54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2078 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2078  hypothetical protein  100 
 
 		 149 aa  304  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2433  hypothetical protein  95.97 
 
 		 159 aa  293  5e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3262  hypothetical protein  95.97 
 
 		 191 aa  291  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190468  normal  0.461905 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21790  hypothetical protein  79.87 
 
 		 149 aa  246  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.676634  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5332  hypothetical protein  45 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486943  normal  0.0360239 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6616  hypothetical protein  45 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6212  hypothetical protein  45 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00619591 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5746  hypothetical protein  45 
 
 		 151 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.553676 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6688  hypothetical protein  45 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5845  hypothetical protein  45 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3576  hypothetical protein  45.24 
 
 		 143 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3790  hypothetical protein  44.05 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22271  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5990  hypothetical protein  45 
 
 		 151 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.558327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5009  hypothetical protein  42.86 
 
 		 145 aa  73.9  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3735  hypothetical protein  37.7 
 
 		 154 aa  71.2  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1502  hypothetical protein  32.52 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33580  hypothetical protein  30.77 
 
 		 156 aa  64.3  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1246  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  44.62 
 
 		 279 aa  63.9  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1639  hypothetical protein  45.33 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2752  hypothetical protein  33.33 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.0223502 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0205  hypothetical protein  34.15 
 
 		 152 aa  57  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2186  hypothetical protein  35.71 
 
 		 176 aa  57  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2092  hypothetical protein  35.71 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0568  hypothetical protein  36.63 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.119864 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1342  hypothetical protein  36.61 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0252295  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2967  hypothetical protein  30.7 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00967435  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1750  hypothetical protein  33.33 
 
 		 174 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0493  hypothetical protein  35.29 
 
 		 146 aa  51.2  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0917  hypothetical protein  34.52 
 
 		 152 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2981  hypothetical protein  33.82 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.789055  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0530  hypothetical protein  31.88 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.382149 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0545  hypothetical protein  31.88 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.336103  normal  0.0525174 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5272  hypothetical protein  28.57 
 
 		 161 aa  47  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7386  hypothetical protein  33.33 
 
 		 173 aa  47  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.280707 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3246  hypothetical protein  30.43 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000265  hypothetical protein  23.21 
 
 		 150 aa  46.2  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1396  hypothetical protein  40 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.293362 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4772  hypothetical protein  30.12 
 
 		 159 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.35022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4183  hypothetical protein  37.7 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2801  hypothetical protein  38.89 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1511  hypothetical protein  29.55 
 
 		 162 aa  43.9  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05635  hypothetical protein  23.21 
 
 		 150 aa  43.9  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6001  hypothetical protein  27.34 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2596  hypothetical protein  24.72 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.292698  normal  0.0948228 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2004  hypothetical protein  29.46 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.888626  normal  0.327416 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1727  hypothetical protein  26.55 
 
 		 175 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.388571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4212  hypothetical protein  33.33 
 
 		 127 aa  41.2  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5846  hypothetical protein  28.99 
 
 		 167 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2530  hypothetical protein  29.76 
 
 		 148 aa  41.2  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0495  hypothetical protein  26.52 
 
 		 178 aa  40.8  0.006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.336133 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1901  hypothetical protein  29.76 
 
 		 148 aa  40.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.451689  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1793  hypothetical protein  29.76 
 
 		 148 aa  40.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3123  hypothetical protein  26.51 
 
 		 163 aa  40.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5186  hypothetical protein  33.82 
 
 		 107 aa  40  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>