39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0503 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0503  gamma-butyrobetaine hydroxylase  100 
 
 		 395 aa  808    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5234  gamma-butyrobetaine hydroxylase  70.21 
 
 		 387 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0241569 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5237  gamma-butyrobetaine dioxygenase  59.34 
 
 		 403 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5047  gamma-butyrobetaine dioxygenase  58.82 
 
 		 401 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.797229  normal  0.931237 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3320  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  58.82 
 
 		 401 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.719105  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4975  gamma-butyrobetaine dioxygenase  59.74 
 
 		 398 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0616  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  59.23 
 
 		 398 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4455  gamma-butyrobetaine dioxygenase  59.74 
 
 		 398 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.63153 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3171  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  42.71 
 
 		 431 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2770  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  41.99 
 
 		 408 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.708275  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0052  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  40.33 
 
 		 402 aa  260  4e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.543407 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4369  Gamma-butyrobetaine dioxygenase  39.64 
 
 		 424 aa  253  5.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.150336  normal  0.374908 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2006  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  33.07 
 
 		 382 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46425  Trimethyllysine dioxygenase (Epsilon-trimethyllysine 2-oxoglutarate dioxygenase) (TML-alpha-ketoglutarate dioxygenase) (TML hydroxylase) (TML dioxygenase) (TMLD)  28.61 
 
 		 400 aa  181  1e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0333  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  32.69 
 
 		 382 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.561528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2344  gamma-butyrobetaine dioxygenase  30.58 
 
 		 371 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2204  trimethyllysine dioxygenase  29.4 
 
 		 371 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.20714  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3411  gamma butyrobetaine hydroxylase protein  32.18 
 
 		 398 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0540  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  31.83 
 
 		 407 aa  157  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_33061  Gamma-butyrobetaine dioxygenase (Gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase) (Gamma-butyrobetaine hydroxylase) (Gamma-BBH)  28.96 
 
 		 453 aa  150  3e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.563607 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2451  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  29.17 
 
 		 371 aa  147  3e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10527  trimethyllysine dioxygenase TmlH, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06180)  27.73 
 
 		 519 aa  138  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.931626  normal  0.101484 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1569  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  31.68 
 
 		 382 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0070  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  31.41 
 
 		 382 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0635753  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1481  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  31.41 
 
 		 382 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.758903  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07568  Gamma-butyrobetaine hydroxylase subfamily, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14970)  26.95 
 
 		 555 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.516826  normal  0.240126 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02980  mitochondrion protein, putative  28.29 
 
 		 447 aa  126  5e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.455571  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03910  mitochondrion protein, putative  26.23 
 
 		 575 aa  97.8  3e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0693  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  27.63 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.358626 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_41243  predicted protein  30.14 
 
 		 549 aa  88.2  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49480  predicted protein  32.43 
 
 		 486 aa  61.6  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1283  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  27.88 
 
 		 250 aa  53.9  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.892745  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3224  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  23.88 
 
 		 284 aa  45.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2200  pyoverdine chromophore biosynthetic protein PvcB  25.12 
 
 		 299 aa  44.7  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.744503  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1224  pyoverdine chromophore biosynthetic protein PvcB  25.12 
 
 		 299 aa  44.7  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.738229  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0938  pyoverdine chromophore biosynthetic protein PvcB  25.12 
 
 		 299 aa  44.7  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1923  pyoverdine chromophore biosynthetic protein PvcB  25.12 
 
 		 299 aa  44.7  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0704  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  21.92 
 
 		 287 aa  44.3  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.211449 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0319  pyoverdine biosynthesis protein PvcB  24.76 
 
 		 304 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>