More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2768 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
357 aa  740    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.65 
 
 
362 aa  388  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.21 
 
 
358 aa  381  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.62 
 
 
363 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.62 
 
 
363 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
364 aa  342  5e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.99 
 
 
361 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.99 
 
 
357 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.99 
 
 
361 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.38 
 
 
369 aa  332  4e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.72 
 
 
353 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.4 
 
 
358 aa  331  9e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 
361 aa  329  6e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.31 
 
 
357 aa  328  9e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  52.73 
 
 
357 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.85 
 
 
357 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
358 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
361 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.97 
 
 
359 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.97 
 
 
359 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.23 
 
 
372 aa  322  6e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.97 
 
 
359 aa  322  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.78 
 
 
362 aa  322  7e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.34 
 
 
357 aa  322  9.000000000000001e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.34 
 
 
391 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.97 
 
 
359 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.64 
 
 
358 aa  321  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.69 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.62 
 
 
352 aa  320  3e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 
367 aa  319  5e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.22 
 
 
362 aa  318  1e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.32 
 
 
356 aa  317  2e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.77 
 
 
372 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.54 
 
 
371 aa  317  3e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.22 
 
 
362 aa  316  4e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.83 
 
 
365 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  47.7 
 
 
368 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.63 
 
 
368 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.74 
 
 
368 aa  312  5.999999999999999e-84  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.33 
 
 
371 aa  312  5.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  47.35 
 
 
361 aa  312  5.999999999999999e-84  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.07 
 
 
366 aa  312  6.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.54 
 
 
355 aa  311  9e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.24 
 
 
359 aa  308  6.999999999999999e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.32 
 
 
358 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.81 
 
 
365 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.09 
 
 
366 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.85 
 
 
386 aa  302  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.78 
 
 
351 aa  302  5.000000000000001e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.17 
 
 
364 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 
364 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.26 
 
 
386 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.77 
 
 
360 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.08 
 
 
360 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.39 
 
 
362 aa  296  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.85 
 
 
368 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.12 
 
 
360 aa  295  7e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.32 
 
 
366 aa  294  2e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.31 
 
 
367 aa  290  2e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.8 
 
 
365 aa  291  2e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.83 
 
 
353 aa  289  6e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.74 
 
 
351 aa  288  8e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.77 
 
 
354 aa  288  9e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.44 
 
 
351 aa  287  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.44 
 
 
351 aa  287  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.13 
 
 
366 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.68 
 
 
358 aa  286  4e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.35 
 
 
367 aa  286  5e-76  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.46 
 
 
354 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.93 
 
 
367 aa  281  1e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.89 
 
 
366 aa  277  2e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.98 
 
 
379 aa  273  4.0000000000000004e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.9 
 
 
361 aa  264  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.77 
 
 
395 aa  252  6e-66  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.53 
 
 
357 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
406 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
331 aa  146  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 
331 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.16 
 
 
329 aa  109  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
328 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.69 
 
 
335 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
330 aa  100  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.22 
 
 
336 aa  97.8  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
328 aa  96.7  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
334 aa  95.9  9e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
335 aa  95.9  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
332 aa  94.7  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.49 
 
 
335 aa  93.2  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
334 aa  92.8  8e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
326 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2379  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.23 
 
 
349 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577133  hitchhiker  0.00102073 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.53 
 
 
360 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
342 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.66 
 
 
329 aa  90.5  4e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.58 
 
 
355 aa  90.1  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.47 
 
 
334 aa  90.1  5e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.36 
 
 
325 aa  89.7  6e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.36 
 
 
350 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
334 aa  89.4  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>