43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1106 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1106  rRNA biogenesis protein Nop56/Nop58  100 
 
 		 416 aa  820    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1726  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein  85.08 
 
 		 420 aa  610  1e-173  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0289991  hitchhiker  0.000329724 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1378  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  82.2 
 
 		 422 aa  599  1e-170  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00034062  hitchhiker  0.0041241 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0402  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  82.25 
 
 		 420 aa  597  1e-170  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.143885 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1284  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  59.1 
 
 		 402 aa  400  9.999999999999999e-111  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000448185 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0376  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  50.99 
 
 		 412 aa  370  1e-101  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.599925  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1722  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  47.72 
 
 		 409 aa  343  4e-93  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1915  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  48.29 
 
 		 411 aa  305  9.000000000000001e-82  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.584841  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1618  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  42.51 
 
 		 485 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0296  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  42.47 
 
 		 484 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0760  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  40.85 
 
 		 493 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.526132  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1468  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  39 
 
 		 490 aa  234  3e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.665023  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1010  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  45.59 
 
 		 480 aa  233  6e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_50302  predicted protein  35.9 
 
 		 471 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.444988 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03167  Nucleolar protein 58 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B8G3]  38.69 
 
 		 586 aa  207  4e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03320  small nuclear ribonucleoprotein, putative  38.59 
 
 		 584 aa  204  2e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_72477  part of small (ribosomal) subunit (SSU) processosome; U3 snoRNP protein  40.64 
 
 		 515 aa  203  5e-51  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.158216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1391  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein  37.26 
 
 		 470 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10352  pre-rRNA processing nucleolar protein Sik1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G09600)  38.4 
 
 		 510 aa  201  3e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.92374 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00090  rRNA modification-related protein, putative  36.15 
 
 		 568 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0365741  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68812  nucleolar protein involved in pre- rRNA processing  38.02 
 
 		 499 aa  197  4.0000000000000005e-49  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.116382  normal  0.0643077 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1562  rRNA biogenesis protein Nop56/Nop58  39.13 
 
 		 354 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.001188  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_19552  predicted protein  38.54 
 
 		 529 aa  194  2e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30396  predicted protein  39.53 
 
 		 474 aa  191  2e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0805  rRNA biogenesis protein Nop56/Nop58  36.64 
 
 		 336 aa  178  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_18579  predicted protein  35.91 
 
 		 510 aa  173  3.9999999999999995e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.445158  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0541  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  31.19 
 
 		 286 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0672918  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0109  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  57.89 
 
 		 262 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.380556  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0516  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  30.27 
 
 		 289 aa  124  4e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1637  hypothetical protein  31.6 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2237  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  42.33 
 
 		 279 aa  120  6e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.881727 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0407  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  31.34 
 
 		 299 aa  117  6e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.033854  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2745  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  31.45 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0693  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  33.06 
 
 		 321 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.874569  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0831  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  35.38 
 
 		 285 aa  114  3e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2086  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  32.26 
 
 		 295 aa  113  6e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1041  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  31.97 
 
 		 287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_94220  predicted protein  29.44 
 
 		 393 aa  99.8  9e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB05520  conserved hypothetical protein  31.43 
 
 		 553 aa  95.5  1e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.00050956  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2265  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  42.31 
 
 		 295 aa  90.5  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.310943  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01260  pre-mRNA splicing factor (Prp31), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G10190)  25.94 
 
 		 521 aa  85.1  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0917143 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43576  predicted protein  28.51 
 
 		 483 aa  81.6  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.389982  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46989  splicing factor  26.44 
 
 		 544 aa  62.8  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.192868  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>