37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0052 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0052  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  100 
 
 
402 aa  835    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.543407 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2006  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  40.68 
 
 
382 aa  272  9e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5234  gamma-butyrobetaine hydroxylase  40.98 
 
 
387 aa  265  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0241569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0503  gamma-butyrobetaine hydroxylase  40.33 
 
 
395 aa  260  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2770  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  40.32 
 
 
408 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.708275  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5237  gamma-butyrobetaine dioxygenase  39.34 
 
 
403 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5047  gamma-butyrobetaine dioxygenase  39.34 
 
 
401 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.797229  normal  0.931237 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3320  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  39.34 
 
 
401 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.719105  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4975  gamma-butyrobetaine dioxygenase  39.64 
 
 
398 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268586  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4369  Gamma-butyrobetaine dioxygenase  39.95 
 
 
424 aa  242  7.999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.150336  normal  0.374908 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0616  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  39.95 
 
 
398 aa  239  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626893  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4455  gamma-butyrobetaine dioxygenase  40.05 
 
 
398 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.63153 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3171  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  35.32 
 
 
431 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2204  trimethyllysine dioxygenase  31.56 
 
 
371 aa  187  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.20714  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0333  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  32.45 
 
 
382 aa  179  7e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.561528  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2344  gamma-butyrobetaine dioxygenase  30.94 
 
 
371 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0540  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  32.35 
 
 
407 aa  171  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07568  Gamma-butyrobetaine hydroxylase subfamily, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14970)  30.77 
 
 
555 aa  150  5e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.516826  normal  0.240126 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46425  Trimethyllysine dioxygenase (Epsilon-trimethyllysine 2-oxoglutarate dioxygenase) (TML-alpha-ketoglutarate dioxygenase) (TML hydroxylase) (TML dioxygenase) (TMLD)  26.08 
 
 
400 aa  147  3e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02980  mitochondrion protein, putative  27.48 
 
 
447 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.455571  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3411  gamma butyrobetaine hydroxylase protein  31.9 
 
 
398 aa  133  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2451  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  27.32 
 
 
371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_33061  Gamma-butyrobetaine dioxygenase (Gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase) (Gamma-butyrobetaine hydroxylase) (Gamma-BBH)  25.34 
 
 
453 aa  125  1e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.563607 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1569  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  29.43 
 
 
382 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10527  trimethyllysine dioxygenase TmlH, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06180)  27.55 
 
 
519 aa  125  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.931626  normal  0.101484 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1481  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  29.43 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.758903  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0070  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  29.43 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0635753  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03910  mitochondrion protein, putative  31.77 
 
 
575 aa  113  5e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_41243  predicted protein  29.95 
 
 
549 aa  98.6  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0693  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  28.26 
 
 
328 aa  84.3  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.358626 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49480  predicted protein  27.69 
 
 
486 aa  65.5  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3224  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  23.32 
 
 
284 aa  53.1  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2614  dioxygenase, TauD/TfdA family  23.62 
 
 
279 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0065019  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2354  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  21.51 
 
 
279 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.184616  normal  0.202809 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0704  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  21.5 
 
 
287 aa  48.9  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.211449 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5179  hypothetical protein  26.8 
 
 
262 aa  45.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1283  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  25.33 
 
 
250 aa  43.1  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.892745  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>