More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3921 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3921  CinA domain-containing protein  100 
 
 		 169 aa  337  5e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0354  CinA domain-containing protein  64.02 
 
 		 179 aa  198  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3667  CinA domain-containing protein  64.67 
 
 		 173 aa  196  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0708  CinA domain-containing protein  64.86 
 
 		 163 aa  187  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0581  CinA domain-containing protein  65.54 
 
 		 175 aa  184  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4476  CinA-like  57.32 
 
 		 168 aa  184  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0429  CinA domain-containing protein  66.21 
 
 		 156 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.962415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0076  CinA-like  65 
 
 		 167 aa  166  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0483  CinA domain protein  64.74 
 
 		 184 aa  164  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3402  CinA domain protein  55.33 
 
 		 166 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109005  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2480  competence/damage-inducible protein CinA  63.16 
 
 		 166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0447623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1259  cinA family protein  63.16 
 
 		 166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3477  competence/damage-inducible protein CinA  63.16 
 
 		 166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.813884  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3479  cinA family protein  63.16 
 
 		 166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.292867  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3442  cinA family protein  63.16 
 
 		 166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.983742  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3306  cinA family protein  63.16 
 
 		 166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0399  cinA family protein  63.16 
 
 		 166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.433149  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1186  competence/damage-inducible protein CinA  61.31 
 
 		 166 aa  163  9e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2757  CinA domain-containing protein  60.14 
 
 		 166 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.439876  normal  0.642955 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3710  CinA-like  60.58 
 
 		 166 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.909582  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0553  CinA domain-containing protein  59.85 
 
 		 166 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0554  putative competence-damaged protein, CinA-like  54.67 
 
 		 166 aa  161  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0145  CinA-like  59.85 
 
 		 166 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774466  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0628  CinA domain-containing protein  59.85 
 
 		 166 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2850  CinA, C-terminal  57.55 
 
 		 165 aa  161  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3049  CinA-like protein  58.27 
 
 		 165 aa  161  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0596  CinA domain-containing protein  59.12 
 
 		 166 aa  160  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.307484 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0529  CinA domain-containing protein  59.12 
 
 		 184 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0922  CinA-like protein  56.16 
 
 		 162 aa  159  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2607  CinA domain-containing protein  54.25 
 
 		 166 aa  159  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.095939 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2195  CinA protein  51.53 
 
 		 165 aa  158  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000407296  hitchhiker  0.00000443632 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0221  CinA domain-containing protein  54.67 
 
 		 164 aa  158  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2606  CinA domain protein  57.86 
 
 		 166 aa  158  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.590584  normal  0.640743 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3016  CinA domain protein  58.96 
 
 		 166 aa  156  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.850522 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2770  hypothetical protein  57.66 
 
 		 166 aa  155  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.335276  normal  0.296125 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1767  hypothetical protein  51.3 
 
 		 164 aa  156  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1617  CinA domain protein  56.58 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.895217 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1767  hypothetical protein  50 
 
 		 164 aa  154  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1484  CinA domain-containing protein  58.62 
 
 		 168 aa  154  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.414314  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0385  competence/damage inducible protein CinA  59.31 
 
 		 159 aa  154  7e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2949  competence damage-inducible protein A  53.79 
 
 		 165 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2981  competence damage-inducible protein A  53.79 
 
 		 165 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355767  decreased coverage  0.0000723064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0212  competence/damage inducible protein CinA  52.47 
 
 		 168 aa  149  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.429483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3139  competence damage-inducible protein A  53.79 
 
 		 165 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000242069 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3032  competence damage-inducible protein A  53.1 
 
 		 165 aa  148  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.162361  hitchhiker  0.00262793 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0971  CinA domain protein  51.59 
 
 		 160 aa  148  4e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00476179  hitchhiker  0.00000668573 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0902  competence damage-inducible protein A  55.15 
 
 		 184 aa  147  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3016  competence damage-inducible protein A  53.1 
 
 		 165 aa  147  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.047861  decreased coverage  0.0000000741829 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0840  competence damage-inducible protein A  57.78 
 
