More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3789 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
361 aa  749    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  71.91 
 
 
367 aa  534  1e-150  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  69.38 
 
 
372 aa  528  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  66.76 
 
 
357 aa  518  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  65.36 
 
 
358 aa  497  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  63.09 
 
 
358 aa  483  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.64 
 
 
358 aa  481  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  65.44 
 
 
361 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 
359 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 
359 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 
359 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 
359 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  58.89 
 
 
359 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59 
 
 
357 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
362 aa  457  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.26 
 
 
357 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.17 
 
 
364 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.34 
 
 
356 aa  444  1.0000000000000001e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.31 
 
 
357 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.31 
 
 
361 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.31 
 
 
361 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  55.87 
 
 
357 aa  423  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.14 
 
 
372 aa  403  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.96 
 
 
355 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.7 
 
 
364 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.86 
 
 
368 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.71 
 
 
353 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.71 
 
 
360 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.28 
 
 
360 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.98 
 
 
367 aa  367  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.1 
 
 
363 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.1 
 
 
363 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.16 
 
 
362 aa  362  5.0000000000000005e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.73 
 
 
359 aa  361  1e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.88 
 
 
362 aa  361  1e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.85 
 
 
362 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.22 
 
 
365 aa  340  2e-92  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  45.83 
 
 
361 aa  336  5e-91  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.77 
 
 
358 aa  332  8e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.03 
 
 
352 aa  329  6e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.34 
 
 
366 aa  323  2e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.21 
 
 
366 aa  321  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.24 
 
 
366 aa  320  3e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.18 
 
 
358 aa  320  3e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.25 
 
 
395 aa  316  3e-85  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.08 
 
 
354 aa  316  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.6 
 
 
351 aa  316  5e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.43 
 
 
386 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
357 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.06 
 
 
360 aa  313  1.9999999999999998e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.5 
 
 
351 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.35 
 
 
367 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.1 
 
 
379 aa  313  3.9999999999999997e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.52 
 
 
354 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.5 
 
 
351 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.38 
 
 
362 aa  311  7.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.59 
 
 
358 aa  311  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  44.54 
 
 
368 aa  311  1e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.43 
 
 
386 aa  311  1e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.74 
 
 
368 aa  310  2e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.95 
 
 
351 aa  308  8e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.13 
 
 
365 aa  306  3e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.9 
 
 
364 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.92 
 
 
366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.95 
 
 
353 aa  304  2.0000000000000002e-81  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.08 
 
 
369 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.6 
 
 
371 aa  302  6.000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.58 
 
 
371 aa  301  2e-80  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.13 
 
 
368 aa  296  3e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.29 
 
 
361 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.13 
 
 
366 aa  291  9e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.86 
 
 
365 aa  290  4e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.57 
 
 
367 aa  288  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.29 
 
 
357 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
324 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
406 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
331 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
331 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
413 aa  103  7e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 
411 aa  100  5e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.8 
 
 
322 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.22 
 
 
322 aa  88.6  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.09 
 
 
323 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.8 
 
 
322 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.44 
 
 
322 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.44 
 
 
322 aa  86.7  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.44 
 
 
322 aa  86.7  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.09 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.38 
 
 
322 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 
342 aa  83.6  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
329 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.82 
 
 
353 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 
417 aa  78.6  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5635  putative dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.62 
 
 
332 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.04 
 
 
350 aa  75.9  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
342 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.58 
 
 
330 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.2 
 
 
318 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>