64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04856 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_04856  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 		 259 aa  513  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.124342  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1111  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  64.29 
 
 		 405 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0293517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0982  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.63 
 
 		 185 aa  52  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.614695  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 		 177 aa  49.3  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0563  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.94 
 
 		 163 aa  48.5  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000489252  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 		 215 aa  48.1  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.95 
 
 		 211 aa  47  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 		 211 aa  46.6  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0550  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.13 
 
 		 227 aa  46.2  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.27 
 
 		 192 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1272  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 		 186 aa  45.8  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0325871  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.27 
 
 		 192 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2590  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  24.17 
 
 		 177 aa  45.8  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00474772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.27 
 
 		 192 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  36.63 
 
 		 249 aa  45.8  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.27 
 
 		 192 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4650  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.38 
 
 		 191 aa  45.8  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2534  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.21 
 
 		 177 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00744607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2287  RNA polymerase sigma-70 factor  25.21 
 
 		 179 aa  45.8  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000136578  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2499  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  24.17 
 
 		 177 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2824  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  24.17 
 
 		 177 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000658944 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2517  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  25.21 
 
 		 177 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0428935 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.86 
 
 		 195 aa  45.4  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.27 
 
 		 182 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1849  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.55 
 
 		 536 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.390874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.8 
 
 		 192 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2243  RNA polymerase sigma-70 factor  25.21 
 
 		 179 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0167321  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4527  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.31 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.77842 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  28 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  28 
 
 		 192 aa  44.3  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0762  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.44 
 
 		 204 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0323397 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 		 170 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  28 
 
 		 192 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2415  sigma-24 (FecI-like)  36.73 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.164078  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05470  RNA polymerase factor sigma-70  32 
 
 		 315 aa  44.3  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3789  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 		 166 aa  44.3  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  28 
 
 		 192 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0714  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.84 
 
 		 524 aa  43.5  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.82 
 
 		 199 aa  43.9  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 		 192 aa  43.5  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3510  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.88 
 
 		 166 aa  43.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022505 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1532  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 		 180 aa  43.1  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195109  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1821  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.56 
 
 		 198 aa  43.5  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0306783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4075  putative RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.7 
 
 		 419 aa  43.5  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1543  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.21 
 
 		 205 aa  43.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.207152  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1086  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.75 
 
 		 175 aa  43.1  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0623154  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3078  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.91 
 
 		 189 aa  42.7  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1448  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.21 
 
 		 205 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.248781  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0477  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.77 
 
 		 376 aa  43.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1647  sigma-24 (FecI-like)  36.17 
 
 		 541 aa  42.7  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2317  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 188 aa  42.7  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.84 
 
 		 209 aa  42.4  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.96 
 
 		 169 aa  42.4  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.32 
 
 		 196 aa  42.4  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0591092 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.84 
 
 		 209 aa  42.4  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.47 
 
 		 202 aa  42.4  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1077  RNA polymerase sigma factor SigL  36 
 
 		 166 aa  42  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.829814  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3007  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.93 
 
 		 224 aa  42  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.824244  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1065  RNA polymerase sigma factor SigL  36 
 
 		 166 aa  42  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.279523 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1049  RNA polymerase sigma factor SigL  36 
 
 		 166 aa  42  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0342  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.27 
 
 		 196 aa  42  0.01  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 205 aa  42  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.19 
 
 		 187 aa  42  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.66 
 
 		 209 aa  42  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>