38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3506 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3506  inner membrane protein  100 
 
 		 136 aa  275  1e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.701287  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0835  inner membrane protein  69.85 
 
 		 136 aa  181  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.149897 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2623  inner membrane protein  55.15 
 
 		 131 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0963  inner membrane protein  55.15 
 
 		 131 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2885  hypothetical protein  55.15 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.241636  normal  0.197361 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0552  inner membrane protein  48.31 
 
 		 130 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.642383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3507  inner membrane protein  38.81 
 
 		 130 aa  100  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.540639  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0546  hypothetical protein  33.83 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00496628  normal  0.323074 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2146  inner membrane protein  30.08 
 
 		 138 aa  57  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0276  hypothetical protein  31.58 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.440842 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2626  hypothetical protein  30.95 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.139688 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0187  hypothetical protein  29.63 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0182  hypothetical protein  29.32 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0788  hypothetical protein  33.33 
 
 		 127 aa  51.6  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.784909 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0501  inner membrane protein  29.41 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04774  inner membrane protein  34.4 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4119  hypothetical protein  28.89 
 
 		 139 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0734  putative transmembrane protein  34.38 
 
 		 127 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106149  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2214  hypothetical protein  28.68 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.843648  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0804  hypothetical protein  33.33 
 
 		 127 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5274  hypothetical protein  34.65 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1672  hypothetical protein  28.79 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.50162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0752  hypothetical protein  35.9 
 
 		 243 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2042  hypothetical protein  35.9 
 
 		 243 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0661  hypothetical protein  35.9 
 
 		 152 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850631  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1222  hypothetical protein  33.82 
 
 		 129 aa  45.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.406999  normal  0.0415126 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1928  transmembrane protein  31.73 
 
 		 123 aa  44.7  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07020  hypothetical protein  40.79 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0887  hypothetical protein  30.77 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2164  hypothetical protein  28.89 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2191  hypothetical protein  28.57 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2333  membrane protein-like protein  32 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.632219  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2145  inner membrane protein  27.54 
 
 		 133 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0643  hypothetical protein  33.66 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1222  hypothetical protein  28.72 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3491  membrane protein-like protein  33.33 
 
 		 123 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.314493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4503  membrane protein-like protein  25.83 
 
 		 123 aa  40  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.151573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3977  membrane protein-like protein  33.33 
 
 		 123 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109107  normal  0.438253 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>