49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3407 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3407  hypothetical protein  100 
 
 		 218 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00706762  normal  0.230528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3889  hypothetical protein  70 
 
 		 294 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0449106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4766  Methyltransferase type 11  67.62 
 
 		 210 aa  287  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1337  hypothetical protein  60.29 
 
 		 225 aa  234  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121819 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1387  methyltransferase type 11  41.99 
 
 		 223 aa  144  7.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1306  hypothetical protein  30.96 
 
 		 251 aa  90.9  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2525  hypothetical protein  35.16 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0433419 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3216  hypothetical protein  25.63 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0455432  normal  0.335757 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4418  hypothetical protein  30.53 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4476  hypothetical protein  31.94 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1724  hypothetical protein  28.49 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2416  hypothetical protein  28.19 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.715401  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0691  hypothetical protein  28.19 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1741  hypothetical protein  28.19 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.898006  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1213  hypothetical protein  28.19 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0125495  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1138  hypothetical protein  28.19 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0653  hypothetical protein  28.28 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.852286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0777  hypothetical protein  31.45 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1135  hypothetical protein  30.43 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0117463  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1327  methyltransferase  32.53 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0582471  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2619  transcriptional regulator, ArsR family  29.17 
 
 		 341 aa  48.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0365  putative RNA methylase  32.14 
 
 		 161 aa  47.8  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1397  hypothetical protein  33.68 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17310  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  27.94 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.221823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2879  transcriptional regulator, ArsR family  29.17 
 
 		 341 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1609  putative RNA methylase  33.88 
 
 		 206 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0178031  normal  0.513301 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1125  Methyltransferase type 11  27.27 
 
 		 270 aa  46.6  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.321869  normal  0.566486 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2447  methyltransferase type 11  32.91 
 
 		 284 aa  45.8  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.204404  normal  0.251404 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2169  methyltransferase small  33.65 
 
 		 202 aa  44.7  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.59077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33223  predicted protein  41.79 
 
 		 229 aa  43.9  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0013315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2918  Methyltransferase type 11  29.35 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.984998  hitchhiker  0.00373911 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4836  Methyltransferase type 12  43.94 
 
 		 332 aa  43.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2116  methyltransferase type 11  29.27 
 
 		 340 aa  43.1  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.126777 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1912  methyltransferase type 12  25.51 
 
 		 419 aa  43.5  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0437  hypothetical protein  27.97 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0390  hypothetical protein  27.35 
 
 		 201 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1190  methyltransferase type 11  32.88 
 
 		 209 aa  42.7  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4629  Methyltransferase type 11  35.62 
 
 		 270 aa  42.7  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0375  hypothetical protein  28.21 
 
 		 202 aa  42  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.14 
 
 		 463 aa  42  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0312  methyltransferase  28.21 
 
 		 202 aa  42  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2102  methyltransferase small  35.06 
 
 		 251 aa  42  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000596088  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0343  hypothetical protein  28.21 
 
 		 202 aa  42  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0328  hypothetical protein  28.21 
 
 		 202 aa  42  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0787976  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1367  methyltransferase type 11  33.82 
 
 		 258 aa  41.6  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000820801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0437  hypothetical protein  26.5 
 
 		 202 aa  41.6  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  36.76 
 
 		 449 aa  41.6  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4928  hypothetical protein  27.35 
 
 		 201 aa  41.6  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2910  putative RNA methylase  32.98 
 
 		 210 aa  41.6  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.094641 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>