More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1409 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1409  GTPase EngC  100 
 
 		 306 aa  637    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1480  ribosome small subunit-dependent GTPase A  75.92 
 
 		 318 aa  475  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137644  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1467  ribosome small subunit-dependent GTPase A  72.76 
 
 		 302 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.325881  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1697  GTPase EngC  70.26 
 
 		 324 aa  444  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.637936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1890  ribosome small subunit-dependent GTPase A  69.66 
 
 		 325 aa  422  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0192167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5339  ribosome small subunit-dependent GTPase A  65.62 
 
 		 322 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0321  ribosome small subunit-dependent GTPase A  68.49 
 
 		 314 aa  415  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3349  ribosome small subunit-dependent GTPase A  68.06 
 
 		 322 aa  401  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.123821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2697  ribosome small subunit-dependent GTPase A  67.74 
 
 		 330 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2914  putative ATP/GTP-binding protein  60.6 
 
 		 304 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.589504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0983  GTPase EngC  55.76 
 
 		 320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1014  ribosome-associated GTPase  50.84 
 
 		 316 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0956  ribosome-associated GTPase  51.01 
 
 		 313 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.231895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0952  ribosome-associated GTPase  51.01 
 
 		 313 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2970  ribosome-associated GTPase  49.83 
 
 		 316 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.106971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4190  ribosome-associated GTPase  50.68 
 
 		 313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.503952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1035  ribosome-associated GTPase  50.34 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0597  ribosome-associated GTPase  50.34 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1076  ribosome-associated GTPase  50.34 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2227  ribosome-associated GTPase  50.34 
 
 		 313 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.915652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2910  ribosome-associated GTPase  49.83 
 
 		 314 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2850  ribosome-associated GTPase  49.83 
 
 		 314 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0776  ribosome-associated GTPase  49.49 
 
 		 317 aa  278  9e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2960  ribosome-associated GTPase  49.5 
 
 		 314 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.804771  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1668  ribosome-associated GTPase  49.66 
 
 		 316 aa  275  9e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34029  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2537  ribosome-associated GTPase  49.17 
 
 		 314 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.394286  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0394  ribosome-associated GTPase  49.17 
 
 		 314 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10588  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0910  ribosome-associated GTPase  49.17 
 
 		 314 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0237  ribosome-associated GTPase  49.17 
 
 		 314 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0811  ribosome-associated GTPase  44.77 
 
 		 315 aa  273  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0882  ribosome-associated GTPase  44.22 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.493781 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0940  ribosome-associated GTPase  44.77 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0176411 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2576  ribosome-associated GTPase  44.74 
 
 		 323 aa  251  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0905  ribosome-associated GTPase  42.44 
 
 		 324 aa  248  9e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569285  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3004  ribosome-associated GTPase  45.56 
 
 		 289 aa  233  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0711  GTPase EngC  40.94 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.197217  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1475  ribosome-associated GTPase  40.2 
 
 		 287 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.389799  normal  0.245969 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1992  ribosome-associated GTPase  41.06 
 
 		 314 aa  215  7e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.481604  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1278  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.86 
 
 		 316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00470592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0523  ribosome small subunit-dependent GTPase A  41.38 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.22589  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1842  GTPase EngC  41.02 
 
 		 257 aa  185  9e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1099  ribosome-associated GTPase  36.51 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000548544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3336  ribosome-associated GTPase  38.63 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.14191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0386  ribosome-associated GTPase  36.07 
 
 		 349 aa  170  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2639  ribosome-associated GTPase  35.02 
 
 		 344 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.014804  hitchhiker  0.000000658007 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4179  ribosome-associated GTPase  32.89 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0537  hypothetical protein  35.49 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0475  ribosome-associated GTPase  34.75 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.84986  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002251  ribosome small subunit-stimulated GTPase EngC  34.09 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00154868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2777  ribosome-associated GTPase  33.67 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4380  ribosome-associated GTPase  35.79 
 
 		 352 aa  162  9e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2742  ribosome-associated GTPase  34.85 
 
 		 353 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201123  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3548  ribosome-associated GTPase  33.12 
 
 		 354 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.814958  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3033  ribosome-associated GTPase  32.67 
 
 		 351 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2677  putative GTPase  34.1 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00550  ribosome-associated GTPase  33.33 
 
 		 347 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07460  ribosome-associated GTPase  35.43 
 
 		 343 aa  159  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0789  ribosome-associated GTPase  32.89 
 
 		 352 aa  159  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.106685  hitchhiker  0.00135027 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1958  ribosome-associated GTPase  36.77 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1715  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.73 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1068  ribosome-associated GTPase  36.11 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1269  ribosome-associated GTPase  36.09 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00113  ribosome-associated GTPase  33.12 
 
 		 372 aa  156  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0709  ribosome-associated GTPase  32.68 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.547116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3662  ribosome-associated GTPase  32.68 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000216302  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3809  ribosome-associated GTPase  32.68 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000110208  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4951  hypothetical protein  36.09 
 
 		 343 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3482  ribosome-associated GTPase  34.1 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.845882  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0558  ribosome-associated GTPase  34.21 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.806165  normal  0.213457 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0630  GTPase EngC  32.12 
 
 		 340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000140785  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0423  ribosome-associated GTPase  33.33 
 
 		 349 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000942768  hitchhiker  0.000000790004 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3829  ribosome small subunit-dependent GTPase A  33.77 
 
 		 350 aa  152  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101292  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3849  ribosome-associated GTPase  33.77 
 
 		 350 aa  152  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00200701  hitchhiker  0.0000985996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0563  ribosome-associated GTPase  35.43 
 
 		 343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04031  ribosome-associated GTPase  33.44 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000932419  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4404  ribosome-associated GTPase  33.44 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03993  hypothetical protein  33.44 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5677  ribosome-associated GTPase  33.44 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000100514  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4693  ribosome-associated GTPase  33.44 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000151742  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4718  ribosome-associated GTPase  33.44 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000781883  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0550  ribosome-associated GTPase  33.22 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00144595  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3775  ribosome-associated GTPase  33.22 
 
 		 354 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0597624  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2058  ribosome small subunit-dependent GTPase A  33.44 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.834521  normal  0.0277453 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2400  ribosome small subunit-dependent GTPase A  32.28 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3718  ribosome-associated GTPase  33.22 
 
 		 354 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3901  ribosome-associated GTPase  33.22 
 
 		 354 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.047373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3288  ribosome-associated GTPase  32.9 
 
 		 354 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3318  ribosome-associated GTPase  32.57 
 
 		 353 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00153777  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4632  ribosome-associated GTPase  33.12 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000257441  normal  0.0538401 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2668  hypothetical protein  33.55 
 
 		 325 aa  150  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0514  ribosome-associated GTPase  34.44 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4694  ribosome-associated GTPase  33.77 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0589  ribosome-associated GTPase  33.22 
 
 		 354 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235355 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0590  ribosome-associated GTPase  33.22 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155455 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3440  ribosome-associated GTPase  33.22 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4955  ribosome-associated GTPase  33.44 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626637 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2784  ribosome-associated GTPase  32.46 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4627  ribosome-associated GTPase  32.03 
 
 		 350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000117674  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2799  hypothetical protein  33.22 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4767  ribosome-associated GTPase  32.03 
 
 		 350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.686105  normal  0.0608058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>