18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3057 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3057  MJ0042 family finger-like protein  100 
 
 
248 aa  494  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0479  Zinc finger/thioredoxin putative  38.4 
 
 
274 aa  132  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2450  Zinc finger-domain-containing protein  35.79 
 
 
256 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.761228  normal  0.24393 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2386  Zinc finger-domain-containing protein  79.49 
 
 
368 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.814986  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0732  hypothetical protein  79.49 
 
 
304 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.738577  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2018  Zinc finger-domain-containing protein  29.36 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.574059  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3497  Zinc finger/thioredoxin putative  37.08 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.557897 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2893  Zinc finger/thioredoxin putative  54.05 
 
 
254 aa  52  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1596  Zinc finger-domain-containing protein  38.89 
 
 
318 aa  51.6  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.889508 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0057  zinc finger-like domain-containing protein  41.03 
 
 
221 aa  50.1  0.00003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0030  hypothetical protein  37.21 
 
 
221 aa  50.1  0.00004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0702  Zinc finger/thioredoxin putative  51.35 
 
 
294 aa  48.9  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3253  hypothetical protein  42.86 
 
 
361 aa  46.2  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2134  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3216  Zinc finger-domain-containing protein  48.57 
 
 
308 aa  45.4  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639596  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3605  Zinc finger-domain-containing protein  35.09 
 
 
1244 aa  45.4  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.188848  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2373  Zinc finger-domain-containing protein  48.48 
 
 
297 aa  43.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.202349 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4144  Zinc finger-domain-containing protein  48.39 
 
 
1124 aa  42.7  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000494225 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4868  Zinc finger/thioredoxin putative  28.85 
 
 
306 aa  42.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.186444  normal  0.75995 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>