
 
 		 293 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0939857  normal  0.925505 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0732  hypothetical protein  37.5 
 
 		 304 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.738577  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4868  Zinc finger/thioredoxin putative  40 
 
 		 306 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.186444  normal  0.75995 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2386  Zinc finger-domain-containing protein  36.11 
 
 		 368 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.814986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1032  Zinc finger/thioredoxin putative  45 
 
 		 501 aa  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000300649  hitchhiker  0.0000540788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0942  Zinc finger/thioredoxin putative  30.65 
 
 		 293 aa  47.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1175  hypothetical protein  40 
 
 		 306 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0024  Zinc finger-domain-containing protein  51.43 
 
 		 547 aa  46.6  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0666  Zinc finger/thioredoxin putative  29.46 
 
 		 284 aa  46.6  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.248868  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2979  Zinc finger-domain-containing protein  45.71 
 
 		 255 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0278166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1155  MJ0042 family finger-like protein  48.78 
 
 		 237 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.967228  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1751  MJ0042 family finger-like protein  50 
 
 		 694 aa  46.6  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000114935  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2497  MJ0042 family finger-like protein  50 
 
 		 707 aa  46.6  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5219  MJ0042 family finger-like protein  27.42 
 
 		 298 aa  46.6  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3057  MJ0042 family finger-like protein  42.86 
 
 		 248 aa  46.6  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0411  MJ0042 family finger-like protein  47.37 
 
 		 547 aa  46.2  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.839191  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1855  MJ0042 family finger-like protein  37.14 
 
 		 383 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2546  hypothetical protein  43.48 
 
 		 417 aa  45.8  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.73982e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0713  hypothetical protein  40 
 
 		 142 aa  44.7  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2450  Zinc finger-domain-containing protein  42.86 
 
 		 256 aa  44.3  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.761228  normal  0.24393 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2862  Zinc finger-domain-containing protein  40 
 
 		 273 aa  43.9  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3088  MJ0042 family finger-like protein  40 
 
 		 251 aa  44.3  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2196  Zinc finger-domain-containing protein  45.71 
 
 		 236 aa  43.5  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.676163  normal  0.693925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2982  MJ0042 family finger-like protein  40 
 
 		 244 aa  43.1  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0479  Zinc finger/thioredoxin putative  34.29 
 
 		 274 aa  42.7  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>