 		 162 aa  147  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0987514  hitchhiker  0.00000024761 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2823  competence damage-inducible protein A  54.61 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0804324  hitchhiker  0.00000514203 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02550  competence damage-inducible protein A  54.61 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0989  CinA domain protein  54.61 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00650499  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3947  competence damage-inducible protein A  54.61 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.388392  normal  0.701681 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3175  competence damage-inducible protein A  49.68 
 
 		 166 aa  146  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.618843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3376  competence damage-inducible protein A  55.15 
 
 		 162 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3241  competence damage-inducible protein A  55.15 
 
 		 162 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.450801  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1012  competence damage-inducible protein A  54.61 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000218203 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02515  hypothetical protein  54.61 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0457216  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2836  competence damage-inducible protein A  54.61 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.193332  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2984  competence damage-inducible protein A  54.61 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0375437  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0343  CinA domain protein  69.09 
 
 		 189 aa  144  6e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.251569  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1285  CinA domain protein  63.43 
 
 		 165 aa  144  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0980  competence damage-inducible protein A  54.23 
 
 		 162 aa  143  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3016  CinA domain-containing protein  56.2 
 
 		 166 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.633216  hitchhiker  0.000000000145641 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00153  competence/damage-inducible protein CinA domain protein  53.5 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1870  CinA-like  52.05 
 
 		 203 aa  142  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3177  competence damage-inducible protein A  53.19 
 
 		 165 aa  142  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.266216  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3874  CinA, C-terminal  51.53 
 
 		 166 aa  142  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1377  CinA, C-terminal  58.65 
 
 		 192 aa  140  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.368331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1622  CinA-like  55.3 
 
 		 165 aa  140  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.371737  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1704  CinA domain protein  51.02 
 
 		 200 aa  140  9e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.28377  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0712  CinA domain protein  52.9 
 
 		 162 aa  140  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3262  CinA-like  51.85 
 
 		 170 aa  139  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1656  CinA domain-containing protein  55.88 
 
 		 165 aa  138  3.9999999999999997e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.329769  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1287  CinA-like  56.39 
 
 		 166 aa  137  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0995  competence damage-inducible protein A  47.09 
 
 		 172 aa  137  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108193  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1628  CinA domain-containing protein  56.39 
 
 		 160 aa  137  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3214  competence damage-inducible protein A  53.02 
 
 		 164 aa  135  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4031  CinA domain-containing protein  57.89 
 
 		 160 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306417  unclonable  0.0000000000000327829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1230  CinA domain-containing protein  56.39 
 
 		 160 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000000125807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4089  CinA domain-containing protein  56.39 
 
 		 160 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0985  competence/damage-inducible protein CinA  45.83 
 
 		 411 aa  135  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000422375  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0903  CinA domain protein  51.97 
 
 		 218 aa  135  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00227133 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5926  CinA domain-containing protein  55.24 
 
 		 166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17520  hypothetical protein  57.04 
 
 		 168 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1113  competence damage-inducible protein A  51.68 
 
 		 164 aa  135  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.383683  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2477  CinA domain protein  50 
 
 		 156 aa  135  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3382  competence-damaged protein CinA  49.29 
 
 		 165 aa  134  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000695427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1473  CinA domain protein  52.29 
 
 		 166 aa  134  7.000000000000001e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03514  hypothetical protein  50 
 
 		 160 aa  134  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2602  CinA domain-containing protein  53.24 
 
 		 163 aa  134  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03080  CinA-like protein  45.16 
 
 		 179 aa  134  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.25785  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0055  CinA domain-containing protein  52.05 
 
 		 162 aa  134  9e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3043  CinA domain protein  58.09 
 
 		 175 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1514  CinA domain-containing protein  54.61 
 
 		 167 aa  133  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002518  hypothetical protein  51.08 
 
 		 160 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3280  competence damage-inducible protein A  55.8 
 
 		 422 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.659727 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1522  hypothetical protein  56.3 
 
 		 168 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6535  CinA domain protein  54.55 
 
 		 166 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4307  CinA domain-containing protein  53.15 
 
 		 162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>