More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0003 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0003  hypothetical protein  100 
 
 		 104 aa  208  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.296608  normal  0.77875 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3758  hypothetical protein  88 
 
 		 145 aa  178  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3459  hypothetical protein  86 
 
 		 145 aa  174  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3461  hypothetical protein  56.19 
 
 		 98 aa  118  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0296727  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3614  hypothetical protein  68.49 
 
 		 96 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3398  hypothetical protein  62.67 
 
 		 101 aa  103  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569654  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0303  hypothetical protein  62.67 
 
 		 89 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3236  hypothetical protein  62.67 
 
 		 89 aa  102  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.256885  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3551  hypothetical protein  62.67 
 
 		 89 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2845  hypothetical protein  62.67 
 
 		 89 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.642918  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2240  hypothetical protein  62.67 
 
 		 89 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0092  hypothetical protein  62.67 
 
 		 89 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0106  hypothetical protein  62.67 
 
 		 89 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6521  hypothetical protein  54.65 
 
 		 88 aa  100  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2550  hypothetical protein  54.65 
 
 		 88 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3182  hypothetical protein  54.65 
 
 		 88 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190037 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3216  hypothetical protein  54.65 
 
 		 88 aa  100  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.222791  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3164  hypothetical protein  54.65 
 
 		 88 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.345187  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3100  hypothetical protein  54.65 
 
 		 88 aa  100  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.880044  normal  0.0421646 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3155  hypothetical protein  54.65 
 
 		 111 aa  99.4  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3987  hypothetical protein  64.29 
 
 		 76 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4465  hypothetical protein  64.29 
 
 		 76 aa  99.8  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0835633 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3099  hypothetical protein  64.29 
 
 		 76 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000394667 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2735  hypothetical protein  51.22 
 
 		 84 aa  92  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.19955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3896  hypothetical protein  49.44 
 
 		 97 aa  91.3  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.264867  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0134  hypothetical protein  51.39 
 
 		 86 aa  90.1  9e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000169142  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6057  hypothetical protein  45.16 
 
 		 96 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.316993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4983  protein of unknown function DUF37  42.27 
 
 		 132 aa  89  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2332  protein of unknown function DUF37  59.42 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4698  hypothetical protein  50 
 
 		 92 aa  87.8  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.506402  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2535  hypothetical protein  53.62 
 
 		 78 aa  87  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38648  normal  0.837302 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4202  hypothetical protein  55.07 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0312658  decreased coverage  0.00189987 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4015  hypothetical protein  56.92 
 
 		 91 aa  84.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20976  normal  0.241605 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2562  protein of unknown function DUF37  43.37 
 
 		 92 aa  85.1  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3610  hypothetical protein  48.65 
 
 		 79 aa  84.3  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3036  hypothetical protein  50 
 
 		 75 aa  84.3  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.398787  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5300  protein of unknown function DUF37  50 
 
 		 95 aa  84.3  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.438936  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1884  hypothetical protein  42.39 
 
 		 105 aa  84.3  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0689122  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4141  hypothetical protein  52.17 
 
 		 98 aa  83.6  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4906  hypothetical protein  42.86 
 
 		 117 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2140  protein of unknown function DUF37  54.29 
 
 		 79 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0911877 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4136  protein of unknown function DUF37  48.53 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0543126  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38060  hypothetical protein  52.17 
 
 		 86 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281723  hitchhiker  0.00627783 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2596  hypothetical protein  52.78 
 
 		 80 aa  82.4  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3319  hypothetical protein  49.28 
 
 		 82 aa  82.8  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4621  hypothetical protein  52.11 
 
 		 81 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3543  hypothetical protein  52.17 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3242  hypothetical protein  50.72 
 
 		 99 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0218  hypothetical protein  46.74 
 
 		 88 aa  81.3  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0311  hypothetical protein  52.11 
 
 		 86 aa  81.3  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0007  hypothetical protein  49.3 
 
