More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3003 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3003  CinA domain-containing protein  100 
 
 		 167 aa  340  7e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.500427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2431  CinA domain-containing protein  91.62 
 
 		 167 aa  317  5e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.197767  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3298  CinA domain-containing protein  85.03 
 
 		 167 aa  293  5e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.581353 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2789  CinA-like  57.05 
 
 		 171 aa  177  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36880  putative ompetence-damaged protein  50.31 
 
 		 172 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.217311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4777  CinA domain-containing protein  50.66 
 
 		 167 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47070  CinA-related protein  50.68 
 
 		 163 aa  142  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797955  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2276  CinA domain-containing protein  47.17 
 
 		 160 aa  141  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0906635  hitchhiker  0.00967543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3170  CinA domain-containing protein  47.8 
 
 		 172 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0164  competence/damage-inducible protein CinA  45.73 
 
 		 173 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0608  CinA, C-terminal  46.01 
 
 		 259 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002518  hypothetical protein  42.86 
 
 		 160 aa  105  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0571  CinA-like protein  44.37 
 
 		 160 aa  105  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230075 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1767  hypothetical protein  42.36 
 
 		 164 aa  104  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2850  CinA, C-terminal  45.65 
 
 		 165 aa  103  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3049  CinA-like protein  44.93 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1767  hypothetical protein  40.97 
 
 		 164 aa  102  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0015  CinA-like  42.67 
 
 		 169 aa  101  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0221  CinA domain-containing protein  41.14 
 
 		 164 aa  101  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0902  competence damage-inducible protein A  41.22 
 
 		 184 aa  100  7e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3376  competence damage-inducible protein A  41.22 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3241  competence damage-inducible protein A  41.22 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.450801  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1923  CinA-like  46.04 
 
 		 167 aa  100  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.150163  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2757  CinA domain-containing protein  39.88 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.439876  normal  0.642955 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1982  competence-damaged protein  45.19 
 
 		 431 aa  100  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0539323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1617  CinA domain protein  41.56 
 
 		 176 aa  99.4  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.895217 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1287  CinA-like  41.5 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0529  CinA domain-containing protein  38.85 
 
 		 184 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0553  CinA domain-containing protein  39.26 
 
 		 166 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0145  CinA-like  38.65 
 
 		 166 aa  98.2  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774466  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0628  CinA domain-containing protein  38.65 
 
 		 166 aa  98.2  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2833  putative competence-damaged inducible protein  47.75 
 
 		 161 aa  97.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0712  CinA domain protein  42.14 
 
 		 162 aa  96.7  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0596  CinA domain-containing protein  38.04 
 
 		 166 aa  97.1  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.307484 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3921  CinA domain-containing protein  43.75 
 
 		 169 aa  97.1  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01496  competence damage-inducible protein A  41.67 
 
 		 172 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000206349  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2108  CinA domain protein  41.67 
 
 		 172 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000498834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2121  competence damage-inducible protein A  41.67 
 
 		 172 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000221747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2153  competence damage-inducible protein A  41.67 
 
 		 172 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0198899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01507  hypothetical protein  41.67 
 
 		 172 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000417567  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3710  CinA-like  38.65 
 
 		 166 aa  95.9  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.909582  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1746  competence damage-inducible protein A  41.67 
 
 		 172 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00125275  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0243  CinA domain-containing protein  45.65 
 
 		 178 aa  95.9  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.912222  normal  0.255402 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3175  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 166 aa  95.9  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.618843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03514  hypothetical protein  37.75 
 
 		 160 aa  95.9  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0554  putative competence-damaged protein, CinA-like  36.94 
 
 		 166 aa  94.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2770  hypothetical protein  39.19 
 
 		 166 aa  94.4  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.335276  normal  0.296125 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3402  CinA domain protein  36.94 
 
 		 166 aa  94  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109005  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2480  competence/damage-inducible protein CinA  36.69 
 
