More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3062 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
352 aa  726    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59.77 
 
 
358 aa  428  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.01 
 
 
366 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.06 
 
 
360 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.16 
 
 
360 aa  353  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.33 
 
 
361 aa  353  4e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.86 
 
 
372 aa  349  3e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.86 
 
 
353 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.71 
 
 
359 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.02 
 
 
358 aa  342  7e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 
358 aa  338  9e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.31 
 
 
361 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.31 
 
 
361 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.31 
 
 
357 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.8 
 
 
364 aa  331  1e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.69 
 
 
359 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.69 
 
 
359 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.69 
 
 
359 aa  329  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.03 
 
 
361 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.93 
 
 
356 aa  328  7e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.57 
 
 
354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.4 
 
 
359 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  47.14 
 
 
361 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.4 
 
 
359 aa  327  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.7 
 
 
362 aa  324  1e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.45 
 
 
391 aa  324  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.98 
 
 
357 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.03 
 
 
357 aa  324  2e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.43 
 
 
361 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  48.77 
 
 
357 aa  322  8e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.3 
 
 
358 aa  322  9.000000000000001e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.05 
 
 
360 aa  321  9.000000000000001e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.58 
 
 
362 aa  320  1.9999999999999998e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.31 
 
 
367 aa  318  6e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.35 
 
 
358 aa  318  6e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.41 
 
 
357 aa  317  2e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.81 
 
 
363 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.81 
 
 
363 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.41 
 
 
354 aa  315  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.97 
 
 
367 aa  315  8e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.02 
 
 
366 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.7 
 
 
355 aa  312  5.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.28 
 
 
372 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.06 
 
 
386 aa  311  1e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.5 
 
 
386 aa  310  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.01 
 
 
365 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.81 
 
 
367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.43 
 
 
362 aa  309  4e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.89 
 
 
362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.89 
 
 
362 aa  305  7e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.69 
 
 
368 aa  305  9.000000000000001e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.3 
 
 
366 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49 
 
 
366 aa  303  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.18 
 
 
365 aa  302  6.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.62 
 
 
357 aa  301  8.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.68 
 
 
379 aa  298  7e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.41 
 
 
351 aa  297  2e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.43 
 
 
358 aa  296  3e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.41 
 
 
351 aa  295  1e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.12 
 
 
351 aa  290  2e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.49 
 
 
365 aa  289  5.0000000000000004e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.85 
 
 
364 aa  288  7e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.83 
 
 
351 aa  288  1e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.3 
 
 
367 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.38 
 
 
371 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.04 
 
 
371 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.69 
 
 
364 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.93 
 
 
366 aa  281  1e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.42 
 
 
368 aa  281  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.81 
 
 
353 aa  280  3e-74  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.82 
 
 
368 aa  278  8e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.07 
 
 
369 aa  276  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.57 
 
 
395 aa  271  1e-71  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  42.43 
 
 
368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.32 
 
 
357 aa  243  3e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
331 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 
324 aa  149  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
331 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
329 aa  112  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
413 aa  103  6e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
411 aa  100  5e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.49 
 
 
350 aa  98.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.64 
 
 
327 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.79 
 
 
350 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.36 
 
 
328 aa  91.3  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.97 
 
 
340 aa  89.4  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.75 
 
 
325 aa  88.6  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.94 
 
 
339 aa  88.2  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1911  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.48 
 
 
355 aa  87.8  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0259449 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
330 aa  87.8  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.33 
 
 
356 aa  87.4  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.57 
 
 
362 aa  87.4  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1889  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.71 
 
 
345 aa  87  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0868281  hitchhiker  0.00930049 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.16 
 
 
334 aa  86.7  6e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.4 
 
 
349 aa  86.7  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.53 
 
 
322 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.41 
 
 
312 aa  86.3  7e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25 
 
 
323 aa  86.3  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.69 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>