83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1728 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1728  ferredoxin  100 
 
 		 349 aa  709    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1580  ferredoxin  63.09 
 
 		 360 aa  439  9.999999999999999e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1733  ferredoxin  58.71 
 
 		 355 aa  418  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0101582  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1154  ferredoxin  51.52 
 
 		 356 aa  345  6e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.548936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1374  ferredoxin  46.91 
 
 		 355 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000222813  normal  0.259595 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0893  chlorosome envelope protein I  59.52 
 
 		 218 aa  216  5e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1172  chlorosome envelope protein I  60.14 
 
 		 145 aa  179  7e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0769  ferredoxin  48.12 
 
 		 221 aa  153  5e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0877  ferredoxin  49.34 
 
 		 236 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0765  ferredoxin  44.44 
 
 		 277 aa  139  7e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0772  ferredoxin  49.24 
 
 		 134 aa  139  7e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1691  hypothetical protein  51.15 
 
 		 134 aa  139  8.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000793596 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2149  ferredoxin  41.04 
 
 		 226 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0628  chlorosome envelope protein J  41.85 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0768  ferredoxin  40.24 
 
 		 226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1698  ferredoxin  39.05 
 
 		 226 aa  132  6.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000684927 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2148  ferredoxin  37.86 
 
 		 205 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1879  chlorosome envelope protein X  41.77 
 
 		 162 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0876  ferredoxin  37.43 
 
 		 222 aa  125  8.000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.931688  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0629  chlorosome envelope protein X  52.99 
 
 		 198 aa  123  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3311  molybdenum cofactor biosynthesis protein  47.33 
 
 		 135 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2674  putative cytoplasmic protein  42.97 
 
 		 135 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.119955 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0763  ferredoxin  41.03 
 
 		 228 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2617  hypothetical protein  38.93 
 
 		 140 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0665  hypothetical protein  39.06 
 
 		 134 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0649  hypothetical protein  38.28 
 
 		 134 aa  102  7e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2883  hypothetical protein  35.88 
 
 		 140 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2045  hypothetical protein  41.98 
 
 		 135 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3531  hypothetical protein  41.22 
 
 		 135 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0279  conserved hypothetical cytosolic protein  44.25 
 
 		 135 aa  94  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1934  hypothetical protein  39.69 
 
 		 135 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.896486 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2232  hypothetical protein  38.64 
 
 		 135 aa  93.6  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.843769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2632  hypothetical protein  39.69 
 
 		 152 aa  93.2  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534462  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1766  hypothetical protein  40.15 
 
 		 135 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.152358 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1296  ferredoxin  41.51 
 
 		 205 aa  90.9  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.543762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3027  hypothetical protein  39.53 
 
 		 135 aa  87  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.657165  normal  0.591839 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4395  molybdenum cofactor biosynthesis protein  35.4 
 
 		 134 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779204  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2730  molybdenum cofactor biosynthesis protein  31.93 
 
 		 145 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.137713 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2293  adenylate/guanylate cyclase  39.39 
 
 		 578 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0853444 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0315  adenylate/guanylate cyclase  43.02 
 
 		 580 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0665679  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0368  hypothetical protein  26.19 
 
 		 140 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03511  ferredoxin  46.03 
 
 		 120 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.395732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0730  ferredoxin  35.16 
 
 		 570 aa  50.8  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.281306  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3412  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  31.96 
 
 		 407 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0792891  normal  0.513538 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1384  ferredoxin  37.35 
 
 		 618 aa  47.4  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.809303  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0698  ferredoxin  39.39 
 
 		 144 aa  47.8  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000117119  normal  0.26661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3506  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  32.05 
 
 		 113 aa  47  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4368  hypothetical protein  28.8 
 
 		 147 aa  47  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.462239 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15350  ferredoxin  34.41 
 
 		 598 aa  46.6  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0479  ferredoxin  39.34 
 
 		 137 aa  46.2  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03411  ferredoxin  37.89 
 
 		 120 aa  46.2  0.0009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25350  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.93 
 
 		 407 aa  46.2  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3236  ferredoxin  39.34 
 
 		 97 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0839485 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0503  ferredoxin  39.34 
 
 		 98 aa  45.4  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2860  ferredoxin  39.34 
 
 		 97 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14640  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.9 
 
 		 407 aa  44.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.405931  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2165  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.9 
 
 		 407 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1438  vitamin B12 dependent methionine synthase, activation region  26.32 
 
 		 821 aa  45.1  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1786  ferredoxin  35.06 
 
 		 683 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262051 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03401  ferredoxin  34.74 
 
 		 120 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.22792  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0471  ferredoxin (2Fe-2S)  34.02 
 
 		 158 aa  45.1  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14800  ferredoxin (2Fe-2S)  30.67 
 
 		 112 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0322  ferredoxin-like  34.74 
 
 		 120 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1226  ferredoxin  34.92 
 
 		 694 aa  44.7  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.277788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1802  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  31.94 
 
 		 407 aa  44.3  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0589652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2758  hypothetical protein  26.52 
 
 		 154 aa  44.3  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000647849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0816  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  34.38 
 
 		 407 aa  44.3  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.709855  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4504  ferredoxin  46.94 
 
 		 102 aa  43.9  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.162196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1458  putative (2Fe-2S) ferredoxin  40.91 
 
 		 118 aa  43.5  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00507702 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3879  ferredoxin  31.03 
 
 		 616 aa  43.5  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1242  ferredoxin, 2Fe-2S type  28.21 
 
 		 113 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1091  ferredoxin  40 
 
 		 160 aa  43.1  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.661061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1428  ferredoxin, 2Fe-2S  28.21 
 
 		 113 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3169  ferredoxin  37.5 
 
 		 160 aa  43.5  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.404663  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2384  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  38.98 
 
 		 407 aa  43.1  0.007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1463  ferredoxin, 2Fe-2S type  33.82 
 
 		 111 aa  43.1  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0113872  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0286  ferredoxin  31.08 
 
 		 113 aa  43.1  0.007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3497  ferredoxin  39.34 
 
 		 98 aa  43.1  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3636  ferredoxin  43.4 
 
 		 98 aa  42.7  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.337263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1304  2Fe-2S ferredoxin  30.56 
 
 		 115 aa  42.7  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.228876  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1298  ferredoxin, 2Fe-2S  31.94 
 
 		 111 aa  42.7  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.579463  normal  0.0110849 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1027  ferredoxin  38.33 
 
 		 673 aa  42.7  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1600  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.61 
 
 		 407 aa  42.7  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00235477  normal  0.010966 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>