43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0541 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_0541  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  100 
 
 		 286 aa  577  1e-164  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0672918  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2745  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  60 
 
 		 287 aa  338  7e-92  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0516  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  60.56 
 
 		 289 aa  335  3.9999999999999995e-91  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1637  hypothetical protein  53.26 
 
 		 295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1562  rRNA biogenesis protein Nop56/Nop58  33.99 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.001188  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2265  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  36.24 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.310943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0376  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  36.98 
 
 		 412 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.599925  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1722  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  34.18 
 
 		 409 aa  150  2e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0407  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  36.97 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.033854  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0805  rRNA biogenesis protein Nop56/Nop58  31.39 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2086  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  36.93 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0296  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  28.1 
 
 		 484 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0693  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  38.65 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.874569  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2237  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  36.9 
 
 		 279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.881727 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1468  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  28.94 
 
 		 490 aa  139  7e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.665023  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1010  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  28.47 
 
 		 480 aa  139  7e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1041  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  36.36 
 
 		 287 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1618  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  27.74 
 
 		 485 aa  135  5e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1915  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  36.36 
 
 		 411 aa  135  8e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.584841  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0760  C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit  31.2 
 
 		 493 aa  133  3e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.526132  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0831  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  40.77 
 
 		 285 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1391  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein  33.89 
 
 		 470 aa  132  6e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0109  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding domain protein  34.41 
 
 		 262 aa  123  3e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.380556  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0402  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  29.96 
 
 		 420 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.143885 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1378  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  31.28 
 
 		 422 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00034062  hitchhiker  0.0041241 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1106  rRNA biogenesis protein Nop56/Nop58  29.09 
 
 		 416 aa  112  7.000000000000001e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30396  predicted protein  29.63 
 
 		 474 aa  112  8.000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1726  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein  31.28 
 
 		 420 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0289991  hitchhiker  0.000329724 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00090  rRNA modification-related protein, putative  28.85 
 
 		 568 aa  110  3e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0365741  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68812  nucleolar protein involved in pre- rRNA processing  27.67 
 
 		 499 aa  108  1e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.116382  normal  0.0643077 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_19552  predicted protein  29.24 
 
 		 529 aa  107  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1284  Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region  31.14 
 
 		 402 aa  105  9e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000448185 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03320  small nuclear ribonucleoprotein, putative  28.4 
 
 		 584 aa  103  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03167  Nucleolar protein 58 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B8G3]  30.47 
 
 		 586 aa  104  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_18579  predicted protein  30.83 
 
 		 510 aa  103  4e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.445158  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10352  pre-rRNA processing nucleolar protein Sik1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G09600)  29.91 
 
 		 510 aa  102  5e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.92374 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_50302  predicted protein  28.46 
 
 		 471 aa  101  1e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.444988 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_72477  part of small (ribosomal) subunit (SSU) processosome; U3 snoRNP protein  27.4 
 
 		 515 aa  89.4  6e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.158216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43576  predicted protein  37.5 
 
 		 483 aa  71.6  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.389982  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB05520  conserved hypothetical protein  34.56 
 
 		 553 aa  68.9  0.0000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.00050956  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_94220  predicted protein  32.28 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01260  pre-mRNA splicing factor (Prp31), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G10190)  26.45 
 
 		 521 aa  60.8  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0917143 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46989  splicing factor  25 
 
 		 544 aa  43.5  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.192868  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>