 		 81 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243975 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3594  hypothetical protein  52.17 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.618797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04301  hypothetical protein  50.72 
 
 		 78 aa  80.9  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2159  hypothetical protein  45.71 
 
 		 110 aa  80.5  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0101  hypothetical protein  53.12 
 
 		 64 aa  80.5  0.000000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2412  protein of unknown function DUF37  49.28 
 
 		 136 aa  80.1  0.000000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.143753  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1511  hypothetical protein  47.83 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.553641  normal  0.573012 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1968  protein of unknown function DUF37  54.17 
 
 		 87 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.160703  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002015  YidD  47.89 
 
 		 85 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000175074  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4526  hypothetical protein  53.12 
 
 		 84 aa  80.1  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0565239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0003  hypothetical protein  59.38 
 
 		 85 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000613833  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3935  protein of unknown function DUF37  50.75 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000438266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5310  hypothetical protein  47.89 
 
 		 81 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0328546 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4243  hypothetical protein  53.03 
 
 		 94 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000148519  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4794  hypothetical protein  50 
 
 		 105 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2140  hypothetical protein  51.43 
 
 		 84 aa  79.3  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5013  hypothetical protein  49.3 
 
 		 100 aa  79.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4511  protein of unknown function DUF37  50.72 
 
 		 91 aa  79.3  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00325314 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0874  hypothetical protein  50.72 
 
 		 80 aa  79.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04091  ribonuclease P  50.72 
 
 		 88 aa  78.6  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.827269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23460  conserved hypothetical protein TIGR00278  52.94 
 
 		 122 aa  78.6  0.00000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4170  hypothetical protein  52.31 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0260049  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0010  hypothetical protein  53.97 
 
 		 84 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000352572  hitchhiker  0.000527838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52460  hypothetical protein  48.57 
 
 		 81 aa  78.2  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0355  protein of unknown function DUF37  52.31 
 
 		 79 aa  78.2  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.437733  normal  0.0683949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5744  hypothetical protein  48.57 
 
 		 81 aa  77.4  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103389  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1652  hypothetical protein  55.17 
 
 		 123 aa  77.8  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.725199  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03588  hypothetical protein  48.65 
 
 		 85 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.308297  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3918  hypothetical protein  48.65 
 
 		 85 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000385576  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4290  hypothetical protein  48.65 
 
 		 85 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00071017  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4866  protein of unknown function DUF37  42.39 
 
 		 107 aa  77.4  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000436538  normal  0.0104402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3867  hypothetical protein  52.38 
 
 		 84 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000433459  unclonable  0.00000248153 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4150  hypothetical protein  48.65 
 
 		 85 aa  77.4  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000545149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4064  hypothetical protein  52.38 
 
 		 84 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000197043  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03532  hypothetical protein  48.65 
 
 		 85 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.186874  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4247  hypothetical protein  46.58 
 
 		 85 aa  77.4  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000493457  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4930  hypothetical protein  56.25 
 
 		 85 aa  77  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000391047  unclonable  0.00000000644601 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0120  protein of unknown function DUF37  50.72 
 
 		 85 aa  77  0.00000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.552201  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1061  hypothetical protein  49.3 
 
 		 84 aa  77  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2722  hypothetical protein  49.3 
 
 		 84 aa  77  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0539661 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3776  hypothetical protein  53.97 
 
 		 84 aa  77  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000347522  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0275  hypothetical protein  52.31 
 
 		 87 aa  76.3  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4507  hypothetical protein  55.07 
 
 		 74 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.89248 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13957  hypothetical protein  38.38 
 
 		 120 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3338  hypothetical protein  39.56 
 
 		 115 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4359  hypothetical protein  50.72 
 
 		 76 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4381  hypothetical protein  53.97 
 
 		 84 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000226014  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4386  hypothetical protein  52.24 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000104224 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0140  hypothetical protein  48.53 
 
 		 72 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3917  hypothetical protein  48.48 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0922453  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>