 		 166 aa  94  9e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0447623  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3477  competence/damage-inducible protein CinA  36.69 
 
 		 166 aa  94  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.813884  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3479  cinA family protein  36.69 
 
 		 166 aa  94  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.292867  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3306  cinA family protein  36.69 
 
 		 166 aa  94  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3442  cinA family protein  36.69 
 
 		 166 aa  94  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.983742  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0399  cinA family protein  36.69 
 
 		 166 aa  94  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.433149  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1259  cinA family protein  36.69 
 
 		 166 aa  94  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3139  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000242069 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2607  CinA domain-containing protein  36.94 
 
 		 166 aa  93.6  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.095939 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3132  competence damage-inducible protein A  36.6 
 
 		 174 aa  93.2  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2949  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1186  competence/damage-inducible protein CinA  36.69 
 
 		 166 aa  93.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2981  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355767  decreased coverage  0.0000723064 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2702  competence/damage-inducible protein CinA  43.85 
 
 		 418 aa  93.2  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1627  competence damage-inducible protein A  40.91 
 
 		 172 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000853954  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02550  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0989  CinA domain protein  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00650499  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2823  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0804324  hitchhiker  0.00000514203 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3032  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.162361  hitchhiker  0.00262793 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2836  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.193332  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1012  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000218203 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2606  CinA domain protein  39.19 
 
 		 166 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.590584  normal  0.640743 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3016  CinA domain protein  40.14 
 
 		 166 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.850522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1703  competence damage-inducible protein A  40.91 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0296412  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1366  CinA-like  40 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.649556  normal  0.75874 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2984  competence damage-inducible protein A  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0375437  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02515  hypothetical protein  40.28 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0457216  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4628  CinA domain protein  46.03 
 
 		 426 aa  92.8  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1462  CinA domain-containing protein  45.95 
 
 		 161 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100792  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4066  hypothetical protein  41.07 
 
 		 203 aa  92.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.465317 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2195  CinA protein  39.85 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000407296  hitchhiker  0.00000443632 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2233  CinA-like  45.28 
 
 		 140 aa  92  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2329  competence/damage-inducible protein CinA  42.42 
 
 		 429 aa  91.7  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3382  competence-damaged protein CinA  39.16 
 
 		 165 aa  91.7  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000695427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0581  CinA domain-containing protein  41.61 
 
 		 175 aa  91.7  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1725  competence/damage inducible protein CinA  42.07 
 
 		 160 aa  91.3  5e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2999  competence damage-inducible protein A  41.78 
 
 		 422 aa  91.3  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.495389  normal  0.315568 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1482  CinA domain-containing protein  42.25 
 
 		 157 aa  90.9  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3016  competence damage-inducible protein A  39.58 
 
 		 165 aa  90.9  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.047861  decreased coverage  0.0000000741829 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0429  CinA domain-containing protein  40.51 
 
 		 156 aa  90.9  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.962415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1617  competence damage-inducible protein A  38.89 
 
 		 175 aa  90.5  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3874  CinA, C-terminal  41.91 
 
 		 166 aa  90.1  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1441  CinA protein  41.07 
 
 		 208 aa  90.1  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.297767  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0852  CinA domain protein  39.44 
 
 		 275 aa  90.1  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.168381  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2083  CinA domain-containing protein  36.3 
 
 		 166 aa  90.1  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0354  CinA domain-containing protein  42.55 
 
 		 179 aa  90.1  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2859  CinA domain protein  39.37 
 
 		 206 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.856791  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38570  CinA-related protein  44.29 
 
 		 164 aa  89.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3947  competence damage-inducible protein A  39.58 
 
 		 165 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.388392  normal  0.701681 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0430  competence/damage-inducible protein CinA  40.13 
 
 		 414 aa  88.6  3e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2586  CinA-like  39.53 
 
 		 208 aa  89  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.326299  hitchhiker  0.00472571 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1823  competence damage-inducible protein A  38.89 
 
 		 175 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.617319  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>