More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3401 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
372 aa  772    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  72.96 
 
 
367 aa  549  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  69.38 
 
 
361 aa  528  1e-149  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  66.57 
 
 
357 aa  511  1e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.34 
 
 
358 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  64.86 
 
 
358 aa  491  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
361 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  63.14 
 
 
358 aa  472  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.85 
 
 
359 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  61 
 
 
391 aa  470  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.56 
 
 
359 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.85 
 
 
359 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.85 
 
 
359 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  61.36 
 
 
357 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.85 
 
 
359 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59.44 
 
 
362 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.4 
 
 
357 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  58.4 
 
 
356 aa  453  1.0000000000000001e-126  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
364 aa  450  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.17 
 
 
361 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.17 
 
 
357 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.17 
 
 
361 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  58.61 
 
 
357 aa  433  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.34 
 
 
360 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.22 
 
 
360 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  58.68 
 
 
372 aa  402  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.22 
 
 
355 aa  401  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.98 
 
 
364 aa  385  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 
367 aa  379  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.58 
 
 
368 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.72 
 
 
362 aa  373  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
362 aa  373  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.86 
 
 
365 aa  367  1e-100  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.59 
 
 
353 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.57 
 
 
362 aa  364  2e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
363 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
363 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  48.72 
 
 
361 aa  349  3e-95  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.86 
 
 
352 aa  349  4e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.7 
 
 
359 aa  349  5e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.42 
 
 
358 aa  347  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.87 
 
 
358 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.7 
 
 
351 aa  332  4e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.4 
 
 
366 aa  329  4e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.17 
 
 
365 aa  330  4e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.87 
 
 
366 aa  329  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
367 aa  328  7e-89  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.41 
 
 
351 aa  328  9e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.13 
 
 
351 aa  328  9e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.84 
 
 
351 aa  326  3e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.82 
 
 
360 aa  326  3e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.75 
 
 
362 aa  326  4.0000000000000003e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.43 
 
 
358 aa  325  8.000000000000001e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.73 
 
 
366 aa  323  3e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.89 
 
 
366 aa  322  5e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.25 
 
 
386 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.08 
 
 
369 aa  319  5e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  47.06 
 
 
368 aa  315  6e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.69 
 
 
386 aa  315  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.14 
 
 
371 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.28 
 
 
368 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.68 
 
 
368 aa  312  4.999999999999999e-84  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.43 
 
 
354 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.45 
 
 
365 aa  311  1e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.71 
 
 
364 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.2 
 
 
395 aa  310  2e-83  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.07 
 
 
379 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.31 
 
 
361 aa  309  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
354 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.23 
 
 
357 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.3 
 
 
367 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.88 
 
 
353 aa  302  5.000000000000001e-81  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.23 
 
 
371 aa  301  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.18 
 
 
366 aa  298  1e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.27 
 
 
357 aa  237  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
324 aa  155  8e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
406 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
331 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.98 
 
 
331 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.83 
 
 
328 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
413 aa  104  3e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.66 
 
 
307 aa  103  7e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
411 aa  102  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.96 
 
 
330 aa  102  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.77 
 
 
312 aa  99.8  8e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
328 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.12 
 
 
357 aa  98.6  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.17 
 
 
351 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.91 
 
 
322 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.62 
 
 
322 aa  97.4  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.75 
 
 
322 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.76 
 
 
307 aa  97.1  4e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.78 
 
 
330 aa  96.7  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
329 aa  96.7  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.46 
 
 
322 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.62 
 
 
322 aa  95.9  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1911  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.09 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0259449 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.62 
 
 
322 aa  95.9  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.06 
 
 
351 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1758  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.65 
 
 
355 aa  93.6  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0506683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>