More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_1258 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
364 aa  718    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.94 
 
 
357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.94 
 
 
361 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.94 
 
 
361 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 
363 aa  349  6e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 
363 aa  349  6e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  54.36 
 
 
357 aa  347  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.42 
 
 
362 aa  346  4e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48 
 
 
391 aa  345  8.999999999999999e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48 
 
 
357 aa  344  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.01 
 
 
357 aa  344  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.7 
 
 
359 aa  341  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.7 
 
 
359 aa  342  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.7 
 
 
359 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.7 
 
 
359 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.42 
 
 
359 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.47 
 
 
369 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.4 
 
 
357 aa  339  4e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  53.89 
 
 
368 aa  339  5e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.71 
 
 
372 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.9 
 
 
361 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51 
 
 
358 aa  335  1e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.71 
 
 
358 aa  334  1e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.94 
 
 
368 aa  335  1e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.79 
 
 
356 aa  332  7.000000000000001e-90  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.04 
 
 
366 aa  331  1e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.3 
 
 
365 aa  331  1e-89  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.72 
 
 
366 aa  330  2e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.44 
 
 
364 aa  329  4e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.92 
 
 
362 aa  328  7e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.93 
 
 
358 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.38 
 
 
371 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.43 
 
 
367 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.63 
 
 
362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 
353 aa  325  5e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.97 
 
 
358 aa  325  8.000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.43 
 
 
367 aa  324  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.68 
 
 
357 aa  322  5e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.99 
 
 
358 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.29 
 
 
359 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.72 
 
 
372 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.3 
 
 
361 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.2 
 
 
358 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.77 
 
 
362 aa  317  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
355 aa  314  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.87 
 
 
353 aa  313  3.9999999999999997e-84  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.74 
 
 
366 aa  310  2e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.18 
 
 
365 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.97 
 
 
351 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.78 
 
 
360 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.69 
 
 
352 aa  309  5e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.72 
 
 
367 aa  308  8e-83  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  43.42 
 
 
361 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.09 
 
 
364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.14 
 
 
368 aa  307  2.0000000000000002e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.39 
 
 
351 aa  306  3e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.61 
 
 
367 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.59 
 
 
366 aa  306  5.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.78 
 
 
386 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.73 
 
 
365 aa  303  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.76 
 
 
386 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.7 
 
 
360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.73 
 
 
362 aa  302  5.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.53 
 
 
371 aa  301  8.000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.02 
 
 
351 aa  301  1e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.73 
 
 
360 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.86 
 
 
354 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.84 
 
 
354 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.3 
 
 
368 aa  299  5e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.61 
 
 
351 aa  298  1e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.99 
 
 
366 aa  289  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.77 
 
 
379 aa  288  1e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.8 
 
 
361 aa  266  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.81 
 
 
395 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.89 
 
 
357 aa  231  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
324 aa  159  9e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
331 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
406 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.15 
 
 
325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.08 
 
 
328 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
411 aa  108  2e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.19 
 
 
336 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  28.02 
 
 
337 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  28.02 
 
 
337 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  28.02 
 
 
337 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  28.02 
 
 
337 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  28.02 
 
 
337 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  28.02 
 
 
337 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  28.02 
 
 
337 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.77 
 
 
336 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
329 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
323 aa  100  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
364 aa  99.8  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.848002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.87 
 
 
355 aa  99  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.93 
 
 
336 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
319 aa  99  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.57 
 
 
341 aa  98.2  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.23 
 
 
336 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>