108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1786 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2766  hypothetical protein  56.77 
 
 		 673 aa  734    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1974  ferredoxin  54.27 
 
 		 679 aa  693    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.809947 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1226  ferredoxin  57.94 
 
 		 694 aa  777    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.277788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1409  ferredoxin  56.62 
 
 		 673 aa  731    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1027  ferredoxin  57.93 
 
 		 673 aa  750    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1786  ferredoxin  100 
 
 		 683 aa  1400    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262051 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1680  hypothetical protein  55.86 
 
 		 690 aa  738    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.688529  normal  0.21865 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0026  ferredoxin  37.94 
 
 		 647 aa  465  1e-129  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1193  ferredoxin  32.57 
 
 		 635 aa  344  2.9999999999999997e-93  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0345672 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0806  ferredoxin  31.06 
 
 		 642 aa  331  2e-89  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0376213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3310  ferredoxin  33.08 
 
 		 608 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000109718  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0999  ferredoxin  30.88 
 
 		 650 aa  318  3e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2795  ferredoxin  31.02 
 
 		 638 aa  317  7e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1042  ferredoxin  32.3 
 
 		 612 aa  316  9.999999999999999e-85  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.745403  normal  0.711049 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3201  ferredoxin  31.55 
 
 		 614 aa  313  4.999999999999999e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1273  ferredoxin  30.73 
 
 		 627 aa  312  1e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000139358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1465  ferredoxin  29.99 
 
 		 647 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0338  ferredoxin  30.62 
 
 		 622 aa  304  4.0000000000000003e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3879  ferredoxin  32.03 
 
 		 616 aa  302  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3100  ferredoxin  29.59 
 
 		 652 aa  294  4e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.647876  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2112  ferredoxin  30.76 
 
 		 612 aa  290  6e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4322  ferredoxin  31.72 
 
 		 611 aa  289  1e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1200  ferredoxin  29.96 
 
 		 635 aa  288  2.9999999999999996e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1438  vitamin B12 dependent methionine synthase, activation region  30.25 
 
 		 821 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2573  ferredoxin  31.08 
 
 		 615 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0601  ferredoxin  31.55 
 
 		 581 aa  284  5.000000000000001e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15350  ferredoxin  30.93 
 
 		 598 aa  278  2e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1384  ferredoxin  29.32 
 
 		 618 aa  274  5.000000000000001e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.809303  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0797  ferredoxin  29.12 
 
 		 657 aa  271  2e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.530799 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2787  ferredoxin  29.53 
 
 		 558 aa  261  3e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.978566  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0428  ferredoxin  29.65 
 
 		 605 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0873  ferredoxin  29.64 
 
 		 630 aa  258  2e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0639  ferredoxin  27.05 
 
 		 640 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_608  iron-sulfur cluster binding protein  27.55 
 
 		 640 aa  253  6e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0837  ferredoxin  27.33 
 
 		 592 aa  253  6e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.957001  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0670  iron-sulfur cluster binding protein  27.4 
 
 		 640 aa  253  8.000000000000001e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0704  iron-sulfur cluster binding protein  27.4 
 
 		 640 aa  253  8.000000000000001e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0078  ferredoxin  28.18 
 
 		 592 aa  249  1e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.483879  normal  0.0362162 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0730  ferredoxin  28.9 
 
 		 570 aa  249  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.281306  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3083  ferredoxin  31.08 
 
 		 529 aa  249  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.144069  hitchhiker  0.000849503 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1824  ferredoxin  27.71 
 
 		 592 aa  248  2e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1368  ferredoxin  29.11 
 
 		 615 aa  246  8e-64  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.348316 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0420  hypothetical protein  28.48 
 
 		 610 aa  241  2.9999999999999997e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3190  iron-sulfur cluster binding protein  31.69 
 
 		 521 aa  240  5.999999999999999e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1991  ferredoxin  26.6 
 
 		 644 aa  239  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.210098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1141  Fdx7  34.38 
 
 		 512 aa  239  1e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26170  uncharacterized metal-binding protein  29.76 
 
 		 606 aa  238  3e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.911751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0685  ferredoxin  28.46 
 
