83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3044 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3044  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  100 
 
 		 167 aa  329  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.556672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38900  Outer membrane chaperone Skp  87.43 
 
 		 167 aa  298  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1110  Outer membrane chaperone Skp  82.63 
 
 		 167 aa  281  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.555167  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1543  outer membrane protein OmpH, putative  82.04 
 
 		 167 aa  280  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.767097  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4073  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  85.03 
 
 		 167 aa  273  6e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.158328 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1492  hypothetical protein  77.38 
 
 		 168 aa  266  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1155  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  85.03 
 
 		 167 aa  266  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17170  hypothetical protein  77.38 
 
 		 168 aa  266  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1352  Outer membrane protein (OmpH-like)  81.13 
 
 		 159 aa  266  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4177  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  84.43 
 
 		 167 aa  266  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.304502  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1600  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  84.43 
 
 		 167 aa  266  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2539  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.81 
 
 		 165 aa  88.6  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0572  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.34 
 
 		 167 aa  76.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494441  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2893  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.51 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000148222  normal  0.601214 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0666  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.156148  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1459  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.66 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000199693  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1454  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.66 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1490  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.66 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000751414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1445  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.93 
 
 		 172 aa  60.8  0.000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1279  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.39 
 
 		 165 aa  60.5  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000429908  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1488  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.52 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1277  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.7 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1562  OmpH family outer membrane protein  27.61 
 
 		 172 aa  58.2  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.341865  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2169  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.22 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.641637  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1854  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.67 
 
 		 176 aa  57.4  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1521  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.74 
 
 		 167 aa  57.4  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.854687 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1357  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.61 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0794  putative outer membrane protein  25.49 
 
 		 167 aa  56.6  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.31836 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1751  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.03 
 
 		 156 aa  54.7  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00167678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002755  outer membrane chaperone Skp (OmpH) precursor  25.48 
 
 		 169 aa  54.3  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.179008  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1168  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.04 
 
 		 174 aa  53.9  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0685935  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1638  outer membrane protein OmpH  28.07 
 
 		 168 aa  52.8  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0060  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  32.1 
 
 		 176 aa  52.4  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2806  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.07 
 
 		 165 aa  51.6  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000137224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2632  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.07 
 
 		 165 aa  51.6  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03228  hypothetical protein  24.2 
 
 		 166 aa  51.6  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2699  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.07 
 
 		 165 aa  51.6  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000309047  hitchhiker  0.00333472 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1842  outer membrane protein OmpH  24.68 
 
 		 169 aa  51.2  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00348927  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01382  outer membrane protein, OmpH family  27.22 
 
 		 171 aa  50.8  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00169633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2686  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.54 
 
 		 168 aa  50.8  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.327298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1442  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.61 
 
 		 175 aa  50.8  0.000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.219895  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0761  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  22.89 
 
 		 172 aa  50.4  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00282241  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1691  Outer membrane protein (OmpH-like)  28.06 
 
 		 175 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.84956  normal  0.195364 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3272  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  23.4 
 
 		 166 aa  50.4  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000377724  hitchhiker  0.00131424 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2446  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.06 
 
 		 175 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197703  hitchhiker  0.00284352 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1287  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.35 
 
 		 183 aa  50.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.850959  normal  0.698807 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2588  hypothetical protein  23.67 
 
 		 168 aa  50.4  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.92104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3152  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.79 
 
 		 164 aa  50.1  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000722219  normal  0.0243335 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1351  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.68 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0570  hypothetical protein  23.27 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0546  hypothetical protein  23.27 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0516  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.47 
 
 		 175 aa  48.9  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.547662 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1148  outer membrane protein OmpH  25.29 
 
 		 168 aa  48.9  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000604382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1563  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.2 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000425102  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2626  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  22.78 
 
 		 164 aa  48.1  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00178513  normal  0.905788 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2876  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25 
 
 		 165 aa  47.8  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195839  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2043  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.33 
 
 		 175 aa  47.8  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1912  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.33 
 
 		 175 aa  47.8  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.753095  normal  0.41157 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1389  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.64 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00584135  hitchhiker  0.00671366 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1767  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.56 
 
 		 168 aa  47  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.294291  normal  0.0229206 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3971  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  30.39 
 
 		 171 aa  45.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.0049551  normal  0.392772 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5320  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.25 
 
 		 165 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354278  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6067  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.77 
 
 		 165 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2030  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.77 
 
 		 175 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.306412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2010  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.77 
 
 		 165 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1266  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26 
 
 		 175 aa  45.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2418  outer membrane protein  22.22 
 
 		 171 aa  45.8  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0716  periplasmic chaperone  29.59 
 
 		 164 aa  45.4  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000710981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0817  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.57 
 
 		 178 aa  45.1  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.242751  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0405  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.41 
 
 		 211 aa  45.1  0.0005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.490313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1329  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.55 
 
 		 178 aa  45.1  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.918072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2230  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  21.89 
 
 		 179 aa  44.7  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1970  putative transmembrane protein  23.08 
 
 		 169 aa  44.3  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206116  normal  0.145392 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1444  outer membrane chaperone Skp  24.11 
 
 		 177 aa  43.9  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0659855  normal  0.0459599 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0247  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.64 
 
 		 216 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.590467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2843  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.64 
 
 		 178 aa  43.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1022  periplasmic chaperone  23.57 
 
 		 165 aa  42.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0216507  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1075  periplasmic chaperone  23.57 
 
 		 165 aa  42.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000246284  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0536  periplasmic chaperone  23.27 
 
 		 165 aa  42.4  0.003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.201411  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3426  periplasmic chaperone  23.57 
 
 		 165 aa  42.7  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000698403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1832  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.68 
 
 		 175 aa  42  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1872  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.11 
 
 		 175 aa  42  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0481618  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1413  hypothetical protein  23.87 
 
 		 184 aa  41.6  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.265022 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>