More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0856 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
367 aa  761    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  72.96 
 
 
372 aa  559  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  71.91 
 
 
361 aa  543  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
357 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  65.35 
 
 
358 aa  500  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  64.33 
 
 
391 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  64.33 
 
 
357 aa  500  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  62.08 
 
 
359 aa  491  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  62.36 
 
 
359 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  62.36 
 
 
359 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.2 
 
 
358 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  62.36 
 
 
359 aa  491  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  66.57 
 
 
361 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  62.08 
 
 
359 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  64.66 
 
 
358 aa  479  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
362 aa  478  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.93 
 
 
357 aa  471  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  61 
 
 
364 aa  464  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.58 
 
 
356 aa  454  1.0000000000000001e-126  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  58.47 
 
 
357 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  59.32 
 
 
357 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  58.47 
 
 
361 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  58.47 
 
 
361 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.74 
 
 
355 aa  401  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.11 
 
 
360 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.69 
 
 
353 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.14 
 
 
360 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.52 
 
 
372 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.58 
 
 
367 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.82 
 
 
364 aa  373  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.1 
 
 
368 aa  368  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.94 
 
 
362 aa  365  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.71 
 
 
362 aa  363  2e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.71 
 
 
362 aa  362  8e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.39 
 
 
363 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.39 
 
 
363 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.56 
 
 
359 aa  348  1e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.86 
 
 
358 aa  345  6e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  46.57 
 
 
361 aa  341  1e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.26 
 
 
365 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.5 
 
 
351 aa  335  7.999999999999999e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.22 
 
 
351 aa  335  9e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.27 
 
 
366 aa  334  2e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.02 
 
 
351 aa  333  3e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.61 
 
 
358 aa  332  9e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.94 
 
 
351 aa  331  1e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.89 
 
 
366 aa  327  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.31 
 
 
352 aa  326  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.32 
 
 
368 aa  325  6e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.89 
 
 
358 aa  325  6e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.57 
 
 
386 aa  325  7e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.01 
 
 
362 aa  323  4e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.55 
 
 
386 aa  322  5e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.72 
 
 
365 aa  322  8e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48 
 
 
367 aa  318  6e-86  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.09 
 
 
395 aa  317  2e-85  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.17 
 
 
366 aa  317  3e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.87 
 
 
361 aa  315  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.29 
 
 
360 aa  314  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.17 
 
 
354 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.2 
 
 
366 aa  310  2.9999999999999997e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
357 aa  309  5e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.59 
 
 
379 aa  309  5e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.17 
 
 
371 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.73 
 
 
367 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.04 
 
 
354 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.43 
 
 
364 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.69 
 
 
368 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.53 
 
 
369 aa  299  5e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.23 
 
 
353 aa  299  5e-80  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.74 
 
 
366 aa  292  6e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  44.51 
 
 
368 aa  291  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.09 
 
 
371 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.3 
 
 
365 aa  281  1e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.62 
 
 
357 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
406 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
331 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
331 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
329 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
413 aa  105  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.93 
 
 
411 aa  103  5e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
327 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.55 
 
 
323 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.15 
 
 
328 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.82 
 
 
336 aa  93.6  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.18 
 
 
322 aa  92.8  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.18 
 
 
322 aa  93.2  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.82 
 
 
323 aa  92.8  8e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.18 
 
 
322 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.82 
 
 
322 aa  91.3  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.82 
 
 
322 aa  91.3  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.71 
 
 
357 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.82 
 
 
322 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.15 
 
 
336 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.82 
 
 
336 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.83 
 
 
341 aa  89  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.46 
 
 
330 aa  88.6  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.82 
 
 
336 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.45 
 
 
322 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>