More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3256 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3256  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  100 
 
 
309 aa  625  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334656  normal  0.0657335 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3216  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  79.87 
 
 
309 aa  500  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.969854  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4518  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.15 
 
 
308 aa  307  2.0000000000000002e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.431597  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2161  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.93 
 
 
299 aa  186  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00387864 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.03 
 
 
296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  34.47 
 
 
296 aa  179  8e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.08 
 
 
297 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1087  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.21 
 
 
292 aa  172  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4151  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.21 
 
 
292 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3339  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  38.87 
 
 
284 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384515 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.77 
 
 
309 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  33.78 
 
 
296 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  33.78 
 
 
296 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  33.78 
 
 
296 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  33.78 
 
 
296 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  33.78 
 
 
296 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  34.12 
 
 
294 aa  169  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  34.12 
 
 
294 aa  169  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  34.12 
 
 
294 aa  169  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  34.12 
 
 
294 aa  169  8e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  34.12 
 
 
294 aa  169  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  34.12 
 
 
296 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.12 
 
 
296 aa  168  9e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  34.12 
 
 
296 aa  168  9e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  34.12 
 
 
296 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1040  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.86 
 
 
292 aa  168  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.821044  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3784  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  32.14 
 
 
293 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3799  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase; 6-phosphogluconate dehydrogenase  32.14 
 
 
293 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4063  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.14 
 
 
293 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4173  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  31.79 
 
 
292 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000525805  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1000  3-hydroxyacid dehydrogenase family protein  33.33 
 
 
292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4109  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.55 
 
 
292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2391  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  38.14 
 
 
291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.633873  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2554  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  38.14 
 
 
291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0333948  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.98 
 
 
292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4459  NADP oxidoreductase  35.89 
 
 
291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00439637  normal  0.0523521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2461  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding protein  37.46 
 
 
291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.243113  hitchhiker  0.00729445 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.64 
 
 
305 aa  162  6e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2771  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.32 
 
 
291 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0351  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  33.57 
 
 
287 aa  161  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3871  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  32.5 
 
 
292 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.92 
 
 
283 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0115  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.63 
 
 
289 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35.62 
 
 
303 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1800  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  36.61 
 
 
288 aa  159  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1764  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.21 
 
 
291 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.113165  normal  0.438738 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1721  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.21 
 
 
291 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00783731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2568  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.86 
 
 
291 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.138617  hitchhiker  0.00176659 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1724  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.27 
 
 
291 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  35.14 
 
 
294 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2072  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.05 
 
 
299 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3567  tartronate semialdehyde reductase  34.46 
 
 
296 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.795052 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1587  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.55 
 
 
291 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.169784  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.59 
 
 
303 aa  156  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2821  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.59 
 
 
289 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0331  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.85 
 
 
287 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-16 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0924  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  32.26 
 
 
288 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1565  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  34.74 
 
 
289 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0110792  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.97 
 
 
303 aa  155  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1500  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.78 
 
 
299 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.56 
 
 
300 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.69 
 
 
292 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1934  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.18 
 
 
294 aa  154  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1933  oxidoreductase protein  34.74 
 
 
290 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.508408  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1304  6-phosphogluconate dehydrogenase  34.88 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.305103  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  35.47 
 
 
294 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2239  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.95 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2233  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.38 
 
 
294 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3393  tartronate semialdehyde reductase  34.8 
 
 
294 aa  153  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2175  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.63 
 
 
290 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00502561  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0943  putative oxidoreductase  35.03 
 
 
291 aa  152  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.369479  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2429  oxidoreductase protein  35.91 
 
 
298 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0950  oxidoreductase, putative  35.03 
 
 
291 aa  152  5e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2944  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.49 
 
 
309 aa  152  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.541427 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05191  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  33.21 
 
 
292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2701  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.94 
 
 
292 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4815  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.2 
 
 
302 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3294  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.98 
 
 
286 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.738468  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1595  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.09 
 
 
289 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641572  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2741  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  33.61 
 
 
292 aa  150  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0379773  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3011  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  33.21 
 
 
287 aa  150  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000101253  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2693  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.03 
 
 
294 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0236  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  33.45 
 
 
284 aa  149  4e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355607  normal  0.156106 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1907  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 
301 aa  149  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00339906  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2927  tartronate semialdehyde reductase  34.92 
 
 
299 aa  149  6e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.378474 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1318  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.25 
 
 
291 aa  149  7e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.676438  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  34.66 
 
 
286 aa  149  7e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1968  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  32.17 
 
 
298 aa  149  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1371  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.11 
 
 
307 aa  149  8e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.506801  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1917  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.01 
 
 
298 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.036098  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3944  NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent:6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  32.75 
 
 
291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0588  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.4 
 
 
287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  31.63 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2007  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein  32.29 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1609  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  33.79 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000179577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2309  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.4 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3356  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.49 
 
 
286 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0320622 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1353  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  32.51 
 
 
290 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478456  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2775  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.51 
 
 
288 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0544737  normal  0.212315 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1503  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.36 
 
 
291 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.385967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>