 		 627 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1265  ferredoxin  32.38 
 
 		 535 aa  230  5e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0649  hypothetical protein  31.57 
 
 		 612 aa  230  7e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.891312  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2206  ferredoxin  31.42 
 
 		 539 aa  224  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.81671  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1485  iron-sulfur cluster binding protein  29.43 
 
 		 537 aa  213  7.999999999999999e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4341  ferredoxin  33.1 
 
 		 549 aa  203  8e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2593  hypothetical protein  29.6 
 
 		 416 aa  167  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2906  hypothetical protein  27.88 
 
 		 424 aa  162  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.214584  normal  0.527616 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0608  hypothetical protein  27.74 
 
 		 426 aa  161  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.809638  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3848  hypothetical protein  28.34 
 
 		 427 aa  159  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1306  ferredoxin  26.71 
 
 		 538 aa  158  4e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.661025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3459  uncharacterized metal-binding protein-like protein  28.94 
 
 		 417 aa  152  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3525  uncharacterized metal-binding protein-like protein  28.77 
 
 		 417 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.467623 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0495  metal-binding protein  27.78 
 
 		 555 aa  133  9e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0377737  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2233  uncharacterized metal-binding protein  26.98 
 
 		 410 aa  120  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2745  ferredoxin  26.34 
 
 		 499 aa  106  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.168531  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2711  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  26.44 
 
 		 554 aa  93.6  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1370  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  24.15 
 
 		 540 aa  90.5  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1055  hypothetical protein  26.13 
 
 		 539 aa  85.5  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2035  ferredoxin  22.3 
 
 		 514 aa  84.7  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000915993  hitchhiker  0.000116196 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1398  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  24.47 
 
 		 685 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0840  hypothetical protein  24.41 
 
 		 540 aa  81.3  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3583  hypothetical protein  25.2 
 
 		 530 aa  80.9  0.00000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.395243  normal  0.0427775 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0672  hypothetical protein  24.39 
 
 		 541 aa  79.7  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.56816 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0809  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  24.18 
 
 		 535 aa  79.7  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2076  ferredoxin  24.94 
 
 		 534 aa  77.8  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.083 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1835  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  23.58 
 
 		 639 aa  68.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.745354  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0066  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  24.59 
 
 		 372 aa  55.1  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0598  ferredoxin  31.78 
 
 		 101 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0632  ferredoxin  32.41 
 
 		 101 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0623  ferredoxin  32.41 
 
 		 101 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179547  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0633  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit F  31.82 
 
 		 369 aa  52  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0441983  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1926  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  24.39 
 
 		 408 aa  52  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.300144  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0648  oxidoreductase FAD-binding subunit  29.55 
 
 		 365 aa  51.6  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1802  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  23.6 
 
 		 407 aa  51.6  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0589652  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12138  NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit  25.73 
 
 		 434 aa  50.4  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3636  ferredoxin  49.02 
 
 		 98 aa  50.4  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.337263 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4418  adenylate/guanylate cyclase  30.28 
 
 		 547 aa  50.4  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.9724  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25350  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30 
 
 		 407 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1733  ferredoxin  36.05 
 
 		 355 aa  49.3  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0101582  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0816  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.89 
 
 		 407 aa  50.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.709855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14640  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.78 
 
 		 407 aa  49.7  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.405931  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2384  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  25.31 
 
 		 407 aa  48.5  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3412  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  24.2 
 
 		 407 aa  48.5  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0792891  normal  0.513538 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2678  ferredoxin  29.41 
 
 		 104 aa  48.5  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0350247  normal  0.431777 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1716  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.78 
 
 		 408 aa  48.5  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0915983  normal  0.0536811 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0642  ferredoxin  30.56 
 
 		 101 aa  47.8  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.022084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2165  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.89 
 
 		 407 aa  47.8  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1574  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  25 
 
 		 410 aa  46.6  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.136104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2293  adenylate/guanylate cyclase  32.53 
 
 		 578 aa  46.6  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0853444 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1580  ferredoxin  38.27 
 
 		 360 aa  47  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0036  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  25 
 
 		 437 aa  47.4  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1600  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  26.67 
 
 		 407 aa  45.8  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00235477  normal  0.010966 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>