32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4455 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4455  gamma-butyrobetaine dioxygenase  100 
 
 		 398 aa  801    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.63153 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4975  gamma-butyrobetaine dioxygenase  96.98 
 
 		 398 aa  759    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5237  gamma-butyrobetaine dioxygenase  94.33 
 
 		 403 aa  729    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0616  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  94.22 
 
 		 398 aa  729    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5047  gamma-butyrobetaine dioxygenase  94.07 
 
 		 401 aa  725    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.797229  normal  0.931237 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3320  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  94.07 
 
 		 401 aa  725    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.719105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0503  gamma-butyrobetaine hydroxylase  59.74 
 
 		 395 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5234  gamma-butyrobetaine hydroxylase  57.96 
 
 		 387 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0241569 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3171  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  42.16 
 
 		 431 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2770  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  41.39 
 
 		 408 aa  270  5e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.708275  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0052  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  40.05 
 
 		 402 aa  251  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.543407 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4369  Gamma-butyrobetaine dioxygenase  41.07 
 
 		 424 aa  249  6e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.150336  normal  0.374908 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2006  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  33.61 
 
 		 382 aa  215  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0540  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  37.04 
 
 		 407 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46425  Trimethyllysine dioxygenase (Epsilon-trimethyllysine 2-oxoglutarate dioxygenase) (TML-alpha-ketoglutarate dioxygenase) (TML hydroxylase) (TML dioxygenase) (TMLD)  27.05 
 
 		 400 aa  179  8e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0333  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  31.77 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.561528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2451  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  29.05 
 
 		 371 aa  150  4e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2204  trimethyllysine dioxygenase  27.99 
 
 		 371 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.20714  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2344  gamma-butyrobetaine dioxygenase  28.14 
 
 		 371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07568  Gamma-butyrobetaine hydroxylase subfamily, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14970)  30.19 
 
 		 555 aa  145  1e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.516826  normal  0.240126 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3411  gamma butyrobetaine hydroxylase protein  30.61 
 
 		 398 aa  142  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF02980  mitochondrion protein, putative  27.78 
 
 		 447 aa  129  6e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.455571  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_33061  Gamma-butyrobetaine dioxygenase (Gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase) (Gamma-butyrobetaine hydroxylase) (Gamma-BBH)  24.61 
 
 		 453 aa  127  3e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.563607 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10527  trimethyllysine dioxygenase TmlH, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06180)  27.53 
 
 		 519 aa  124  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.931626  normal  0.101484 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1569  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  30.33 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1481  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  30.05 
 
 		 382 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.758903  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0070  putative gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  30.05 
 
 		 382 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0635753  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03910  mitochondrion protein, putative  30.26 
 
 		 575 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0693  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  28.81 
 
 		 328 aa  98.2  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.358626 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_41243  predicted protein  32.2 
 
 		 549 aa  92  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49480  predicted protein  24.63 
 
 		 486 aa  62.8  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0049  hypothetical protein  29.37 
 
 		 144 aa  50.8  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>