78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1337 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1337  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121819 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3889  hypothetical protein  64.32 
 
 		 294 aa  293  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0449106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4766  Methyltransferase type 11  63.32 
 
 		 210 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3407  hypothetical protein  60.29 
 
 		 218 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00706762  normal  0.230528 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1387  methyltransferase type 11  40.45 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1306  hypothetical protein  36.11 
 
 		 251 aa  91.3  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3216  hypothetical protein  29.9 
 
 		 249 aa  81.6  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0455432  normal  0.335757 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2525  hypothetical protein  36.89 
 
 		 172 aa  73.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0433419 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4418  hypothetical protein  34.57 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1724  hypothetical protein  28.14 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4476  hypothetical protein  34.97 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1213  hypothetical protein  30.81 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0125495  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1138  hypothetical protein  30.81 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2416  hypothetical protein  30.81 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.715401  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0691  hypothetical protein  30.81 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1741  hypothetical protein  30.81 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.898006  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0777  hypothetical protein  35.65 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0653  hypothetical protein  29.7 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.852286  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1327  methyltransferase  36.23 
 
 		 258 aa  54.3  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0582471  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1609  putative RNA methylase  34.09 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0178031  normal  0.513301 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17310  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  37.5 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.221823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0337  hypothetical protein  32.79 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.181091  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0365  putative RNA methylase  28.8 
 
 		 161 aa  49.3  0.00004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1135  hypothetical protein  31.3 
 
 		 195 aa  48.5  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0117463  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2083  methyltransferase small  32.76 
 
 		 204 aa  48.9  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1397  hypothetical protein  34.07 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0635  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.34 
 
 		 311 aa  47.8  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.312814 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2522  Methyltransferase type 11  29.25 
 
 		 280 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0795071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  37.84 
 
 		 449 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  37.84 
 
 		 463 aa  45.4  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2537  methyltransferase type 11  28.1 
 
 		 281 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0992  Methyltransferase type 11  27.27 
 
 		 255 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.358942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4902  putative SAM-dependent methyltransferase  31.09 
 
 		 541 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4852  putative SAM-dependent methyltransferase  31.09 
 
 		 541 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0491612 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2196  Methyltransferase type 11  34.18 
 
 		 266 aa  44.7  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4629  Methyltransferase type 11  29.17 
 
 		 270 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2910  putative RNA methylase  34.38 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.094641 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 		 295 aa  44.3  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 		 295 aa  43.9  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  36.49 
 
 		 463 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.92 
 
 		 295 aa  43.9  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4899  putative SAM-dependent methyltransferase  31.09 
 
 		 541 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00310573 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4828  methyltransferase domain family  31.09 
 
 		 541 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0389  rRNA (adenine-N(6)-)-methyltransferase  37.37 
 
 		 256 aa  43.5  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.317116  normal  0.0391405 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0437  hypothetical protein  32.22 
 
 		 202 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 		 295 aa  43.5  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2169  methyltransferase small  33.33 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.59077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 		 295 aa  43.1  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1909  hypothetical protein  31.94 
 
 		 165 aa  42.7  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.566778 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0198  UbiE/COQ5 methyltransferase  32.99 
 
 		 252 aa  42.7  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.537911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1487  ribosomal L11 methyltransferase  34.23 
 
 		 285 aa  42.7  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000855878  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 		 293 aa  43.1  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3910  hypothetical protein  25.69 
 
 		 219 aa  42.7  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0064  Methyltransferase type 11  39.13 
 
 		 226 aa  42.7  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  33.62 
 
 		 379 aa  42.7  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.14 
 
 		 449 aa  42.7  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0375  hypothetical protein  30 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0331  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.89 
 
 		 293 aa  42.7  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0323  methyltransferase  32.22 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0328  hypothetical protein  30 
 
 		 202 aa  42.4  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0787976  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0343  hypothetical protein  30 
 
 		 202 aa  42.4  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1674  ribosomal L11 methyltransferase  30.09 
 
 		 295 aa  42.4  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116281 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0315  methyltransferase  30.77 
 
 		 202 aa  42  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0312  methyltransferase  30 
 
 		 202 aa  42.4  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5589  Methyltransferase type 11  34.78 
 
 		 275 aa  42  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.442261 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3274  Methyltransferase type 11  28.44 
 
 		 261 aa  42  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.689568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.43 
 
 		 293 aa  42  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.43 
 
 		 306 aa  42  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.87 
 
 		 442 aa  42  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.43 
 
 		 293 aa  42  0.008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.82 
 
 		 450 aa  42  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0390  hypothetical protein  30 
 
 		 201 aa  42  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2244  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.52 
 
 		 293 aa  42  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.924831  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1714  ATPase  38.96 
 
 		 227 aa  42  0.008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.000845008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 		 294 aa  41.6  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4752  putative methionine biosynthesis protein MetW  30.58 
 
 		 541 aa  41.6  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.432574 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1326  methyltransferase  38 
 
 		 258 aa  41.6  0.01  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0232945  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6582  Methyltransferase type 11  29.66 
 
 		 259 aa  41.6  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.156331  normal  0.273691 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>