87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2496 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2496  membrane protein-like protein  100 
 
 
130 aa  262  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.040419  normal  0.199912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1621  hypothetical protein  72.09 
 
 
133 aa  186  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183989  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3728  hypothetical protein  47.93 
 
 
127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.04039  normal  0.0800584 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2164  hypothetical protein  47.06 
 
 
128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2191  hypothetical protein  47.41 
 
 
128 aa  107  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1222  hypothetical protein  50.41 
 
 
128 aa  106  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2866  hypothetical protein  45.97 
 
 
127 aa  105  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0906  hypothetical protein  46.72 
 
 
127 aa  103  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3371  hypothetical protein  46.28 
 
 
127 aa  103  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.994357  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4078  hypothetical protein  42.74 
 
 
127 aa  101  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000581683  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0720  hypothetical protein  48.28 
 
 
128 aa  101  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3173  hypothetical protein  46.09 
 
 
127 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3269  hypothetical protein  46.09 
 
 
127 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3708  hypothetical protein  45.45 
 
 
127 aa  99.8  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3004  hypothetical protein  47.83 
 
 
127 aa  99  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182987  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0849  hypothetical protein  46.09 
 
 
127 aa  99  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0936  hypothetical protein  49.52 
 
 
127 aa  97.8  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000828174  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3353  hypothetical protein  46.09 
 
 
127 aa  97.1  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1022  hypothetical protein  46.09 
 
 
127 aa  96.7  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.833543  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1010  hypothetical protein  46.09 
 
 
127 aa  96.7  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0988  hypothetical protein  45.69 
 
 
127 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0756  hypothetical protein  51.38 
 
 
129 aa  93.2  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0752  hypothetical protein  44.09 
 
 
243 aa  92  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2042  hypothetical protein  44.09 
 
 
243 aa  92  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0661  hypothetical protein  43.31 
 
 
152 aa  90.9  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850631  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1356  hypothetical protein  38.46 
 
 
135 aa  86.7  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0788  hypothetical protein  41.86 
 
 
127 aa  86.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.784909 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2271  membrane protein-like  36.15 
 
 
159 aa  85.1  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1132  hypothetical protein  41.54 
 
 
126 aa  83.6  8e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.202391  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3416  hypothetical protein  39.23 
 
 
131 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2647  hypothetical protein  43.97 
 
 
153 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00167697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1510  membrane protein-like protein  45.67 
 
 
131 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2347  membrane protein-like protein  45.67 
 
 
135 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5274  hypothetical protein  41.32 
 
 
127 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07020  hypothetical protein  43.33 
 
 
128 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0804  hypothetical protein  42.64 
 
 
127 aa  78.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4798  hypothetical protein  43.44 
 
 
133 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467764 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4845  hypothetical protein  39.34 
 
 
128 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.126737  normal  0.62859 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0927  hypothetical protein  38.46 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0734  putative transmembrane protein  42.64 
 
 
127 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106149  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2432  hypothetical protein  40.16 
 
 
128 aa  78.6  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.687414  normal  0.0885444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5021  hypothetical protein  39.34 
 
 
128 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.850985 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0643  hypothetical protein  41.67 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1928  transmembrane protein  37.8 
 
 
123 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0493  hypothetical protein  38.52 
 
 
128 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4972  hypothetical protein  38.52 
 
 
128 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.567754  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0380  hypothetical protein  41.8 
 
 
133 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0831  transmembrane protein  42.19 
 
 
128 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.212434  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1679  membrane protein-like protein  40.83 
 
 
124 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.384201 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4503  membrane protein-like protein  40.35 
 
 
123 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.151573  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0450  membrane protein-like protein  42.98 
 
 
128 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0294  membrane protein-like protein  37.7 
 
 
123 aa  72.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0816  hypothetical protein  42.64 
 
 
127 aa  70.9  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0321  membrane protein-like protein  40 
 
 
123 aa  70.5  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0441228  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2333  membrane protein-like protein  33.6 
 
 
130 aa  69.3  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.632219  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3491  membrane protein-like protein  40.16 
 
 
123 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.314493  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3977  membrane protein-like protein  40.16 
 
 
123 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109107  normal  0.438253 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1964  membrane protein-like  39.34 
 
 
123 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3444  membrane protein-like protein  40.87 
 
 
123 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.579203  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2000  hypothetical protein  38.02 
 
 
131 aa  64.7  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4079  membrane protein-like protein  40.87 
 
 
123 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4287  membrane protein-like  40.87 
 
 
123 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02203  hypothetical protein  33.33 
 
 
128 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2744  hypothetical protein  33.64 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.200077 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1826  hypothetical protein  35.83 
 
 
135 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1852  hypothetical protein  35.83 
 
 
135 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4900  membrane protein-like protein  42.42 
 
 
143 aa  55.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0464  hypothetical protein  30.25 
 
 
139 aa  54.3  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11791  hypothetical protein  30.25 
 
 
139 aa  54.3  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.469395  normal  0.0438894 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1027  hypothetical protein  29.41 
 
 
134 aa  53.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  hitchhiker  0.00407266  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2325  membrane protein-like protein  34.45 
 
 
141 aa  51.6  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.540964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2214  hypothetical protein  35.05 
 
 
129 aa  51.6  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.843648  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11061  hypothetical protein  27.2 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0277619  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2531  hypothetical protein  35 
 
 
133 aa  48.9  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247104  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0546  hypothetical protein  31.97 
 
 
133 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00496628  normal  0.323074 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11071  hypothetical protein  26.4 
 
 
134 aa  48.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0182  hypothetical protein  31.03 
 
 
133 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2885  hypothetical protein  29.21 
 
 
129 aa  45.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.241636  normal  0.197361 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0276  hypothetical protein  29.51 
 
 
133 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.440842 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2308  hypothetical protein  30.95 
 
 
141 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.868044 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0552  inner membrane protein  27.36 
 
 
130 aa  44.7  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.642383  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1672  hypothetical protein  28.68 
 
 
128 aa  44.3  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.50162  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2005  hypothetical protein  31.97 
 
 
141 aa  43.9  0.0008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2146  inner membrane protein  28.85 
 
 
138 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00032  conserved hypothetical protein  38.46 
 
 
154 aa  42.7  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0687285 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4119  hypothetical protein  31.45 
 
 
139 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2145  inner membrane protein  26.36 
 
 
133 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>