51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0546 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0546  hypothetical protein  100 
 
 		 133 aa  258  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00496628  normal  0.323074 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0276  hypothetical protein  90.98 
 
 		 133 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.440842 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0182  hypothetical protein  82.71 
 
 		 133 aa  224  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0187  hypothetical protein  73.68 
 
 		 134 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4119  hypothetical protein  45.53 
 
 		 139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1921  hypothetical protein  48.8 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0935  hypothetical protein  49.04 
 
 		 137 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.983933  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2146  inner membrane protein  33.08 
 
 		 138 aa  82  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0501  inner membrane protein  36.43 
 
 		 130 aa  80.5  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1222  hypothetical protein  39.53 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.406999  normal  0.0415126 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04774  inner membrane protein  36.43 
 
 		 133 aa  77  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2214  hypothetical protein  36.36 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.843648  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2571  putative transmembrane protein  32.59 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0175942  hitchhiker  0.0000688239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3371  hypothetical protein  38.95 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.994357  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2885  hypothetical protein  34.13 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.241636  normal  0.197361 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2623  inner membrane protein  31.5 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0963  inner membrane protein  31.5 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1222  hypothetical protein  36.19 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0523  hypothetical protein  35.8 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1621  hypothetical protein  32.23 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183989  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3506  inner membrane protein  33.05 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.701287  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3728  hypothetical protein  36.27 
 
 		 127 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.04039  normal  0.0800584 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2866  hypothetical protein  31.67 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4078  hypothetical protein  32.63 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000581683  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0835  inner membrane protein  33.63 
 
 		 136 aa  50.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.149897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0887  hypothetical protein  30.47 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0720  hypothetical protein  34 
 
 		 128 aa  47.4  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3173  hypothetical protein  31.58 
 
 		 127 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2432  hypothetical protein  36 
 
 		 128 aa  46.2  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.687414  normal  0.0885444 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1826  hypothetical protein  37.18 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2191  hypothetical protein  28.44 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2000  hypothetical protein  42.42 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1852  hypothetical protein  37.18 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07020  hypothetical protein  30.95 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0906  hypothetical protein  31.15 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3269  hypothetical protein  34.62 
 
 		 127 aa  45.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2496  membrane protein-like protein  33.04 
 
 		 130 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.040419  normal  0.199912 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2164  hypothetical protein  28.44 
 
 		 128 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1672  hypothetical protein  31.65 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.50162  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0788  hypothetical protein  32.99 
 
 		 127 aa  45.1  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.784909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2145  inner membrane protein  28.21 
 
 		 133 aa  44.3  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0643  hypothetical protein  29.13 
 
 		 128 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0849  hypothetical protein  31.53 
 
 		 127 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3708  hypothetical protein  31.53 
 
 		 127 aa  43.9  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1679  membrane protein-like protein  34.62 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.384201 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0450  membrane protein-like protein  31.78 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3507  inner membrane protein  25.4 
 
 		 130 aa  40.8  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.540639  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2744  hypothetical protein  33.33 
 
 		 140 aa  40.4  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.200077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1010  hypothetical protein  30.33 
 
 		 127 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1022  hypothetical protein  30.33 
 
 		 127 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.833543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0936  hypothetical protein  31.18 
 
 		 127 aa  40  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000828174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>