More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2888 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  85.29 
 
 
369 aa  656    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
368 aa  761    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  72.63 
 
 
371 aa  555  1e-157  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  66.76 
 
 
368 aa  497  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  58.15 
 
 
365 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.7 
 
 
371 aa  397  1e-109  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.82 
 
 
366 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.42 
 
 
367 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.45 
 
 
366 aa  371  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.76 
 
 
362 aa  331  1e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.44 
 
 
358 aa  330  2e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.94 
 
 
357 aa  328  6e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.94 
 
 
391 aa  328  9e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.93 
 
 
356 aa  327  2.0000000000000001e-88  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.21 
 
 
365 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.56 
 
 
363 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.56 
 
 
363 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.8 
 
 
360 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.81 
 
 
362 aa  317  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.89 
 
 
362 aa  315  6e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.89 
 
 
362 aa  315  7e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.21 
 
 
360 aa  315  8e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.28 
 
 
372 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.51 
 
 
358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  47.14 
 
 
361 aa  311  7.999999999999999e-84  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.69 
 
 
359 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.76 
 
 
357 aa  310  2e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.41 
 
 
359 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.41 
 
 
359 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.9 
 
 
358 aa  310  2e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.41 
 
 
359 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.13 
 
 
359 aa  308  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.88 
 
 
357 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.69 
 
 
358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.59 
 
 
361 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.59 
 
 
361 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.59 
 
 
357 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  47.9 
 
 
357 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.72 
 
 
372 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.7 
 
 
367 aa  301  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.94 
 
 
364 aa  301  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.08 
 
 
361 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.26 
 
 
386 aa  296  3e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.13 
 
 
361 aa  296  3e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.35 
 
 
359 aa  296  4e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.63 
 
 
357 aa  296  5e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.69 
 
 
367 aa  295  8e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.86 
 
 
386 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.25 
 
 
364 aa  293  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.32 
 
 
364 aa  294  2e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.42 
 
 
355 aa  293  4e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.09 
 
 
354 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.71 
 
 
351 aa  291  1e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.76 
 
 
353 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.06 
 
 
366 aa  289  6e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.98 
 
 
351 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.9 
 
 
354 aa  285  9e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.96 
 
 
368 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.44 
 
 
368 aa  284  1.0000000000000001e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.69 
 
 
351 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.41 
 
 
351 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.91 
 
 
358 aa  280  2e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.73 
 
 
360 aa  279  5e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.82 
 
 
352 aa  278  8e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.11 
 
 
379 aa  277  2e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.38 
 
 
367 aa  277  2e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.74 
 
 
366 aa  275  7e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.45 
 
 
353 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.97 
 
 
365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.97 
 
 
358 aa  267  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.34 
 
 
366 aa  265  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.53 
 
 
362 aa  258  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.12 
 
 
395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.25 
 
 
361 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.88 
 
 
357 aa  209  8e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.82 
 
 
324 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
331 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.91 
 
 
331 aa  153  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.74 
 
 
406 aa  142  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
413 aa  112  7.000000000000001e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
411 aa  110  5e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
328 aa  100  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.07 
 
 
329 aa  99.8  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1064  hypothetical protein  27.22 
 
 
337 aa  98.2  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.732456 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.81 
 
 
323 aa  97.1  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.49 
 
 
334 aa  96.7  6e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.99 
 
 
341 aa  96.3  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.74 
 
 
351 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.12 
 
 
351 aa  94  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.09 
 
 
362 aa  92.8  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.57 
 
 
351 aa  93.2  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.62 
 
 
351 aa  92.8  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.27 
 
 
323 aa  92.4  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.99 
 
 
345 aa  92  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
409 aa  90.9  4e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0896944  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.83 
 
 
318 aa  90.5  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.66 
 
 
350 aa  90.5  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
343 aa  90.1  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.61 
 
 
355 aa  90.1  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.46 
 
 
356 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>