More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3658 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
363 aa  737    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
363 aa  737    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.5 
 
 
357 aa  380  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.67 
 
 
353 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.81 
 
 
357 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.01 
 
 
362 aa  373  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.81 
 
 
361 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.81 
 
 
361 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.96 
 
 
361 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.81 
 
 
358 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.38 
 
 
364 aa  365  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.64 
 
 
358 aa  363  3e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.78 
 
 
357 aa  361  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.78 
 
 
391 aa  360  2e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.62 
 
 
357 aa  360  2e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.79 
 
 
361 aa  358  7e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  54.86 
 
 
357 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.19 
 
 
358 aa  356  2.9999999999999997e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.27 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.42 
 
 
372 aa  353  4e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.42 
 
 
357 aa  349  5e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.65 
 
 
372 aa  349  5e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.26 
 
 
359 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.55 
 
 
359 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.26 
 
 
359 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.41 
 
 
368 aa  346  3e-94  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.26 
 
 
359 aa  346  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.96 
 
 
359 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.82 
 
 
367 aa  343  2e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.25 
 
 
360 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.7 
 
 
362 aa  338  5.9999999999999996e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.94 
 
 
362 aa  338  8e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.16 
 
 
371 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  49.42 
 
 
361 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.26 
 
 
355 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.66 
 
 
362 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.96 
 
 
364 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
365 aa  336  3.9999999999999995e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.31 
 
 
366 aa  335  5e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.47 
 
 
358 aa  332  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.78 
 
 
358 aa  328  8e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.85 
 
 
367 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.68 
 
 
368 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.94 
 
 
371 aa  326  3e-88  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.34 
 
 
360 aa  325  7e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.95 
 
 
358 aa  322  7e-87  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.56 
 
 
368 aa  322  7e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.48 
 
 
366 aa  319  6e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.04 
 
 
352 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.61 
 
 
353 aa  317  2e-85  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.89 
 
 
359 aa  317  2e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  49.7 
 
 
368 aa  315  8e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.2 
 
 
386 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.59 
 
 
351 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.58 
 
 
362 aa  312  4.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.67 
 
 
365 aa  311  9e-84  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.08 
 
 
369 aa  311  9e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.14 
 
 
360 aa  311  9e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.88 
 
 
351 aa  311  9e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.47 
 
 
386 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.74 
 
 
351 aa  309  4e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.89 
 
 
351 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.2 
 
 
364 aa  306  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.94 
 
 
366 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.11 
 
 
366 aa  302  5.000000000000001e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.76 
 
 
367 aa  302  7.000000000000001e-81  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.4 
 
 
367 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.1 
 
 
366 aa  301  1e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.03 
 
 
379 aa  300  4e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.86 
 
 
365 aa  298  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.14 
 
 
361 aa  296  5e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.32 
 
 
354 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.32 
 
 
354 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.86 
 
 
395 aa  278  9e-74  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.87 
 
 
357 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
331 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.24 
 
 
406 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.43 
 
 
324 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 
331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
413 aa  103  7e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
411 aa  100  3e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
329 aa  94.7  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
417 aa  93.2  7e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.61 
 
 
340 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.215848 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.86 
 
 
356 aa  89.7  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.11 
 
 
336 aa  87.8  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.8 
 
 
336 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
328 aa  88.2  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.47 
 
 
323 aa  87  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0304  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.13 
 
 
317 aa  85.9  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.41 
 
 
351 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.8 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.53 
 
 
323 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.99 
 
 
312 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.43 
 
 
325 aa  85.1  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.84 
 
 
322 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.18 
 
 
340 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00817913  normal  0.680282 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
334 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08571  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  24.86 
 
 
358 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591053 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.82 
 
 
322 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>