More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0111 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0111  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  100 
 
 
346 aa  690    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.685432  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2235  alcohol dehydrogenase  39.83 
 
 
340 aa  224  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000256926  hitchhiker  0.0000000000711864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0286  alcohol dehydrogenase  35.26 
 
 
337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.425659  normal  0.323725 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4159  alcohol dehydrogenase  35.88 
 
 
350 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.44287  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2276  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  33.08 
 
 
388 aa  172  9e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1874  GroES-related  34.2 
 
 
335 aa  171  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.335289  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1008  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  32.49 
 
 
387 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1877  alcohol dehydrogenase  30.77 
 
 
364 aa  149  9e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.115652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2647  dehydrogenase  33.52 
 
 
338 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0114296  normal  0.147618 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2286  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  32.24 
 
 
385 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2325  alcohol dehydrogenase  32.24 
 
 
385 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0569732  normal  0.0442784 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2333  alcohol dehydrogenase  32.24 
 
 
385 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.255092 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1258  alcohol dehydrogenase  34.28 
 
 
344 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672332  normal  0.983976 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5447  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.39 
 
 
350 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187392  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0125  alcohol dehydrogenase  32.96 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0844378  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0049  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  33.24 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0475  alcohol dehydrogenase  32.3 
 
 
345 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5762  alcohol dehydrogenase  31.35 
 
 
386 aa  140  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.117069  normal  0.104571 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4416  alcohol dehydrogenase  32.59 
 
 
354 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0164512  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3953  alcohol dehydrogenase  32.31 
 
 
354 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0355  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.62 
 
 
350 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13758  dehydrogenase  31.49 
 
 
397 aa  138  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0782561 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0330  2,3-butanediol dehydrogenase  34.17 
 
 
355 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13100  L-threonine 3-dehydrogenase  28.92 
 
 
336 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0788  alcohol dehydrogenase  32.11 
 
 
349 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.690483 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0802  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  30.32 
 
 
350 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0508  alcohol dehydrogenase  31.92 
 
 
394 aa  137  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0486216  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0585  zinc-containing alcohol dehydrogenase, long-chain  30.32 
 
 
350 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0307293  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0584  zinc-containing alcohol dehydrogenase, long-chain  30.32 
 
 
350 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0705  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  30.03 
 
 
350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00256645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4631  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  30.03 
 
 
350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000566989  hitchhiker  0.000000000000161972 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0742  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  30.32 
 
 
350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000731787  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5781  alcohol dehydrogenase  32.69 
 
 
354 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110473  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0589  alcohol dehydrogenase  30.32 
 
 
350 aa  137  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00429801  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3845  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  32.69 
 
 
354 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.650761  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4523  alcohol dehydrogenase  32.69 
 
 
365 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11719  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4132  alcohol dehydrogenase  32.93 
 
 
364 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00103108  normal  0.177919 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4773  zinc-binding alcohol dehydrogenase  31.68 
 
 
338 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4859  alcohol dehydrogenase  31.68 
 
 
338 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  30.43 
 
 
356 aa  135  9e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0641  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  30.03 
 
 
350 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1325  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  32.73 
 
 
354 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.614702  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0675  alcohol dehydrogenase  30.03 
 
 
350 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000371622  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0730  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  30.03 
 
 
350 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.35905e-47 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0944  L-idonate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 
350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.272351  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5001  alcohol dehydrogenase  33.14 
 
 
373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10230  2,3-butanediol dehydrogenase  33.15 
 
 
363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.219159  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0934  2,3-butanediol dehydrogenase  33.73 
 
 
363 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4497  alcohol dehydrogenase  32.59 
 
 
373 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1043  alcohol dehydrogenase  33.88 
 
 
353 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3148  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  32.31 
 
 
373 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5133  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  32.31 
 
 
373 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5726  alcohol dehydrogenase  32.31 
 
 
373 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0233  alcohol dehydrogenase  30.03 
 
 
351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0239  alcohol dehydrogenase  30.03 
 
 
351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  31.01 
 
 
337 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5304  alcohol dehydrogenase  32.39 
 
 
373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.183348  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0619  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  30.59 
 
 
339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3324  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  29.78 
 
 
350 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0421123  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5159  alcohol dehydrogenase  31.59 
 
 
338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.101264  normal  0.821329 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0089  L-threonine 3-dehydrogenase  28.91 
 
 
341 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03474  L-threonine 3-dehydrogenase  28.61 
 
 
341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0601715  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3828  L-threonine 3-dehydrogenase  28.61 
 
 
341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0267024  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03425  hypothetical protein  28.61 
 
 
341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0092  L-threonine 3-dehydrogenase  28.61 
 
 
341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.212636  normal  0.425053 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4044  L-threonine 3-dehydrogenase  28.61 
 
 
341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3953  L-threonine 3-dehydrogenase  28.61 
 
 
341 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0503034  normal  0.824331 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02158  alcohol dehydrogenase, zinc-containing (AFU_orthologue; AFUA_2G15930)  32.4 
 
 
353 aa  129  8.000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.953823  normal  0.515496 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4033  L-threonine 3-dehydrogenase  28.32 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1538  L-idonate 5-dehydrogenase  33.44 
 
 
347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3926  L-threonine 3-dehydrogenase  28.32 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3907  L-threonine 3-dehydrogenase  28.32 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.305957 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0537  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  29.43 
 
 
325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00294504  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3988  L-threonine 3-dehydrogenase  28.32 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0119  L-threonine 3-dehydrogenase  28.32 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4120  L-threonine 3-dehydrogenase  28.61 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.357417  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4094  L-threonine 3-dehydrogenase  28.32 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0064  L-threonine 3-dehydrogenase  28.16 
 
 
341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353875  unclonable  0.000000014689 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0771  alcohol dehydrogenase  31.82 
 
 
333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00067  L-threonine 3-dehydrogenase  27.84 
 
 
341 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41760  2,3-butanediol dehydrogenase  31.91 
 
 
360 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0059  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  30.21 
 
 
340 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4823  L-threonine 3-dehydrogenase  27.43 
 
 
341 aa  126  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204753 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4144  L-threonine 3-dehydrogenase  28.02 
 
 
341 aa  126  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.498759  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0072  L-threonine 3-dehydrogenase  28.02 
 
 
341 aa  126  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0106  L-threonine 3-dehydrogenase  28.16 
 
 
341 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.588963  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  31.63 
 
 
340 aa  125  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0100  L-threonine 3-dehydrogenase  28.45 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.173553 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0660  alcohol dehydrogenase  32.57 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2235  alcohol dehydrogenase  32.57 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1619  alcohol dehydrogenase  32.57 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0066  L-threonine 3-dehydrogenase  28.02 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1644  zinc-binding alcohol dehydrogenase  32.57 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.14571  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0565  alcohol dehydrogenase  32.57 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.678248  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5628  L-threonine 3-dehydrogenase  32.57 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4989  L-threonine 3-dehydrogenase  28.32 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.014  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1670  alcohol dehydrogenase  32.57 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0490  alcohol dehydrogenase  32.57 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.283915  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6089  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  33.33 
 
 
337 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0797  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  29.82 
 
 
338 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.121673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>